HsaINT0137307 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000125249 | RAP2A
Description
RAP2A, member of RAS oncogene family [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9861]
Coordinates
chr13:97434222-97469128:+
Coord C1 exon
chr13:97434222-97434784
Coord A exon
chr13:97434785-97464204
Coord C2 exon
chr13:97464205-97469128
Length
29420 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGC
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TTTTGTTTATTCTCTCATAGGTA
3' ss Score
10.55
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGCCCTCAGTCCCACCCGGTGCCTACGGGGCCGCATCGCCGCCCGGCTCGGCCCGGCCCATGCCCAGGGCCGCTGCTCCCTCAGTTGCCGCCGCCGCCGCCGGCGCCCAGGGGGCCGCCGCGGCTGTGAGGTGGGGGCGGCAGCGGGAGGCGGCGGGGCGGGCCGCCGGGGCCGGGGCTGGGGGCGCAGCGCGGCCGGCGTAGGTCTATGTCGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGCGGAGGGACGATGCGCGAGTACAAAGTGGTGGTGCTGGGCTCGGGCGGGGTAGGCAAATCCGCCCTGACCGTGCAGTTCGTGACCGGCACCTTCATCGAGAAATACGACCCCACCATCGAGGACTTCTACCGCAAGGAGATCGAGGTGGATTCGTCGCCGTCGGTGCTGGAGATCCTGGACACGGCGGGCACCGAGCAGTTCGCGTCCATGCGGGACCTGTACATCAAGAACGGCCAGGGCTTCATCCTCGTCTACAGCCTCGTCAACCAGCAGAGCTTCCAGGACATCAAGCCCATGCGGGACCAGATCATCCGCGTGAAGCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATGAGAAAGTGCCAGTCATCTTGGTTGGGAACAAAGTGGACCTGGAAAGTGAGAGAGAAGTATCGTCCAGCGAAGGCAGAGCCCTTGCTGAAGAGTGGGGCTGCCCCTTTATGGAAACTTCCGCTAAGAGTAAAACAATGGTGGACGAACTCTTTGCAGAAATTGTGAGGCAGATGAACTATGCTGCTCAGCCTGACAAAGATGACCCATGCTGTTCTGCATGTAACATACAATAGCATCCAAATATGGCTGTCCTGGATGGGATTTGCCCAATGTCGTAGGTGATAGAAAACTCGCCTACTCCACTGCAGAACTTGCAGAATGCGTGGTGTTAATCTACAGAGAACTGCAGCCCTTATTCAGAATTGAGCAGTGATTGTCAGTTGATATCTCTGAGTAACATTTGGGTTCAGTAACTACAGTTTTCACCATTTGTCCTCAGTCTCCTTTATGCATCTGCAACTTTAAGGCATAGTCCATCGATCTACAGGGTGATCTCATTTGAAAGCTATGATGGCATTGTCGCTGAGTTGACAGAAGCAACTATTGTACAAATTAAAAATAACCATAAGGGAGAAACCAGAAGAATTCCTCTGACCACTTACAATTAAAATATTTTGTCTTCTTTAAAAAAATAAGTAAAGGAGAAATATTTTCCTACAAGAGTACTGAATTTCAGGAAATGGGATAGAGCTTCTAACCAATGTATTCCGTCAAGTAAGATAATAACAGCTGACCTGCCAACAGCATTACAGGGAGATTCTTTGCTCAGCTAACACATTTCTGTTTTTCAAAATTGATGCTTAATTGTAGCTGTTATTCTAATTTGTGACATGGAACTAACTCATGCTTCAATCCTTGATAGAGCAAAACTCAGAACAGGTTATGTAAAAATATAGTCTGGCTTTAGAATTTGTTAATTCACCTGCTTTGCCACAGAAAATGGAGGCTTTCACAAGGGTTTGATCAGAATTAAAACCCCAAACCCGCCCTCTGTTAGGGGTGGTCTTTATAACTTTACTGAACAAGAGGGAAGCAACTGTGATGGGAAGAGATTACCTAGCCTTACTAACAAGAAGCATTCTAATAGATAAACTAGTACCATCATGTAAGGAAGATGAAGCCATGTTGCATCCACATGTTCCCGTTTGCAGAAACCTCACAGGACAGTACGAATATCTGGCATTTTTAAGTTCATTAAAGCAGCAAATTCCTTCTCGCCTTTAAGGGCTATGGTTGTAGTGTGACCCGTGGCTAACCTGCTTTCAAAATCAAGTATTTGCTGTAGCAGAGCTTTATTGCAGGCATTTTAAAAATTGAATAACCATGTGAAATAATTTGGGCTTAAAAGTGAACATAAATTATAGAGTGGAAGGTAAGGGACAAAAGCCTTTTACCTTTAATTTTCCTGGAGAATTATATAAAGGTTTTCTTAGAACAATTTTGCCCTGATTACTGAAGCGTCAAATAAAGCTGGAGTGAAAATTTTGTTTTGAAAAGGTGCTCAAGCTCTGACATTTTTGGTTTTCATAGTCGTGAAGTATTTATCATTTGCATGACTAATGGCACAGGAAAAACCTATTCATAAGTTTTACAATCAAGTATAGAGGGGTCTTCAGCTAACTTAGTTATACATAAATGCTGAAAAGATTATCTTGAGCTGGGCCTTGGGAGAAGAATTTGGCCTTCAGAACTGCAATATCACTGAGCCTGCGATCTATACACCACCCCACATTTTGTTGGTTTCACAGTCTTGTGCAAGTAACCTCTGGTCTTACGTGTGTAACTGAGAGAAGAGTGTGTGTTTGTGTGTGCATGTGTGTTTATTGTTCCTAAGAATTTGGCACAAGTCAGAGATAATTGCCTATACTAAGAATCTATACTGCAGAATATAGTGTATCAAAAACTTTTTTCTTTTAAATTATTAAAGTGTCTTTTATACTTTTATGAAATCATTGGTAGCCCCCCAAGTGTTTAATAACTGGCATTAAGCTTAGAGGGTGAAAAAAAAAAAAAAGATTGATAGTATTTTTCATAATGAAAAAACTGAAGAGATACGTGAATGAAACCAGGCCATAGCTGTCATAAATCTTTGACTTTTGAATATTTACATTCTTCAGTATAATTTTTTATAATCCTCAATTATGAACCACCTTGTTTATAGGACAAAAAAATTTAACCAATTTTATTGAAACGAATTTCACTGTGTAAAAGTTGGTTTGATTCAAACATGTAGAGAAGTTGTAGATTCAAGATATATGATTTCTCTATGGAAATAAAAATATTTGTTAGTGAATTGGTTGAGTTTTGATTCCTCTAACTTCTCAGAATGATTCTTTAGAATTCTATAATTCATAGCAATTTTTGACAAGTAAGATTGCAAAATAGAAATATCTATAAAGATTCCACAGTTTGACATTATGGCTTGCTATGCAGATGTGAAAATAGGTTAAATAATATGAAAGATATGGCAGAATGTAAAGTGGAAAAGATGACCTAAAATTTTGAGTTGTATTAATAGTTAAAAACATTTGTGTCAGATGACAGGGTGGGCTTTTACTGTCAAGACATGAATAAGAACTGATCTGGCTGCCTGATGAGTGTTTCCACGCAGCCCTGCATATTTAGTGACCAAGGCATCAAGGACATCCCGAAACTGGAAATTCATATCCATCTGGTATGAATATATAACTCAGCTGGCAAATGAATGTGTTTGTTGAGATATTACAGTAATAAAACACTTAAGAACAGGAAGATTACATTTGTTGGCATACGAAACCTTAGTGGCTACAGAAGAAAGTTGACCTTGTGTCACTATTTATTTTATGCCCTGATCAGACTAGCAACTTAGATAAGTGAAAGTTTTTCTAACATGCCTTAAAAATATTATGGTTTGATCCAAAGACCCACTTTTTCTTTAGCTCTTGTGATAAGATTTTCTTTTTTTTACTTTTATACAAAGGCAGCATCTTTGAATTTTTTTTTCTTTTGATGTTGCAACTTTTGGGTTCTTTTAAACTGTGATAGTGATGGTAACTGATGCCTTTCATTTTGTTCAACTTATACAAAACAAGCCAGCATCTGATCAAAAGTATTACATAAAATATTTTCTTAAACTATTGAAAGGTGCTTTGATGATTTTCTCCTTTGGTTTGTAGAATTAGGACTGAACTTTTGACTCAAATTGCTACAGTTGCCATCACCTTTCTGTGGTAATACTACTGATATTTGCTTTTCTATATAAAGAAATGTTGCCTAAGGCTGTCTGGTATTTCTTTTCAAGGGTTTTCCAGTATGAATGTTAATGTTGTCAGTGTATGTATGAATATGAAAGTGCTTTGTTTTGTTTGTTGCTGTTTTTTGTTTATGTGTGTGTTTTTAATTTTTTTGTTCTTATCAGCAGTCTTGTGTTAGCACTGGGTAAGCTTTAATTGTCCCTTAGCCAATCAAACATTAAGGACTATGGAGGTCTTTTTTTTTTTATTTAACATGTCATTGTTCATCTATTAAATCTTGATCAGGGTTTCAAGAATGACTGCAGTGGGTTTTGGAAACAGACTTATCATTATTGATTTGAGGTTTCCCAGAGATATAGTTCACAGTTAATTGTTGCGCTCTAATACAACTGACCATTTAAAATTGAACAAGTTTATTGTTTTGTAACAATGTCAGTTGTTAAACCTTGACATTTCAATTAAAACATGAATTGTAGTTATAACTCAATGCAAATTCAACAGTTGTATTTGGAGTTAAATTATTTTAACAAATAAATTTATTTAATGAAACTCTGGATTTGCTTTGTTTTGTACATGCTCATGAGAGAAATGTATTATATACAAAAACAATTAAAAATTGCCATATAATGAATTTAGTACTCTTCATACAAAAATATTTTAGCTGATTTGAGAGTTCATCATATAAAAAGGCAGGTAGGTAGATAATTTTCATAGTCTTTAAAAATAAAAATAACATGTAAGAGACTGTAAAATCAGTTATTATAAATATAAACTTATCTCTACAAATGATTTTATATTTTGAATGGTAGCTGGTTAATTTAAAGCCTGATGCTAAGGTTAACAGAATTGTTCAAATAATTAACATTAATTAGCAATATCACTAAAATGATTCAGAGGCCTTCTAGTGATGGCTTGAAGCCGTCTTTCTGTTTTCAGGTCATGTGGATCCGAAGGTGCCAGAAGCTGAAGGTTGCCGCCAGGCTGTAGGGCCTGCTTGTTCTATATGGGGCCCTATGAAAGTTGACAGATGCTGTTAATTGTATACAGCCTTCAGCTGCTCTGATAAGGAGCCCATTCATTTCCTAAGCCAATTTAAACTATGCCTTTTGGTTATGTTGCCTTCAAACTCTGTTGAAATCCTCTGGCAGCATTCCACCAGTTGAGAAGCTTCATTGTTTTAGATTATAAGAATAATTTGAATGAATATAACAGAGGCACTGTAGATAGAATCCCAGATATTTAAAGGAAAACATGCCTATATTTTAGGAATATCTTCTGAAGAACTTCATAATTTTATTTGAAGTGTTTGTAAATTTTTTAATAAATTATTTAAATGTATCAATAGTGGATAGTTGGAAGAACGTCTTTGAGGCTAAAAAGTAGTACTCTGAAATTCTCTCAAGTTATATTATTTGTCTGTTAGAGGTCCACGAATGAAAATATATGTAGCTAAAGGAGTAAGGTGCTGCCCAATTTGGAACCCAACTGACCTCTAGGATCTATGAAGCAGAGAATATTACCACAAACTTCTGAAAGAAGCTGTTGACCTCGTTTCTTAATTTAAAATATGTTGCCACATAAATACTAATAAAACATAGTTGCTCTTCATCTCTTAAATGGATCATTCCAACTGGTTTTACATCGTTGAATATTATCTAGTATTTTTAATAAATATTTTCATAAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000125249:ENST00000245304:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.010 A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007117=Ras=PU(61.7=95.2)
A:
NA
C2:
PF0007117=Ras=PD(37.7=76.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development