MmuINT0131648 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000051615 | Rap2a
Description
RAS related protein 2a [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97855]
Coordinates
chr14:120877683-120906414:+
Coord C1 exon
chr14:120877683-120878262
Coord A exon
chr14:120878263-120902822
Coord C2 exon
chr14:120902823-120906414
Length
24560 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGC
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
ATCCCTGTGTGTCTTTTCAGGTA
3' ss Score
12.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGGGCCCGCGGTTCGGGCGGCTCCGGCTCGAGGTCGAGCTCTGTTGCTGCTCTCGCCCTCGGGGCTGCATCGTCCTCCCGCTTGGCCCGCTCACAGGGCCGCGCACGACTCGTTCAGCTGCAGCCCCGCTGCCGGCGCCCGGGGCGCTGCCGCGGCCGTGAGCCGACGAGTCCGTAAGGGCGGCGGGGCCGCGGGGTCGGGGCGCGGCGCGCGGGCGCAGGTCTATGTCGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGCGCAGGGACGATGCGCGAGTACAAAGTGGTGGTGCTGGGCTCGGGCGGGGTAGGCAAATCCGCCCTGACCGTGCAGTTCGTGACCGGCACCTTCATTGAGAAATACGACCCCACCATCGAGGACTTCTACCGCAAGGAGATCGAGGTGGACTCCTCGCCTTCGGTGCTGGAGATCCTGGACACCGCGGGCACCGAGCAGTTCGCGTCCATGCGGGACCTGTACATCAAGAACGGCCAGGGCTTCATCCTGGTCTACAGCTTGGTCAACCAGCAGAGCTTCCAAGACATCAAGCCCATGCGGGACCAGATCATCCGCGTGAAGCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000051615-Rap2a:NM_029519:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.010 A=NA C2=0.196
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007117=Ras=PU(61.7=95.2),PF0020517=TPP_enzyme_M=PU(8.9=6.7)
A:
NA
C2:
PF0007117=Ras=PD(37.7=76.2),PF0020517=TPP_enzyme_M=PD(89.9=88.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: