GgaINT0105932 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016889 | RAP2A
Description
RAP2A, member of RAS oncogene family [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9861]
Coordinates
chr1:144529640-144559205:-
Coord C1 exon
chr1:144558524-144559205
Coord A exon
chr1:144529878-144558523
Coord C2 exon
chr1:144529640-144529877
Length
28646 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGCCG
5' ss Score
4.05
3' ss Seq
TTTTTGTTTTTTAACTGCAGGTA
3' ss Score
10.87
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]