Special

HsaINT0137307 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
RAP2A, member of RAS oncogene family [Source:HGNC Symbol;Acc:9861]
Coordinates
chr13:98086475-98120252:+
Coord C1 exon
chr13:98086475-98087038
Coord A exon
chr13:98087039-98116458
Coord C2 exon
chr13:98116459-98120252
Length
29420 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGC
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TTTTGTTTATTCTCTCATAGGTA
3' ss Score
10.55
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCGCCCTCAGTCCCACCCGGTGCCTACGGGGCCGCATCGCCGCCCGGCTCGGCCCGGCCCATGCCCAGGGCCGCTGCTCCCTCAGTTGCCGCCGCCGCCGCCGGCGCCCAGGGGGCCGCCGCGGCTGTGAGGTGGGGGCGGCAGCGGGAGGCGGCGGGGCGGGCCGCCGGGGCCGGGGCTGGGGGCGCAGCGCGGCCGGCGTAGGTCTATGTCGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGCGGAGGGACGATGCGCGAGTACAAAGTGGTGGTGCTGGGCTCGGGCGGGGTAGGCAAATCCGCCCTGACCGTGCAGTTCGTGACCGGCACCTTCATCGAGAAATACGACCCCACCATCGAGGACTTCTACCGCAAGGAGATCGAGGTGGATTCGTCGCCGTCGGTGCTGGAGATCCTGGACACGGCGGGCACCGAGCAGTTCGCGTCCATGCGGGACCTGTACATCAAGAACGGCCAGGGCTTCATCCTCGTCTACAGCCTCGTCAACCAGCAGAGCTTCCAGGACATCAAGCCCATGCGGGACCAGATCATCCGCGTGAAGCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATGAGAAAGTGCCAGTCATCTTGGTTGGGAACAAAGTGGACCTGGAAAGTGAGAGAGAAGTATCGTCCAGCGAAGGCAGAGCCCTTGCTGAAGAGTGGGGCTGCCCCTTTATGGAAACTTCCGCTAAGAGTAAAACAATGGTGGACGAACTCTTTGCAGAAATTGTGAGGCAGATGAACTATGCTGCTCAGCCTGACAAAGATGACCCATGCTGTTCTGCATGTAACATACAATAGCATCCAAATATGGCTGTCCTGGATGGGATTTGCCCAATGTCGTAGGTGATAGAAAACTCGCCTACTCCACTGCAGAACTTGCAGAATGCGTGGTGTTAATCTACAGAGAACTGCAGCCCTTATTCAGAATTGAGCAGTGATTGTCAGTTGATATCTCTGAGTAACATTTGGGTTCAGTAACTACAGTTTTCACCATTTGTCCTCAGTCTCCTTTATGCATCTGCAACTTTAAGGCATAGTCCATCGATCTACAGGGTGATCTCATTTGAAAGCTATGATGGCATTGTCGCTGAGTTGACAGAAGCAACTATTGTACAAATTAAAAATAACCATAAGGGAGAAACCAGAAGAATTCCTCTGACCACTTACAATTAAAATATTTTGTCTTCTTTAAAAAAATAAGTAAAGGAGAAATATTTTCCTACAAGAGTACTGAATTTCAGGAAATGGGATAGAGCTTCTAACCAATGTATTCCGTCAAGTAAGATAATAACAGCTGACCTGCCAACAGCATTACAGGGAGATTCTTTGCTCAGCTAACACATTTCTGTTTTTCAAAATTGATGCTTAATTGTAGCTGTTATTCTAATTTGTGACATGGAACTAACTCATGCTTCAATCCTTGATAGAGCAAAACTCAGAACAGGTTATGTAAAAATATAGTCTGGCTTTAGAATTTGTTAATTCACCTGCTTTGCCACAGAAAATGGAGGCTTTCACAAGGGTTTGATCAGAATTAAAACCCCAAACCCGCCCTCTGTTAGGGGTGGTCTTTATAACTTTACTGAACAAGAGGGAAGCAACTGTGATGGGAAGAGATTACCTAGCCTTACTAACAAGAAGCATTCTAATAGATAAACTAGTACCATCATGTAAGGAAGATGAAGCCATGTTGCATCCACATGTTCCCGTTTGCAGAAACCTCACAGGACAGTACGAATATCTGGCATTTTTAAGTTCATTAAAGCAGCAAATTCCTTCTCGCCTTTAAGGGCTATGGTTGTAGTGTGACCCGTGGCTAACCTGCTTTCAAAATCAAGTATTTGCTGTAGCAGAGCTTTATTGCAGGCATTTTAAAAATTGAATAACCATGTGAAATAATTTGGGCTTAAAAGTGAACATAAATTATAGAGTGGAAGGTAAGGGACAAAAGCCTTTTACCTTTAATTTTCCTGGAGAATTATATAAAGGTTTTCTTAGAACAATTTTGCCCTGATTACTGAAGCGTCAAATAAAGCTGGAGTGAAAATTTTGTTTTGAAAAGGTGCTCAAGCTCTGACATTTTTGGTTTTCATAGTCGTGAAGTATTTATCATTTGCATGACTAATGGCACAGGAAAAACCTATTCATAAGTTTTACAATCAAGTATAGAGGGGTCTTCAGCTAACTTAGTTATACATAAATGCTGAAAAGATTATCTTGAGCTGGGCCTTGGGAGAAGAATTTGGCCTTCAGAACTGCAATATCACTGAGCCTGCGATCTATACACCACCCCACATTTTGTTGGTTTCACAGTCTTGTGCAAGTAACCTCTGGTCTTACGTGTGTAACTGAGAGAAGAGTGTGTGTTTGTGTGTGCATGTGTGTTTATTGTTCCTAAGAATTTGGCACAAGTCAGAGATAATTGCCTATACTAAGAATCTATACTGCAGAATATAGTGTATCAAAAACTTTTTTCTTTTAAATTATTAAAGTGTCTTTTATACTTTTATGAAATCATTGGTAGCCCCCCAAGTGTTTAATAACTGGCATTAAGCTTAGAGGGTGAAAAAAAAAAAAAAGATTGATAGTATTTTTCATAATGAAAAAACTGAAGAGATACGTGAATGAAACCAGGCCATAGCTGTCATAAATCTTTGACTTTTGAATATTTACATTCTTCAGTATAATTTTTTATAATCCTCAATTATGAACCACCTTGTTTATAGGACAAAAAAATTTAACCAATTTTATTGAAACGAATTTCACTGTGTAAAAGTTGGTTTGATTCAAACATGTAGAGAAGTTGTAGATTCAAGATATATGATTTCTCTATGGAAATAAAAATATTTGTTAGTGAATTGGTTGAGTTTTGATTCCTCTAACTTCTCAGAATGATTCTTTAGAATTCTATAATTCATAGCAATTTTTGACAAGTAAGATTGCAAAATAGAAATATCTATAAAGATTCCACAGTTTGACATTATGGCTTGCTATGCAGATGTGAAAATAGGTTAAATAATATGAAAGATATGGCAGAATGTAAAGTGGAAAAGATGACCTAAAATTTTGAGTTGTATTAATAGTTAAAAACATTTGTGTCAGATGACAGGGTGGGCTTTTACTGTCAAGACATGAATAAGAACTGATCTGGCTGCCTGATGAGTGTTTCCACGCAGCCCTGCATATTTAGTGACCAAGGCATCAAGGACATCCCGAAACTGGAAATTCATATCCATCTGGTATGAATATATAACTCAGCTGGCAAATGAATGTGTTTGTTGAGATATTACAGTAATAAAACACTTAAGAACAGGAAGATTACATTTGTTGGCATACGAAACCTTAGTGGCTACAGAAGAAAGTTGACCTTGTGTCACTATTTATTTTATGCCCTGATCAGACTAGCAACTTAGATAAGTGAAAGTTTTTCTAACATGCCTTAAAAATATTATGGTTTGATCCAAAGACCCACTTTTTCTTTAGCTCTTGTGATAAGATTTTCTTTTTTTTACTTTTATACAAAGGCAGCATCTTTGAATTTTTTTTTCTTTTGATGTTGCAACTTTTGGGTTCTTTTAAACTGTGATAGTGATGGTAACTGATGCCTTTCATTTTGTTCAACTTATACAAAACAAGCCAGCATCTGATCAAAAGTATTACATAAAATATTTTCTTAAACTATTGAAAGGTGCTTTGATGATTTTCTCCTTTGGTTTGTAGAATTAGGACTGAACTTTTGACTCAAATTGCTACAGTTGCCATCACCTTTCTGTGGTAATACTACTGATATTTGCTTTTCTATATAAAGAAATGTTGCCTAAGGCTGTCTGGTATTTCTTTTCAAGGGTTTTCCAGTATGAATGTTAATGTTGTCAGTGTATGTATGAATATGAAAGTGCTTTGTTTTGTTTGTTGCTGTTTTTTGTTTATGTGTGTGTTTTTAATTTTTTTGTTCTTATCAGCAGTCTTGTGTTAGCACTGGGTAAGCTTTAATTGTCCCTTAGCCAATCAAACATTAAGGACTATGGAGGTCTTTTTTTTTTTATTTAACATGTCATTGTTCATCTATTAAATCTTGATCAGGGTTTCAAGAATGACTGCAGTGGGTTTTGGAAACAGACTTATCATTATTGATTTGAGGTTTCCCAGAGATATAGTTCACAGTTAATTGTTGCGCTCTAATACAACTGACCATTTAAAATTGAACAAGTTTATTGTTTTGTAACAATGTCAGTTGTTAAACCTTGACATTTCAATTAAAACATGAATTGTAGTTATAACTCAATGCAAATTCAACAGTTGTATTTGGAGTTAAATTATTTTAACAAATAAATTTATTTAATGAAACTCTGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000125249-RAP2A:NM_021033:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
  C1=0.010 A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0007117=Ras=PU(61.7=95.2),PF0020517=TPP_enzyme_M=PU(8.9=6.7)
A:
NA
C2:
PF0007117=Ras=PD(37.7=76.2),PF0020517=TPP_enzyme_M=PD(89.9=88.8)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development