BtaINT0122288 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020412 | RAP2A
Description
RAP2A, member of RAS oncogene family [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9861]
Coordinates
chr12:78507683-78546608:+
Coord C1 exon
chr12:78507683-78507996
Coord A exon
chr12:78507997-78544764
Coord C2 exon
chr12:78544765-78546608
Length
36768 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGA
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
CCGTGTCTGTTCTCTCCTAGGTA
3' ss Score
11.19
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020412:ENSBTAT00000027204:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007117=Ras=PU(61.7=95.2),PF0020517=TPP_enzyme_M=PU(8.9=6.7)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development