RnoINT0105265 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000020519 | Olfm2
Description
olfactomedin 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1309741]
Coordinates
chr8:21691242-21743338:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr8:21691242-21691391
Length
51631 bp
Sequences
Splice sites
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Exon sequences
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Seq C2 exon
ACTCTCTTCCAGAGCCCAGAAGAGGGCTGGCAGCTGTACACGTCAGCGCAGGCGCCGGATGGCAAATGCATCTGCACAGCTGTGATTCCTGCACAGAGCACCTGTGCCCGAGATGGTCGGAGCAGAGAGCTTCGCCAGCTCATGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000020519:ENSRNOT00000027829:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.022 A=NA C2=0.040
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123083=Noelin-1=PU(48.0=94.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]