RnoINT0124174 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000051564 | Rap2a
Description
RAS related protein 2a [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97855]
Coordinates
chr15:105851542-105878666:+
Coord C1 exon
chr15:105851542-105851861
Coord A exon
chr15:105851862-105875678
Coord C2 exon
chr15:105875679-105878666
Length
23817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGC
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
ATGCTTGTGTGTTCTTTCAGGTA
3' ss Score
11.58
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATGAGAAGGTGCCAGTCATCCTGGTCGGGAACAAAGTGGACCTGGAGAGTGAGAGAGAAGTGTCCTCCAACGAAGGCCGTGCCTTGGCCGAAGAGTGGGGCTGCCCCTTTATGGAGACTTCTGCTAAGAGTAAAACAATGGTGGATGAACTCTTTGCTGAAATTGTGAGGCAAATGAACTATGCAGCTCAGCCTGACAAAGATGACCCATGTTGTTCTGCCTGTAATATACAATAGCATCCGAACATGGCCGTCCCAGACGGGACTCATCTAGGCTCGTAGGCAACAGTGACCTTGTCTACTGCATTGCAGTTTGTAGGATGGGTGGTGTGTGAGTCCACGGTGCACTGCGGCCGGATGGCCAGCTGACGCCTCTGAGTACCTGTGGGTGCCCCCGTGACTACAGTCTCCACCTCTGTCCTCAGTCCTCTGTACGTCTGCAACCTGAAGGCACCACAGCGAAGCTACAGGGTGACCGCATTTGATATGATGATAGTGTTGCCGTTGAGGTGACAGAAGCCACTGTTGTGTAAACTAAAAATCATCATGAGAGAGAAACCAGAAGAATTCCTATGATCACTAACAAAATATTTTGTTGTCTTAAAAAAAATAAAGGAGAAATATTTTCCTACAAGAGTACTGAAGTCAGGAATGGATGGAGCTTCTAGCCAGTTTATTCCATCCAGTGAAACAGCATTGCAGGGAGACTCCACCTAGCTGACACGTCTCTAGTTTTCGAATCGATGCCTAATCGTAGATGTTACCCTACTTCGTGACATGAAACTCACTCACATATCAGTCCTCAGCAGAGTAAAAGTCAGAGCACGGCTGTGTGAGAACCCAGTCTGGCTTTAGAATTTGTTGAATCACCTGCTCTGCCACAGAAAATCGTCTCTCACGAGGGCTTACGAGAATCGAACGGCACACCCGCCCTCTGTTCCTGGAGCAGGGATGGTCTTTATTTACTGAACAAGAAAGAAGCACCTGAGGTGGCCCAGCCTTACTAAGGAGCCTTGTAGCAGATTCACCATCGCAGAAGGGAAATGAAGCCATGTCACATCCACATGCTCCCCCTTGCAGACACCCCACGGGACAGTGCAAGCATCCGGCTTTGTGTGTGTGAGTGTATGTGTGTGAGTGAGTGTGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTGTGTGAGTGTGTGAGTGTGTGTGAGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTGAGTGAGTGTGTGTGAGTGTGTAAGTGAGTGTGTGTCAGTGTGTGAGTGTGAGTGTATGTGTGTGAGTGTATGTGTGAGTGTATGTGTATGAGTAGGTGTGTGTGTGTGAGTGAGTGTATGTATGTGTTTGTGCGTGTGTGCATATGTGTGTGAGTGTATGTATGTGTTTGTGCATGCGTGTGTGCATGCGTGTGTTGGTGAAAGCAGCCTGGAAGGGCCATGGTTGCTGTGTGACCCTTGGCTCGCCTGCTTTGGAAATCCAGTTTACTGTATCAGAGCTTTATTGTAGGCATTTAAAAAAAAGAAACAGATTGAATAACCTATGAAATAATTTGGGCTTAAAAGTAGAATATAAATTATCTGAGAGGGGGAAGGGACACAAAACCCCTTCTCTTCCCTTTCTTGGAGAATCACGGAAGCTTCTTGTGTACGTGTTCCGCCCTGACGGCTGAAATGGCACACATCGCTAGAGCGCATCTTCGGTTTTGAAAGGGTGCTTAAGCTCCAGCGTTTTTTTTGGTTCTCATAGCAGTGAAGTGCTTATCATTTGCATGAGTAAGGGCACAGGAGAAAAACATTTTATTCAGGAGTTTCACGGTCGAGTATGGAAGGGTTCTCACCTCCGCGCAGAGGCCTAAGTGCTGGTGAATGTCTTGAGCCTGCCCTCTGAAGATCAGTTTGGCCTTCAGAACCGCACAGTGTCGCTGAGCCTGGATGCACTTAGGGCCCACGCCTTCTCGGTTCCACAGTCTTGTGCAAGTAACCACTTAGTCTCGCGTGTACCGGAGAGAAGAGTGTGTTTGTGTGTGCATGTGTGTTTATCGTTCCTAAGAATTTGGCACAATTCTCGACTGAGAATCTATACTGCAGAACATAATGTTTAAGCAAGCATTTTTTAAAAAATTATTAGTCTCTTATAAGCCATTGAAATCTCGCCACCCCAAGTGTTTAGTAGCTGGCTTTAAGGTTACAAGATGGGGGAAAAGGTCAATGGAAGGGCCAGGAAAAAAGTAAATAAATAATGTGGGTAAAACCAGGTTGTGGGTGTTAGAGAGTCTTTGAGGATTCTTGTTCAACGCCATTTCTCCACTTCAGAAGTACCACATTTTATAGGACAAAAAGCCCCAACAGTTTTCTCAAAACAAAGTTTATTATGTAAAAGTTGATTTTGACTCAGACTTATGGAAAAATTGAACTGAAGAAGTACGTTTTTATCTGCTGAAGTAGAAATACTAGTGTGTTGACCTCTGAGGCCTCTAACTTATCCAACTAATTCTAATTTTCAGAATCCCATAACGACAACAATTTATGATACTGCACATTAGAAGCAGCTGTGCAGGTCCCACAGCCACACTGTGTATGGCCGTGCAAGCATGGAAAGGGTTACGTGTGAGAAGCCAGGCAAGGTGGAAGTGGGGATATTTGCATTTGGGCAGGCTCTTCCTGGGAGGCATTCCTAAGGCCCAGCGTCTGCACCAGCCCTTCACAGTGCCCAGGCATCACGCCCCCACGCTGAACTGTGCCAAGCCCTCTCCCTGTCCCTCTGGTACAAGTCTGACACTTGTGCATGATATTTGCCAAGATGGGGATAAAAACCCAAGGACAGGAAAGTGACACTTGTCAGCACATGAACTGGCAGGGCACAGAGAAGAGCCGGCCTGTCGGCATTTCTTTAAAGCCTGATCCACCTAGCAACCAGATAAATGAAAGTTTGTTCTAACATGCCTTAAAATATTATGGTTTGACCCAAAGACCCACTATTTCTTTAGCTATCATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000051564:ENSRNOT00000086959:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007117=Ras=PU(61.7=95.2),PF0020517=TPP_enzyme_M=PU(8.9=6.7)
A:
NA
C2:
PF0007117=Ras=PD(37.7=76.2),PF0020517=TPP_enzyme_M=PD(89.9=88.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]