BtaINT0090400 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004564 | MBNL1
Description
muscleblind-like splicing regulator 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6923]
Coordinates
chr1:116255135-116265809:-
Coord C1 exon
chr1:116265609-116265809
Coord A exon
chr1:116255393-116265608
Coord C2 exon
chr1:116255135-116255392
Length
10216 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
TGCACTTTATGACCCCATAGGTA
3' ss Score
8.23
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAATGTTTTCAGTTGCACCAAGCTTAGCTACCAATGCATCAGCAGCCTTTAATCCCTACCTGGGACCTGTTTCCCCAAGCCTGGTTCCAGCAGAGATCTTACCGACTGCACCAATGTTGGTTACAGGGAACCCTGGGGTCCCTGTACCTGCAGCTGCTGCAGCTGCTGCACAGAAATTAATGCGGACAGACAGACTTGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATGTCGAGAGTACCAGCGAGGCAATTGCAACAGAGGAGAAAATGATTGTCGGTTTGCCCATCCTGCTGACAGCACAATGATTGACACCAATGACAACACAGTCACCGTGTGTATGGATTACATCAAAGGGAGATGCTCTCGGGAAAAGTGCAAATACTTCCATCCTCCCGCACATCTGCAAGCCAAGATCAAGGCTGCCCAATACCAGGTCAACCAGGCTGCCGCAGCACAGGCTGCAGCCACTGCAGCTGCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004564:ENSBTAT00000005998:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.791 A=NA C2=0.184
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=PU(11.1=4.5)
A:
NA
C2:
PF0064219=zf-CCCH=PD(81.5=25.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development