MmuINT0096296 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027763 | Mbnl1
Description
muscleblind-like 1 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1928482]
Coordinates
chr3:60603694-60613520:+
Coord C1 exon
chr3:60603694-60603894
Coord A exon
chr3:60603895-60613262
Coord C2 exon
chr3:60613263-60613520
Length
9368 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
TGCATTTAATGACCTCATAGGTG
3' ss Score
6.04
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAATGTTTTCAGTTGCACCAAGCTTAGCCACCAGTGCATCAGCAGCCTTTAACCCTTACCTGGGGCCTGTTTCCCCAAGCCTGGTTCCAGCAGAGATCTTGCCGACTGCACCAATGTTGGTCACGGGGAATCCTGGAGTTCCAGTGCCAGCAGCTGCCGCAGCTGCTGCACAGAAGTTAATGCGGACAGACAGACTGGAG
Seq A exon
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AAGAATACTTTTTTATTTTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGGCAAAGTTTCACTGCATAGCCCTAGTTTCTCTGGTACTCAGAATGTAAACATGGTAGGCTTTGCACTCAGAGATGTGCCTTCCTCTGTCCTCTGTCCTAGGGTGTAAGGATTAAACAGGTTAAAGGTGTTTGCCACCCCAGAGATTTCACCACCAGGAATGACTTTTAAGGCTAACATGTGATGATAAGCTTAATAGAAATGAAGTCCTTGGGACTTGTTGACATCCCAGAATATTAAGGTCAACTAAGTCCCTGGCCACCATTATGGTTATTTTTCCATTCCTGACTTTTAGTGTTATTCTCTAAATATTGCTGAGTTTGTTACACAGATGTGGTAAAAAACAAACATGCGCCCTCTAGAGGATCTCTTCTGAAAAGCTGTGCAATAACTGTCCAGCTTTAGAGTTCCAGCATTGACGTGATTTCCCCAGGACCCCCAACAGTCACCACCTTATGAGACATGGAAATCTTCCTATTGTTTTCAATTATATTTGTTACATTTTTAAAAATAAAGACTAAACAGTGGAACTACTTATATTAAATAGATTTGAGTGCTGTGTTATAAGCTGTTTTCTTTACACTAATTAGTATTTCTGTTTTAATTGCTGTTGATATTGTTTCATTTTCTGAATGTCTTTCTATGACAAGAAATAGTTCCAAAATTGCAAACTCCATCTTCTTTGTGCCTTGTTGATACTATCCTATTTATTTAACCAAAATATTTATCATTCCATATTCACATTTCTTTGGAAATTGGCAGCTTTTTCCTATTGACTAAAGTTTATAATTATCCTACAAAAGTTGTATGAGAGATAGAATTTATGATGTTTTGGTGAATATTGCAGTGGAAATGCTACATTTTATATTAAAAGCAACTTTTATCGGTTTCCTGTTACACTGTATAAATAGCCTACTTAATGTTCACAGAGTAAGACACACAGTAGTCTTTTTTGATTGAATCTGATTTTGTGTATGGCTTAGTGTAACTGATCATTTTAATTTAGGTTTAAGAAAATCAAACTACAGGAAATACTTTAAATTTTTGACCTACAAATTTTATTTCTACATATTCAAATTAGAAAATTATCCAAAATGCCTATTGTCATATTTCCTTTGCAAAAGTATTCATAATAAGAAAGCAATGGAAATAATCTCTAGATCCACTGAAGAGTCATCCATACTGTGTGCAGTGTTTGATAACTGAGGTGCAATCGGAAATGGTGACATTGACCTCATAGAGGAAAATGAAAATGTTGAAACTGTTAAGTAAGGCATTGCTTTCTGAAAATGATAACCAAGTTGTACCCTGATCACAGCCATGCAAAAGTCTGTGCAAACTGAAAACTGCACAAAAGGAAAATATAGTCAGAACATTGCTTGGATTTTTTTTTTAAATGTGTCTGTTTCTTAAGTTCTCACCCTGTTTTAAATTATGAGATTAAATATATTGAAAAAAGTTTTTAATCTTAATTTACCAATGTAGACTACATCTAAAAGTTCTGTCTTGTTTGAATGAGATTGGTAAACTCAGACTAAAGTTTCCTCGGCATTTCAGAAAAAGAAACAGACCAAATCTGTATTTAGCAGTCTGCAGATAGACCCTTCTGCTGTTTAGCAGTCTGCAGATAGACCCTTCTGCTGGTGGTGACTGTAAGAGCGACTGTGTTTTAAAGTTGGCTTCATTCAGTCTCCAACATTCCAGAGTACATCTAATATCTGCCAGACTTTTCTTGCAAGCCTCTCACTAGTTAAACTTTTGTAATAAGCTGTCTCCTACACTATTTTCCTAAACTCAAAGTTAAAACTGCAGCAAAAATGACCAATGAATGCTAAAATCTTAGGAGAAGATGCTTTTCCATTGCATTCTGGGTAGATTCCTAGTTATCAGCTCTGGTTAACTATTTGTACAAAGCCCCTGTGTGCATTCCACAAAAGAGTGAAGTGTAAATTGTCATCAAGCAGTCCTTAACCTGTAGAAAACCATACATGCACAAACAGAACTCACAAATACACTGTCTTTAGGTCAAAGGTCTTCCTGTCAATGTGGCAAGATCGACACATAGCGTTAAGTATTCTGCTTTCAGCTCACTCTTAGACTTAGAAAGAGGGTTGTTGACGTCTGAATAGAGAGAACACCTGGACCTGTCTGAAGTCGTGTTAAATCAAGCCACAATGTTAGGTTTCGTTTAGTACTAGACATAGATTTAACACAAAATGTATTTTTATGGAGAGGTAAACTGACTTCATTGTAATGTATTTTTATTCAGAGTATCTCCTAACGTGGCCCCAGTGATTAGGCCATAGTTTGGAACATGCTCCTGGAACCTGTGTTTGGAAGGTCCCACAACTTCCCTTGGGACTCAGCTAGAAAGGGGGCTTGTTCTGAAACACAACTTGGACACATTTGCTTTCTGAACTTTGACCTCTTTGTTACTCATAAGTTTTTTTTTCCTGTTCAAGAAGATGAATATACTAATCAAAACAGTCTTTTGTAACTTCCTAAATCATCTGTATTGTTAGTTATTCAGCATACTTAACAATTAAATAAACTAAGGAAGGGCAGTAGCTGAGTTAGGCTGTTGCTGTGCTGTAGAATGCAGGTCTTTAGGTAGGTGAATGTTTCCAGTATTCATTTACAACATGGTTTTTAACGTGTAGCCAAACCCAAGTTCTTAATATGAACCACTTTCTACAATAATAGGTTATTAATACAGTTAGGGGCTAGGTTTACACGTGGTCGTTTTATTAGAACTATAAAAATCGCCGGGCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAAAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACTATAAAAATCATAGCATCTTGTTCTTGCTTAACTAAGAAATGGTGTCCAGTGTTTGCATCTGCCTTGTTTTGGGGGGCAGACATCCAGGATGTATAAAAGCTGTGTCTTTGAAGTATGTGTTGTAAAAAATTTGAGGTTTGAAACCAGAGTTCAAACTTGTAAGGTCATTCAGTGTTTTAGATCGCCCCCTGGTGGTCAAAAGATCTAACTCCCAAAGGGGAGACTTGGAAACTTCATTCAGTACAACTCAAAGAACAAATGAATGAGAAAGAATACATTTTACCTCCTCCCACGGATACAGTAAAATTAACAGATACAAAGCAAATACACAGTAACACACATGAGTGTCTTTCTCCATCCACTTTCTACAGCTGCCTTGTACCCAAAAGTGACTCCTCGAAACATTTTGGTTAGAAAGGCTCTCCGGCTAGAATGTTTTGTTTTTTACTTGGAACAATTTTGTTTTATCCAAGAGTTACAAGTATACAGCTGAAAGTTCTTGCCTGATATTCACTAGACTAAATAACTTCAGTACTGCTTACAAATCCAAAAATTTAACTTTCATTTACTATAAATTAAATGATCTGTATACCTGAATCAGATTTAAGTTTTGATTACATTGATTCTTTATTTGTCCATGTGTCTGGTCACATGCATGCACTCATGCCCCAGAGTGTTATGTGGACAGCAAAGGATGGTTTGCAGGAGTAAGTTCTGTCCTCCCACTGTGTGGTTTCAGGACTCCGGCTCAGGATGTCAGTTGGTGCAGTGTCTCCTGGGCTCCTGCAGCAGGTGTAAGCAGCTGTCCTGCCAGCATCCCTTCTCAGGCTCCATGATCACTGTCCACGGCAGTGACTTAATCTTTCTCCTGGTAGTGTGCATGGCACTTTGAAACAATGTTTGATTATTTTATAAAATGCTTCCTATCTGGTTTGACTGGTAGTCCTCAGTTTTAACAATAGGAAATGATACAAATACCGTGATGTGGTGTGTTGGTTTTGAATCACACCAACAGAGTGGTGTGTCCCTGTGTCTCAATCTTTATGCATTTACTTGGTGAGAATGATGGCTGCTGGCTCTCCTCACTATAAAATCCAGACTTTCCCCCTCTCTAATTAATAAGGAAACCAACACAATAGTGGATAGATGTTTCATTATATGCTCTCTGTTCACTGTAAACATATTTTCTTTCTCAAGAACATTCCCCTGGAAATGTGCTAATATTTAAATGCTAAGCACTGCTGAGTTATGCCACTACATTGCTCTAGTTTGCCCTCTCCCTCCATGTACACCCTTGGTCACCAATTTGGATAGTTGGATTACTGTTTTCAGAAAGGACCCGCATGCTCATATTGACTGAATCCCGTGCATTTAATGACCTCATAG
Seq C2 exon
GTGTGTCGAGAGTACCAGCGTGGCAATTGCAACAGAGGAGAAAATGACTGTCGGTTTGCTCATCCTGCTGACAGCACAATGATTGATACCAATGACAACACAGTCACTGTCTGCATGGATTACATCAAGGGGAGATGCTCTCGGGAAAAGTGCAAATACTTCCATCCTCCCGCACACCTGCAAGCCAAGATCAAGGCTGCCCAATACCAGGTCAACCAGGCTGCAGCAGCACAGGCTGCAGCTACTGCAGCTGCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027763:ENSMUST00000099087:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.771 A=NA C2=0.182
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=PU(11.1=4.5)
A:
NA
C2:
PF0064219=zf-CCCH=PD(81.5=25.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types