RnoINT0124499 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004917 | Rasal2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1307566]
Coordinates
chr13:74785639-74795838:-
Coord C1 exon
chr13:74794977-74795838
Coord A exon
chr13:74785774-74794976
Coord C2 exon
chr13:74785639-74785773
Length
9203 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
AATGGAAATCTCTGTCATAGGTT
3' ss Score
6.16
Exon sequences
Seq C1 exon
TGATTTGCATAAACTAAAGTCTCCAAGCCAGGATAACACAGACAGCTATTTCAGAGGAAAGACGCTGTTGTTGGTTCAGCAAGCCTCCTCCCAGAGCATGACGTACTCTGAAAAGGATGAAAAGGAAAACAGCCTTCCTAACGGTCGGAGCATCTCCCTCATGGACCTCCAGGACACCCACACTGCTCAGGTGGAGCATGGATCTGTCATGCTTGATGTGCCTATGCGCCTTGCAGGAAGCCAGCTCTCTATAACCCAGGTAGCTAGCATCAAACAGCTTCGGGAAACCCAGAGCACTCCCCAGAGTGCACCTCAAGTGAGAAGACCCCTGCACCCAGCCCTGAACCAGCCAGGAAGTCTCCAGCCCTTGTCATTCCAGAACCCTGTCTATCACCTCAACAACCCAGTTCCAGCAATGCCAAAGGCCTCTGCGGATTCCAGTTTGGAGAACCTAAGCACTGCCAGTTCTCGAAGCCAAAGCAATAGTGAAGACTTCAAACTCAGTGGGCCCAGTAATAGCAGCATGGAAGATTTCACCAAAAGAAGCTCACACAGTGAGGACTTCTCCAGGCGGCACACTGCACCAGACAGACACATACCTCTGGCTCTGCCACGACAAAATAGTACTGGGCAGTCCCAAATCCGAAAACTGGACCAATCTGGGCTGGGTGCCCGAGCCAAAGCACCCCCTTCTCTGCCACACAGTGCTTCCTTGCGTAGCACGGGGAGCATGTCCGTGGCATCTGCAGCCCTGGTGGCTGAACCTGTGCAGAATGGGAGCCGGTCCAGGCAGCAGTCCTCTTCCTCCAGAGAGAGCCCTGTGCCCAAAGTGAGAGCAATCCAGAGACAACAGACACAACAG
Seq A exon
GTAGGGTGTACTGAAAGGCCTTGGCCTCTGCTTGCGTGAACAGCTACATTGGCCCTTTGTATATAAGCTGTCCAGAACTGAATTGACACTTAATAATGTCTTGACAACCCTTAAACAGAAGAAAGGAAAGGGGTTGGGGTTCTTCTGGATAGGTGAGAGCAGAAGGGAGCTTGACTCATTAGGAGACACAAACACTCAGGAGGCCTTTCTTTTCCATGAGGAATGGCGCCTTTTCTTCAAGGTGTGCTTAGAGCACAGCTGTGGCTTTGGATGAATAATTGCACAGTTAAATAGGAGATCCATAGTCAGAATCAACTGTACTTAGGGAATCTGGAAATTAACCCTCAATTTCTTCCTTAAGCTTCCAGAGTAAAGTTTTACATTCTGAGCTGACAGTTTACCGTAACTGCTCTCCATCCCATCCCCCACCTCCCTGTGGAAATGCCACGTCCCATGTGCCTTTTCCTGGAAATGGCTAGAATAATAAACAACTGAACACCTAGAGAGCAAGCGAAAGAAGGACAAGATACAAAACCACAGATGGTCGATAAGTACTTGAAATATTTTCACATTTCTTACATTGCTGCATACGTGAACAAGTCAAGCTTGTGTCTTATAACATTTTGAAATTTTATTTACTTGCCCAAAATGTAATCATTCCTTCCTTAATGTATGACACTTTGAACAATTTATATGTATTTTGTCCTTATGTATAAACTAACTTTAGAGAGATCGCTTTTTTCTTCCACTCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCATCTAAAAGAGTTTTTTCCTAAAAACTCTTTATTTTTAATTTTTTACTTTTATGGAGTTTTTAATGCAATATTTTTGTTTTATTATTATTTCTTTTTGGAGGCAGGGTCTCACTGAGTAACGATGGCTGGCCTTGAACTCATAGAAATTAGCCTGCCTCTGCTTCCCTAATGTGGAAATTACAGCCTTGCACCACTATACCTGGCTTGAATATTTGTATTCTTTAAGAATTTGCATAAAATGTGTTTTGATCAAATCCAACCATATTCCCTCCCCTCCTGCTCCTCCTCTATTATTCAACACCACTTTTCTATCCCAGTTTAATGTACTCACTCTCTATTGAAAAAAATTTAGTCCACTTAGGGCTATGCATGCGTTCATGTGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTGCATGCATGCATGCCCACTTATATCCCTTAGGTACAGGCTCCCTACTGGAGCTCGAGTAGTTCTTCAGGAATGGTATCCCTAAAGCCAACTTACTCTCCCTCCCCTGGCAGAGACAGGTGCCAATGGCTTCTCCACAATTAGAGCGGACTTCATATTCCCTTCCCCTGTCACTGTTGGGATTTCAACTGGCTTAGTCTTATACCTACAGACATAGCTGCTGGAGTATGGGTGTAGTAGTTTCTGTCATGTCCAGCAAATAATCGACATTAGTTTCACAAAATCAGCTATGTCTGTTAATTATGTTCCTTCTGCCCCCTTGAAGGGAGGTGGTGTGTGCTATTGATTTAGAACAGAACACTCCACAATCTTCATTCTCTTCATACTGACCAGTTGTGGGTCTCCTTTCAAGTTCTGGAGGGAAACTAAGAGCAATGGCTATAGCCCCTGATGTTTTGCTGCGGGTCTGTGGGATCCCACTGACCCACATTTCAAAAGGGTAACCTGACTTGGCACTAGCCCTTTTATTTAATAGCTAGCATCTTTGAGAGCTTAGGACAGCCAGAGGGCAGTAAGGATGAGATAGAAGTAGAAATATTCTCACCGATTAGGTTCAGCCCTGAAAGGAAAAGTAAACATTTCTTCTTGGCTCTTGCTATTATCCACCCAAGTGCCCCTTGCAATATATTAAATCAACTTTTCTTTCAAAACTGTGCTTTAAATTTTTCTCTTCTTCTGCCTTCCCATTTCTCTTTCCTGTATCATGGAGTCCTATCATGTAGTATTTGTGCTTCTAATTCTTGTGCATTTCCCTGAGACCAGTTGTTATTTACTCAAGTAAATTGTTATTGCTCAAGTTCTACAGTGAACTGAATTTTCTACAGTGACTTTTTCTACCCAAGAAGTAAAGGGTTCATCCTTTTGCACTTGTTACTTTTTCTTCTTATCTTTCCATTTCTTTTGTTTTTTTTATCTTACATGAAGCCTCTAGTTCTGTATAATCAGCACATTTTAAAGCAAATTCCTCTACATATTTTAATTGCAAATTGTGTTAGGGAATTGTTTTCTTTCTCCCAACCTAGAGGATTTCTTTGTGGAGATTGCTCTGTAGGCAGCTATAATTATCAGTGGCTTTGTCCATGCAAATTCCATTTGTGTCTTAGCACAAAGGAGAGGCCTTTGTTGGCAGTGTGACTGGCTTCATTCAGTCTTCTCAAATACCGAGTAGGAAGGAAATAAAATCCTAGTGAAACACTTTACTAAGAAATAATTCTTTTTCAGAAAATTCTGAATATTTTGACCCCTATAAGCCACTGTCTGGATTTCTTTTTTCTCATTTTTTCTCTTTTATTTTTTTATATATCAAGTATCTCATACAAATAATAGACTTTATTTTAAATATATGAGTCGTTCAGACTTAGTGTGTCAGAAATTTGAATTTGAAGAGGCCTTTTAAATAGGCTTGTGACAAGTCCTTAAGTGTCTGCTGCTCTCTGGTTCTCACATGTTGATTTGTGGAGACCTCTTCTAACAAATCTCCTCTGAACTCTGAGATCGTGTACTTTGCTGTTGATACCAGACTGGTTGTTCACTTATGAGAACTTATTTCAGACTGAAGAAACTGAGACCAACAAGTGTCTACATCTAGTAAACACCAGCAAGAAGCATGGGTACTGGCCTGTTACCAGCTGTCCTGACAGAGCCAGACCTTAAGTGACTGTGGGTATGGGTGGGGGGGAGGGGCTGTGGTGTCAGGCCCTTTTGCCCTAGAGCATTGTTTTTCTCAAGGAAAACCTACCCAGTATCAACTCAGAGGAGGTTATAGGATACCCTCCTTTTTATGTCTTTTTTTTTCATCCTTCATTTTTGTCATGGCTTCTTAAAAGTTAAGTAAATATAAATTTTCCCCTCAGGCTGTAGCTAAGCAAGAGCCACTCCATTTCTTTGACTATAAATTAGAGATAATAACTTTTGTTACATATCCAGCTTATCAAAAGGAAATGGGATGACTATTAATGAAAAGCCTTTGATGGTCTTCCAGAGAACTAAAGGAAGAACAGTACCCTCCTCTACACAGTGTATTTTCTAATCAGTGAATTCTAATGAGAACTTGGTGTTAATATATAAAATTTTATTGAGCATTTCTTGTACATTGAATTAGTCACTGTTCAGAAGAATTTTATGATACAACGCTATTAGTTTGATGATGTAATTGAGAAGACCAGCACATGTGAGACCAAAAAAGAGAAAAAACCCTAAATAAATAAGAATAATTTAGTGGTTAAGAGCATTTGCTGCTGCTCTGAAGAGGGCTCAGATTGGACTCAGCACCTTTGTGGCAGCTCACAATGGCCTGTAACTCCGGTTCCTAGGGATTCCGCTCCCTGTCTTTTCGCCTCCTGACAGCTCCTGTTTACGTGTGTTACACACATGCCTACAAAAGCAAGCAAGCATACACATTAAATAAATAAGCATTTCTTTAAAAGGAAAAACTGTAAAAGATAGATTTTTCATGTAGTGTACATATTCTAATAGTTTTGACCCAAAATTACCTTTTATTTTCTCCCATTCTAGTATAGTAACTACTTATAATTTCCTCAATATTATTTTCTACTCATGGTTTTTGAAGGCTGTGACACAAACAGAAGGAGTAAAGCTGACCTGACCCATCTTGTCAATTTTACTTATCTTTTTTCTTTTTTAACAGCTTCCCCCAGAGTGAGAATCAACCCCAAAACTAGGAAGAGAGTTGAGATGTCCTGTTCCCCTTCACGATCTGTCACAGTTCACTGGGTGTTACTAGTTCTCCTAAAAATACAGCAGTAGCACCATCAGCAGTGGTGCCAACCAACCCTTGCTTTAAAATCTCCTCATTAACCTTCCAGGCCTAGACCATCCATGGTGTTTTTAATGTTTTTCAAGCCAAGATCTTCTTCCTTTGTATGTTCTTAGGCACACCGTTAGTTTAGAACTAAGGAGCTTTATAGATAATGAAGTTATCCCTAACAAATGACAGGGAAAGAAAGTTTATTCAGGTAATATCTCATTAAACATTGAAAGCAGGAAGCTATTGAGTGGCTGCCTTAAGTAAAAAGTTCTTAGTAGTGAGTTATGAGTTCAAATAGTTAGTTACCTTATCTCAAACTGCTGCTGAATAGACAATCCTAGTCAAGCACTTTCGTGTACCTCCTATACTAAAGTGATGTGATTGTAAAACCAAAGGCTGCTGTCTTCTTTAAATGTTGATAATCTATTCGTCTTTGAGATCCTGTGCTACACTTTTTGTTTTATAGCAGATAATGAAACCCAATATTTCTGTTTCTCTTAATCAGTACAGAAATAGTTCATTGCACTTTGCTTTTCATATCTGGCAGGCAGAAAATTACATGTGTATTTTTGTATAAACTACTTGTAATTTATGAGGTGTTCTCACTTTCTGTCTTGTTTTTCTTATAACTTGTTTTTTGGGGGGTTTTTTGTTGTTTGTTTGGGTTTTTTTGTTTGGTTGGTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTATGACAGGGTCTCTCTATGTAATCCTGGCTGTCCTAGAATTCACTATCTAGACAAGGCCATCCTCAAATTCACAGAGATGCCTGCCTCTACCTCCCCAGTGCTGGGATTAGAAGCATATGACACCATGCCAACTATCATAACTTTTTATATGAATACTTCTGTCCTTTCGTAGATGACATTATATTCTTTAGGCCAGAGTTCCCAAAGTATGATGTTTAAAAATGAATTAAGTTTACAGGGGTATCTACATAGCCATATAAATAAA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Seq C2 exon
GTTCAGTCACCTGTGGACTCTGCCACAATGTCCCCAGTAGAAAGGACAGCAGCCTGGGTTCTGAACAATGGACAGTATGAAGAGGATGTGGAAGAAACTGAACAAAATCAAGATGAAGCCAAGCATGCTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004917:ENSRNOT00000033324:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.910 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120043=DUF3498=FE(57.2=100)
A:
NA
C2:
PF120043=DUF3498=FE(8.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]