RnoINT0090142 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014076 | Mbnl1
Description
muscleblind-like splicing regulator 1 [Source:RGD Symbol;Acc:628668]
Coordinates
chr2:150846527-150856223:+
Coord C1 exon
chr2:150846527-150846727
Coord A exon
chr2:150846728-150855965
Coord C2 exon
chr2:150855966-150856223
Length
9238 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGC
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
TGCGTTTAATGACCCCATAGGTG
3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAATGTTTTCAGTTGCACCAAGCTTAGCCACCAATGCATCAGCAGCCTTTAATCCCTACCTGGGGCCTGTTTCCCCAAGCCTGGTTCCAGCAGAGATCTTGCCGACTGCACCAATGTTGGTCACGGGGAATCCTGGAGTTCCGGTGCCAGCAGCTGCTGCAGCTGCTGCACAGAAGTTAATGCGGACAGACAGACTGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTGCCGAGAGTACCAGCGTGGCAATTGCAACCGAGGAGAAAATGACTGTCGATTTGCTCATCCTGCTGACAGCACAATGATTGATACCAATGACAACACAGTCACTGTCTGCATGGATTACATCAAGGGGAGATGCTCTCGGGAAAAGTGCAAATACTTCCATCCCCCCGCACACCTGCAAGCCAAGATCAAGGCTGCTCAATACCAGGTCAACCAGGCTGCAGCAGCGCAGGCTGCAGCTACTGCAGCTGCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014076:ENSRNOT00000036808:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=PU(11.1=4.5)
A:
NA
C2:
PF0064219=zf-CCCH=PD(81.5=25.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]