HsaINT0100431 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000152601 | MBNL1
Description
muscleblind-like splicing regulator 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:6923]
Coordinates
chr3:152150506-152163328:+
Coord C1 exon
chr3:152150506-152150709
Coord A exon
chr3:152150710-152163070
Coord C2 exon
chr3:152163071-152163328
Length
12361 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
TGTACTTAATGACCTCATAGGTA
3' ss Score
5.9
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAATGTTTTCAGTTGCACCAAGCTTAGCCACCAATGCATCAGCAGCCGCCTTTAATCCCTATCTGGGACCTGTTTCTCCAAGCCTGGTCCCGGCAGAGATCTTGCCGACTGCACCAATGTTGGTTACAGGGAATCCGGGTGTCCCTGTACCTGCAGCTGCTGCAGCTGCTGCACAGAAATTAATGCGAACAGACAGACTTGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATGTCGAGAGTACCAACGTGGCAATTGCAACCGAGGAGAAAATGATTGTCGGTTTGCTCATCCTGCTGACAGCACAATGATTGACACCAATGACAACACAGTCACTGTGTGTATGGATTACATCAAAGGGAGATGCTCTCGGGAAAAGTGCAAATACTTTCATCCCCCTGCACATTTGCAAGCCAAGATCAAGGCTGCCCAATACCAGGTCAACCAGGCTGCAGCTGCACAGGCTGCAGCCACCGCAGCTGCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000152601-MBNL1:NM_207293:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.836 A=NA C2=0.376
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=PU(11.1=4.4)
A:
NA
C2:
PF0064219=zf-CCCH=PD(81.5=33.8),PF0064219=zf-CCCH=WD(100=36.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)