RnoINT0096445 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000061038 | Myh15
Description
myosin, heavy chain 15 [Source:RGD Symbol;Acc:1565858]
Coordinates
chr11:54244845-54251670:-
Coord C1 exon
chr11:54251552-54251670
Coord A exon
chr11:54245042-54251551
Coord C2 exon
chr11:54244845-54245041
Length
6510 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACG
5' ss Score
10.19
3' ss Seq
CATGTGTACGTCTTTTACAGTCT
3' ss Score
8.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGAGTTTTTTAAAAGACTGGAAGAAAAGGAGGCCCTGATAAGCCAACTTTCCAGAGAAAAGAGCAACCTCATTCTGCAAGTTGAAGAACTGAGGGTGCAGCTGGAGGAGGAGAGCAAG
Seq A exon
GTAACGTGGCAATTGTTTCTTCCCAGTCACATGTTATATGTTTAAAAAACCAAAGTGAAACAAAAGTAGTGCTTGGATGGGGAGAATCAGTGTTTTCTCTTGAAAAGGAGAAAGGTGAAAACATTCAAGATATAGTGGGGAAGTGACATGTTGGTCTTTGTGCCAGGAGGACCTCTGGTAATGGAAGGATTTTCGTATTATTAAAATTACATCTGTAGTTTGTCAGATTTGGGGCAAGAAAGATGTGTGTTTCTACCATGCTTGAGCTGAAGGTCAACAGGGGTTAAGCATTTATTCGTCCATCACCAAGTGGTACATTTCCAGTGAGTTTCACAATATGCATGTGTAAGCATTTACTTCTGTTCACTGTTTTCTGATTATTTTATATATTCTCTGTTATTCCTTTCCATTTCTCTTCTGGTTTACTTTTGGGGTTTGGTGATTTTCTATTGCGATAAAGTTTGATTCTTTTTTAAAAAATTATTTGTGTATACTTGCATTGCGATTGAGATTTGGGAAGAAGTAAAGAAACATCTATCCACCATAGATAAAGAGGGTACCGTCATATCAAAGAGAAGATTTCCTCCAGGTCCAGTATGGTGGACCAATGAGTTTAATGGGTTTACCTATAGGAACATGGATGACTGGAAGATACCACCAGGAAACTCTTGGGAGGTGTCTGGGCAGGGACACAAGTGAGGAGTTTTATTCACTCACAAAAAGTTACACTACTGAATGTCCTACCACGTGACATACTGGTAGCTATACACCCCAAATCTCCTACCCTGAGACAACTTTACACATTCCTTATAACCTTAGTTCTTTATAACCATAAGGAGTAGAGGAACATGGTGAGGCTATCACAGAGTCATGACCCCAGTCAGGCTGCTAAGCCTGGTGAGTGCATGGGCCTTTACCTTTCTCTACAACATAATATTAATAGGCCCAGTCTCTAGAGACTCTCCTGAAAGTGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTGCTCTCCTTCAAGATGGCAGCAGTCATGTCCTATCCATGTGTATGTGTGCTTTCATTATGGTACTACTGACCTCCTAGAATGCCATGTATTGTCCTTTTATAATGATGCTACTCAACTGTGTGGAGTTTCATTTCTCCTTCAGCTTCTGTGCTTCCTATGAAACCAGTCTCAGTCACAACTAGGAGTCCTTTGCTTCTTGCTTACCCTGGATTGTCTTATTTCTCTTTTACGGTTGAAAGATTCTTTCCTCAGAATTTGATTATACCATTCTATTTCCTCCTGGCTTCTGGATTTTCTGCTAAGAGTTTGCTGTTAGTCTAATTGGAGCATGTGAGTCAGTACTGCTTTTCTAGTTTTCTAACTCTCTTTTGACTTGGATTTCTGATTTAGTTGAATATACTATCATGGTGCAGACTTTATTGGTCAAAACGCTTTGGAAATTTCAGAAATCTTAGAACCTGATGCCTGTTATCTTCATCTTTCCCAAGACTGGTGAAATGCTTCCGAAAAACTCAACATTCATCTCCCCCTTCAACCCGGATGTTTATGAAATACTCATAATTTGAATATTTTTATGTAATGATTTTTGTAAATCTTTAGAGATTTTTTTCATCCTTCCATCCCCATTCTATCAATGTCATTTGGTGTTAATGCTCCTCAATCACCATGGGGATATGTCGCAGATGCCATTAGCTCCTCCATGCACTTGCAGACAGGCCCTTGTCTAAGATGGTGCTTGTTTTGTTTTGCTTTTCAACTTATCCAAAAAGACCCATGGAAACTGATGGAAGCCTAAGTCTCTTCAGGAGCTTATCTCCTGGTGCCATTTTGTTGTCCAACAAACATAGAAAATACTATAACACTGTAGTTATCTAAATGTAAACATAAGGGTTTTAGTTTTCTGATGAGTAGAATGAAAGGGTAGAGTAAATCTTTCACATTCTGGCTTGAACAGAATCTGACTGACGTATTGTTAAATATAAATCATATTATATAAATGAGAATGAAGATTTCCCACTATATGCTGAGCCTTTCTGCTACTAAAATTCACACAGTCAGGCTTCCATTTCTTCTTTTTTAGTTTTTATTTTTTTATTTTTTTAATTGGATATTTTTTATTTACATTCCAAATGCTATTCTCTTTCCTAGTTTTCTATCCATAGACTCCCCCCAATCCAATCTCCCCTCCCCCTTCTTCTATGAGGGTGCTTCCCCACCCATCCAACCATTCCTTCCCGTCTGCCCACCCTGACATTCCCCTACTGGAGCATCGAGCCTTGGCAGGACCAAGGGCTTCTCCTCCCATTGGTGCCCAACAAGGCCATTCTCTGCTACACATGCAGTTGGAGCCATGGACTGTTCATGTGTACTTTTTGGATGATGGTTTAGTTCCTGGGAGATCTGATTGGTTGGTATTGTCCTTATGGGGTTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTTCAATCCCTTCTCTAACTCCTCCAATGGGTCCTGTTTTCAGTTCAATGGTTTGCCACTAGCATTTGCCTCTGTGTTTGTCATGCTCTGGCTGAGCCTTTCAGGACACAGCTATATCAGACTCCTGTCAGCATGCACTTCTTGGCATCAGCAATATTGTCTCGTTTTGGTGGCTATATGTATATGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGCCATTCCTTCAGTCTCTGCTCCAAACTTTGTCTCTGTATCTCTTCCTATGAATATTTTTGCTCCCCCTTCTAAGAAGGACTGAGCATCTGCATTTTGGTTGTCCTTCTTCTTGAGCTTCATGAATTGTAGCTCAAGAATTGGTCTGTGAATTGTATCTTGGGTAATTTGAGCTTTTGGGCTAATATCCACTTACCAGAGAGTTCATGCCATGTGTGCTTTTTGGAATTGGCTTACCTCACACAGACTGATATTTTTTAGTTCCATTCATTTGCCTATAAATTTCATAAAATCATTGTTTTTGATAGCTGAGTAATATTCCATTGTGTAGATGTATCACATTTTCTGTATCCATGCCTCTGTTGAAGTCATCTGAGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAATCTGCTATGAACATAGTGCAACATGGGTCTTTGTTGTATGTCGGAGTATCATTTGGGTATATGCCCAGGAGTGGTATAGCTGTGCCCTCAGGAGGAAAAATGTCCGATTTTCTGCGGAAATGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTGCCAGCTAGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGTTGTCACCTGAGTTTTTGATCTTAGCCATTCTCACTAGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGACTAACGATGTTGAACATTTCTTTTGGTACTTTTCAGCCATTTGGTATTCCTGAGCTGAGAACTCTTTGTTTAGGTGTGTACCCCATGTTTTAATAGGGTAATTTGATTCTCTGGGGTCTAACTTCTTGAGTTCTTTTTATATATTGGATATCAGCCCTCTTTCAAGTGTAAGATTGGTAAAGAAGTTGCCCCAATCTGTTCATTGCCGATTTGTCCTAATGACCTTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAATTTTATGAGGTCCCATTTGACGATTCTTGATCTTAGTGCAGAAGCCATTGGTGTTCTGTTCAGGAAAATTTCCCCTATGCTCATGTGTTTGATGCTCTTTTCCACTTTTTCTTCTATTACTTTGAGTGTATCTGGTTTGATGTAGAGGTACTTGATCTACTTGGACTTAAGCTTTAAATAGGGCAATAAAATAGGATCGAAGTATATTCTTTTACAGTCTGACTGCCTGTTGAACCTGCACCATTTGTTGAAACTGCTATCTTTTTTGCACTGGATAGTTTTAGTTCCTTTGCCAAAGATCAAGTGATCATAGGTGTGTAGGTTCATTTCTGGGTCTTCGATTCTGATCCATTGATCTACCTGCCTGTCTCTGTACTAATATCATGCTGTTTTTATCACTATTGCTCTGTAATACAGCTTGAGGTCAGAGATGGTGATTCCCCCAGAAGTTCTTTTATTGTTCAGTATACTTTTCACTATCCTCAGTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTATTCCAGATGAATTTGCAAATTGTTCTTTCTAACTCTATGAAGAATTGAGTTGGAATTTTGATGGGTATTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAAATCTCTAAGGTTACTATATTAATCCTGCCCATCCATGAGCATGGGAGCTCTTTCCGTCTTCTGAGATCTTCTTTATACCCAGCCATTTTGTTGAAGTTGTTTAACAGGCTTAGTAGTTCTCTGGTGGAACTTTTGGGGTCACTTAAGCATATTATCATATCATTTGCAAATAGTGATATTTTGACTTCTTCCTTCCCAATTTGTATGTCTTTGACCACCTTTTGTTGTCTGATTGCTCTGTTTGAGTACTATATTGAGTAGGTAAGGAGAAAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTTCTTAATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTTCTCTCCATTTAGTTTGATGTTGACTACTACTTTCTTGTATACTGTTTTTACTATGTTTAGGTATAGGCCTTGAATTCCTGATCTTTCCAAGACTTTTAACCCAAAGGGGTGTTGAATTTTGTCAAGTGTTTTTCAGCATCTAATGAGATGATCATATAATTTTTTTCCTTTGAGTTTGTTTGTATAGTGGGTTACATTAATGTATTTCCATATATTGAACTATCCCTGCATCCCTGGGTGAAACGCACTTGATCATGATGGATGATCATTTTGATGTGTTCTTAGTTGCAGTTTGCAAGAATTTTATTGAGTATTTTTGCAGTGATATTTATAAGGAAAATTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTTTTTGGTCTTTGTGTAGTTTAGGTATAAGTGTAATTG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Seq C2 exon
TCTCAGAGTGCCCTGGCCCATGCTCTGCAGTCAACCAAGCATGACTATGACCTTCTACGAGAGCAGTATGAAGAAGAACAGGAAGTGAAGTCTGAGTTGCACCGGGCTTTATCTAAAGGCAACAAGGAAACAGTACAATGGAGAACAAAGTATGAACACGATGCTATGCAAAGAACTGAAGACTTGGAGGAAGCTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000061038:ENSRNOT00000090307:36
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.050 A=NA C2=0.652
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0157614=Myosin_tail_1=FE(4.6=100)
A:
NA
C2:
PF0157614=Myosin_tail_1=FE(7.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]