RnoINT0131538 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000053122 | Scn1a
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 1 [Source:RGD Symbol;Acc:69364]
Coordinates
chr3:52381975-52395267:-
Coord C1 exon
chr3:52394997-52395267
Coord A exon
chr3:52385277-52394996
Coord C2 exon
chr3:52381975-52385276
Length
9720 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TCTAATTATTTCCCCCACAGGAA
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAAATTTCAAGGAATGGTCTTTGACTTTGTAACCAGACAAGTGTTTGACATCAGCATCATGATCCTCATCTGTCTGAACATGGTGACCATGATGGTGGAAACGGATGACCAGAGCGATTATGTGACAAGCATTTTGTCACGTATCAACCTGGTGTTCATTGTGCTGTTCACCGGCGAGTGCGTGCTGAAGCTCATCTCCCTCCGCCATTATTATTTCACCATTGGCTGGAATATTTTCGATTTTGTGGTGGTCATCCTCTCCATTGTAG
Seq A exon
GTAAGATCTATGCAAGGTCTGCCAAATTCCTCCTTATAAATGTGAGACCCGGAAACAGGAATTTAGAGTGGAGGTCACCTCACTCTTCAAAGTGCATGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTATGAATGTGTTGGTGTAAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGCTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTATGTGTTTTTGAGTCGTATTTGTTTTTCTTACAAGATGAGGCTTCCAATTCATGCAAATATTGTGTCCCACTTCATCAAATATTTACTTGCCAATTAGTAAAATCTGCCTTTATTGAGATCTATTAAAATAAAATAGATCTGTGATGTGAACGGAAATAAAAAGTGCTTTTAGGTGGTTGAGACTGGGTGCTCTATACACTATCCAGAACAATGGTTCTCAGTCTGTAGGTCACAACACTTTAGAGGGCTGAATGGCCCTTTCGTAAGGGTCACCTAAGACCATTAGAAACCCCAACTATTTACATTAAGAGTCATAACAGGGGGCTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTTGGTCCCCAGCTCCAAAAAAAAAAAGAGTCATAACAGTAGCAACATTACAGTTATGGAGAAGCAACAAAAATAATTTTATGGTTGGTGGCCACCTCAATATGAGAAACTGCATTGAAGGGCTGCAGCATTGGGAAGGTTTAGATCCATTGATCTAGATTACTTCTAGATTACTCTGCTAGGAGGGGTACTAGAAATCAGGACTGATGGTCAAGAAAGACATTGCATTACAGATGTAGATGTAGGGTCACCAGCATGCAGAGTAGAACATGGATATAAGATAATGGGAAAAGCAAACAAAGGATAAGGACCAGGCGTTAACAAAGACTAACAGTATTTTCTAGTGGCTATCACACAAAAATGTTCAATATTTCTAGAAGGAAACTGTAGCACAGAGCATCTCTTCCTTAGTCCTATCCTACAAATTGTGTAATGCAAAATGGCCTCATGAAGGTAGCTCGTGTCACTGCAGATAGAAATAATGCTTCAGAGAAGTGAAGAAGTCCCTGTATGAGGACTTCATTCCTAATGAAGATGAGGTCATTGCAAATTTTCAAGCATAGGACTCGGTTGGAAGGATCTTTGTGTTATCGAACCCTCTGAATAAGTAGGCCTTATATCTAAAATTCAACTCATGTATTATATGTAATTTTTAATTCCAACAATAATCATGTGAATAGCACATAAATAAAGACAGAAGGAGACTGAGGCAGAGAGGGCTGACTAAAGAGAATGATGCCTTTGTGCTTAAAGGCATTTGGGTTTTTGTTTGTTTATTTGGTTGGGTTTTGCTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGAATATGGATGTGTGAGGAGTTGAGAAACACCCTAGCATCTAAAGAACTTCTGGTGCAAGCTTGAGAACTAGAGAACAGATGCCCAACACCCATATAAATTATGGTCAAGCATGGCACTTTTTCCTAAGAAGACTCTTGGGTCCTCCTCAAACTATCTAGCTGGTTAGCAGAGAGCTCTGTGTTCGGGTGAGAAACCTTGCCTCAATAAATAATGTAGAAAGCAATCAAGGAGACTCCCAATGCCAGCCTCAGGTAAGACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACACTCATGCCAAATGAACAACCATGTGCCAAAGAAACAAAATCACAGGGAAAGAAAGCTGGAAAAATTTAAAAATTGAGATGTTCCAGGAGAGGAAAAGAGCATCAGCCTTGGAATATTTAATAAATATATGAGCACATGCATGGACAATTCTGTAATAATGTTAGATTAGAAACTCAAGTCTACAGGAAGATGAAAACAACATTAAACACCCCAAGACTTCACACTTTCACGAAGTGTGAAAAGAAAGGTTTGGTTCAACTATCATATTCATATACATATTGGCACTTTCATCGTTGGCTGTTGACATTGAAGCAAACTTTAGTATTTACTTCTGATGAGACTTTAAGATAGCCATAGCATATCAATACTCCTGGAAAAAATGGTACTGTGATTCTTATATTTTAATTTAGTGCTGAGTAAAAGCTAAGGTTGACTTATAGTATACAAAGTACAAGTCTATCTATATACATTCAGTTTTCCATATGTATGAAATAAATATCTGCAAATTCAAACACAGATCAAAGGTATTTTTAAGAACCCTGTTCCTCTGTTGACCATTTTTCCTGTTGTTTTCTACTTAATAAACTGCAGTAACTAGTTTGTGTTTTGTTTTGGTCTGGTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTCCTCTGTGTAGCCTTGGCTGTCCAGGAACTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCCCACCAACAGAGATCCCTTCCCTCTGTCTTCTAACTACTGGGATTAAAAGTATGGGCCACCACCACCCAGCCTTGGTTGATTTTTGTGTTGTTGTTTGGTTTGGTTTTAACATTGTTAAATGTGATAAACATTTTAAATTAATTGAAAACTTTCAGAAGGGTGTAAACAAGTTTCCTGCAAATGTGCTGCTATTTGGTATACAGGGCTTTAGGTCCTTGCATTTTGATACTCTAGGGTGGAGAAGTGCATCCTGGGACAAATCAACTGCTGATACTGGAAGACGATTGTAATATATGCCTACCATAAATCTCAATACTCTATAATTGACCTTGGACTTCCATAACTCAAATATTTTAATGAATGATTAATAGATAATGTCTTCAGTGATTGAGAGTCTAATTATTTCCCCCACAGGAATGTTTCTTGCGGAGCTGATAGAGAAGTATTTCGTGTCCCCTACCCTGTTCCGAGTCATCCGCCTGGCCAGGATTGGACGAATCCTACGCCTGATCAAAGGCGCCAAGGGGATCCGCACTCTGCTCTTTGCTCTGATGATGTCCCTTCCTGCGCTGTTCAACATCGGCCTCCTGCTTTTCCTGGTCATGTTCATCTACGCCATCTTTGGGATGTCCAACTTTGCCTATGTTAAGAGGGAAGTTGGAATTGATGACATGTTCAACTTTGAGACTTTTGGCAACAGCATGATCTGCCTGTTCCAAATCACCACCTCTGCGGGCTGGGACGGACTGCTGGCCCCCATCCTCAACAGCAAACCCCCTGACTGTGACCCTAATAAAGTTAACCCCGGAAGCTCGGTGAAGGGGGACTGTGGGAACCCATCCGTGGGGATTTTCTTTTTTGTCAGCTACATCATCATATCCTTCCTGGTGGTGGTGAACATGTACATCGCTGTCATCCTGGAGAACTTCAGCGTCGCCACCGAAGAAAGTGCAGAGCCCCTGAGTGAGGACGACTTTGAGATGTTCTACGAGGTCTGGGAGAAGTTCGACCCTGACGCCACTCAGTTCATGGAATTTGAAAAATTATCTCAGTTTGCAGCTGCTCTCGAACCCCCTCTCAACTTACCACAACCGAACAAACTTCAGCTCATTGCCATGGACCTGCCCATGGTGAGTGGAGACCGCATCCACTGCCTGGACATCTTATTTGCTTTTACAAAGCGGGTCCTGGGCGAGAGTGGAGAGATGGACGCTCTTCGAATCCAGATGGAAGAGCGCTTCATGGCTTCCAACCCCTCCAAGGTCTCCTATCAGCCAATCACTACAACGTTAAAACGAAAGCAAGAGGAGGTGTCAGCCGTTATCATTCAGCGCGCTTACAGGCGCCACCTTTTGAAGCGAACAGTAAAACAAGCTTCATTCACATACAATAAGAACAAACTCAAGGGCGGGGCTAATCTTCTTGTAAAAGAAGACATGATCATTGACAGGATAAATGAAAACTCTATTACAGAGAAAACTGACCTGACGATGTCCACTGCAGCTTGTCCGCCCTCCTACGACCGGGTGACAAAGCCAATCGTGGAGAAACACGAGCAGGAAGGAAAAGATGAGAAAGCCAAAGGGAAATGAACACAAACAAACAAAAAATAATAAATTGGGTGACAAATTGTTTACAGCCTGTGAAGTCAAAGGACTCCTTTAGGAAGTCAATGCCAAACTGACTGTTTTTACACAAATTCACTTTAAGGTCAGTGCCTCAATAAGACAGTGACCCCCTTGTCGGCAAACTCTGTGACTCTTAGGTAAAGGGGAGATGACCTTGACAGGAGGTTACTGTTCTCACTACCAGCTGACACTGCTGAAGACAAGAGACAAATGGCTATGCAGACTGTAGGGACCAGCGTAAAGGGGTGCAGAGCTATAATTTGGGGGTTTAACGTGAAACACTTTAGTGTAGTAACTGTATTCACCGTTTGCATTTCAACTGCCACATTTGTCAGGTTTTGTACAAACTCTGTTAGTGGATTCATCTTTTTTTTAAATCCATATGTTGTTTGTTACATGTGACTATTTTTGTAAACGGGGTTTCTGTTGGGAAACAGACTAAAGGAACTCTTTTCCCTGTGTGTCACCTGGGGGTATTGACATCCATACAGCCCTCCCATCTGCACAACGATGTGGTTTTGCATGTGAGGGCATGCTGTACCTTACGATCATGCATGAGAAAAAAAGTCACAAGGAAAGCAAAGTCGGTTCTTCAACAGTTCTACATCATCTGTGTTTCTGCGGGGGGACGGGGGGAGGTACTGAGGTGATCATGAGACCATGGGCTTTGCCGAGCTGGCTTTGTCAACTCTAGCCCTTAGTCCAAGGAGATTGATCGATCAGACAGGTCATTGAGTCTTAGTAGGTGCAAACTTCATCCAAATGTCTGGAGTCCTGTTACGTTTCTGTTCACTGTCTCTTCAAAGTCTCTAAATTATGACTCTGACTCCCTACCCCCAGCCCTAGCAGAGCGAATTGACCAAAAGAACCCTTTATAAATTCCCGCTTAACCCTGCACTTTGTTTAGCCATCTTCAGCTCTCAGCGAGGTTGACACTGTAATGTGTTAATGAAATGCTATTTATTGTGTAAATAGTCATTTTACTCTGTGGTGCACGTTTGAGCAAACAAATAATGACCTAAGCACAGTATTTATTGCATCAAATACGTACCACGAGAAACGTAGAGTGCAAGCTGTCCGCTGGTAATATACTGTATTCTGTACCATTATAGATAGTGTGGATGCTGTCAGTGCATGTCGATATTACCATGCTGCGGTATCTAGTTTCTCCCACCACTCAGAATCTCATACTCATGAGACACCATAGGTCAGTGGCTAAGTCAAGGAAACCGTTCAGCAGATTTCATTTCTTTAAGTCATTAAGCAATAGTTTGCAGCATTTTAACAATGTCTGGGTTGTTTTTCAATTCTAAGTGGATGACGTTCAATGTATAGCCAGACTGTACATACATGTTCGGAAGACAACACTACTGCTTAACCTGTTAAAACATGTTTAGAGTTTTATAAGCAAGTATAAATACTGTACAAAGTCACTTTCTTTTGTTTTTCAGCATCATGTACATATGAAGAGGAAATTATCTTCAGGTTGATATCACGATCACTTTTCTTACTTTCCGTCCACAGCAGTTTTTCATGGAAGATATTTGCTAACTAAGAAATGAAACCATGACGGGGTAGTGGTAGATCTCTGCTTTTTTAATCACGGGCTTTAAGTTTGGATTATTTCATAATTTTAAGGGACAAAGTACACTCACAACCTCACATCCAAATTATGATTTGCAATTGGGAAAGGGTAGAACATTTGATTTATGTTTATTATAGTGTCTGTGCGAACAGATGACCGGAATGCTTTTTTTTTCTCATTTTTCTTTATTCCCTAATTTCTGTTTATTTTTCTTTGCTTTGGAATCATGCATCTCTAGATTGTTCTAAATATAAACGTGAGCTTCGGAATTTCTTTTCCTCAAAAACAGAGAGGATGACACTTACATAGTCAATTATATCAAGATATTTGTGTTTCTTACAGAAGCAGACCATAGGCACCTCTTTTTCTTAAGAAAAAAAATATTTAGGCAAACCGTATTCATGAACTGCATGTTGGAAAATGCTACTATTGCCCAAAATGATGCTAATCACAATTAAAAATGTGCAAATCTAATAAAAATTAATTTTTTATTTTATTGTTTTTCTGGTTACTTTTTTGTTGACTGGATTTTATGACAACATAGAAGTGCTTTTATCTACTTATGGTAGGAAGATCTGCACACACACATTGTGAATGTTCAGGAACACACATACATGTGTGCTCGCCCATCCAAGCACACACAAATAGGCATTCATTTAAGAATAATGGTCTTATCTGTTCCCCTGCTAGATCCTAAATAATTGACACAGGACCTATTAAAGTTATTAACAATCTTTAAGCACTGTTACTGGATAGATATTCATCTATTCTAACCCTCCAAACTATGTACTTCCCAGCCAAAGGCCCTGTGTTCCTTGCAGTTTGAATCCCTCACTAGCTTGCTCTGTTCCGCGTGTGTCCTCGTGGAGAATCCCTGGGCAACCTGTTCATTATGACTCCTCCCGGACCCTCTGCCTCATGGCCACCTCCCTCTTCTTTTCCTCATGGTCCTTCTTTTACTTCTATCTATCTATGTTCCCTTGGCTGGGATCATAACTCCAGCCTTCTATCTCCTCTGCCCAGCCATAGGCTGAATCATCTCTTTATTGACAAGTCAAAGATGATAGAAAACAAATTTTATACAACATTGAGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAAGGTCTGCCAAATTCCTCCTTATAAATGTGAGACCCGGAAACAGGAATTTAGAGTGGAGGTCACCTCACTCTTCAAAGTGCATGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTATGAATGTGTTGGTGTAAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGCTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTGTGAGTGTGTTGGTATGTGTTTTTGAGTCGTATTTGTTTTTCTTACAAGATGAGGCTTCCAATTCATGCAAATATTGTGTCCCACTTCATCAAATATTTACTTGCCAATTAGTAAAATCTGCCTTTATTGAGATCTATTAAAATAAAATAGATCTGTGATGTGAACGGAAATAAAAAGTGCTTTTAGGTGGTTGAGACTGGGTGCTCTATACACTATCCAGAACAATGGTTCTCAGTCTGTAGGTCACAACACTTTAGAGGGCTGAATGGCCCTTTCGTAAGGGTCACCTAAGACCATTAGAAACCCCAACTATTTACATTAAGAGTCATAACAGGGGGCTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTTGGTCCCCAGCTCCAAAAAAAAAAAGAGTCATAACAGTAGCAACATTACAGTTATGGAGAAGCAACAAAAATAATTTTATGGTTGGTGGCCACCTCAATATGAGAAACTGCATTGAAGGGCTGCAGCATTGGGAAGGTTTAGATCCATTGATCTAGATTACTTCTAGATTACTCTGCTAGGAGGGGTACTAGAAATCAGGACTGATGGTCAAGAAAGACATTGCATTACAGATGTAGATGTAGGGTCACCAGCATGCAGAGTAGAACATGGATATAAGATAATGGGAAAAGCAAACAAAGGATAAGGACCAGGCGTTAACAAAGACTAACAGTATTTTCTAGTGGCTATCACACAAAAATGTTCAATATTTCTAGAAGGAAACTGTAGCACAGAGCATCTCTTCCTTAGTCCTATCCTACAAATTGTGTAATGCAAAATGGCCTCATGAAGGTAGCTCGTGTCACTGCAGATAGAAATAATGCTTCAGAGAAGTGAAGAAGTCCCTGTATGAGGACTTCATTCCTAATGAAGATGAGGTCATTGCAAATTTTCAAGCATAGGACTCGGTTGGAAGGATCTTTGTGTTATCGAACCCTCTGAATAAGTAGGCCTTATATCTAAAATTCAACTCATGTATTATATGTAATTTTTAATTCCAACAATAATCATGTGAATAGCACATAAATAAAGACAGAAGGAGACTGAGGCAGAGAGGGCTGACTAAAGAGAATGATGCCTTTGTGCTTAAAGGCATTTGGGTTTTTGTTTGTTTATTTGGTTGGGTTTTGCTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGAATATGGATGTGTGAGGAGTTGAGAAACACCCTAGCATCTAAAGAACTTCTGGTGCAAGCTTGAGAACTAGAGAACAGATGCCCAACACCCATATAAATTATGGTCAAGCATGGCACTTTTTCCTAAGAAGACTCTTGGGTCCTCCTCAAACTATCTAGCTGGTTAGCAGAGAGCTCTGTGTTCGGGTGAGAAACCTTGCCTCAATAAATAATGTAGAAAGCAATCAAGGAGACTCCCAATGCCAGCCTCAGGTAAGACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACACTCATGCCAAATGAACAACCATGTGCCAAAGAAACAAAATCACAGGGAAAGAAAGCTGGAAAAATTTAAAAATTGAGATGTTCCAGGAGAGGAAAAGAGCATCAGCCTTGGAATATTTAATAAATATATGAGCACATGCATGGACAATTCTGTAATAATGTTAGATTAGAAACTCAAGTCTACAGGAAGATGAAAACAACATTAAACACCCCAAGACTTCACACTTTCACGAAGTGTGAAAAGAAAGGTTTGGTTCAACTATCATATTCATATACATATTGGCACTTTCATCGTTGGCTGTTGACATTGAAGCAAACTTTAGTATTTACTTCTGATGAGACTTTAAGATAGCCATAGCATATCAATACTCCTGGAAAAAATGGTACTGTGATTCTTATATTTTAATTTAGTGCTGAGTAAAAGCTAAGGTTGACTTATAGTATACAAAGTACAAGTCTATCTATATACATTCAGTTTTCCATATGTATGAAATAAATATCTGCAAATTCAAACACAGATCAAAGGTATTTTTAAGAACCCTGTTCCTCTGTTGACCATTTTTCCTGTTGTTTTCTACTTAATAAACTGCAGTAACTAGTTTGTGTTTTGTTTTGGTCTGGTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTCCTCTGTGTAGCCTTGGCTGTCCAGGAACTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCCCACCAACAGAGATCCCTTCCCTCTGTCTTCTAACTACTGGGATTAAAAGTATGGGCCACCACCACCCAGCCTTGGTTGATTTTTGTGTTGTTGTTTGGTTTGGTTTTAACATTGTTAAATGTGATAAACATTTTAAATTAATTGAAAACTTTCAGAAGGGTGTAAACAAGTTTCCTGCAAATGTGCTGCTATTTGGTATACAGGGCTTTAGGTCCTTGCATTTTGATACTCTAGGGTGGAGAAGTGCATCCTGGGACAAATCAACTGCTGATACTGGAAGACGATTGTAATATATGCCTACCATAAATCTCAATACTCTATAATTGACCTTGGACTTCCATAACTCAAATATTTTAATGAATGATTAATAGATAATGTCTTCAGTGATTGAGAGTCTAATTATTTCCCCCACAG
Seq C2 exon
GAATGTTTCTTGCGGAGCTGATAGAGAAGTATTTCGTGTCCCCTACCCTGTTCCGAGTCATCCGCCTGGCCAGGATTGGACGAATCCTACGCCTGATCAAAGGCGCCAAGGGGATCCGCACTCTGCTCTTTGCTCTGATGATGTCCCTTCCTGCGCTGTTCAACATCGGCCTCCTGCTTTTCCTGGTCATGTTCATCTACGCCATCTTTGGGATGTCCAACTTTGCCTATGTTAAGAGGGAAGTTGGAATTGATGACATGTTCAACTTTGAGACTTTTGGCAACAGCATGATCTGCCTGTTCCAAATCACCACCTCTGCGGGCTGGGACGGACTGCTGGCCCCCATCCTCAACAGCAAACCCCCTGACTGTGACCCTAATAAAGTTAACCCCGGAAGCTCGGTGAAGGGGGACTGTGGGAACCCATCCGTGGGGATTTTCTTTTTTGTCAGCTACATCATCATATCCTTCCTGGTGGTGGTGAACATGTACATCGCTGTCATCCTGGAGAACTTCAGCGTCGCCACCGAAGAAAGTGCAGAGCCCCTGAGTGAGGACGACTTTGAGATGTTCTACGAGGTCTGGGAGAAGTTCGACCCTGACGCCACTCAGTTCATGGAATTTGAAAAATTATCTCAGTTTGCAGCTGCTCTCGAACCCCCTCTCAACTTACCACAACCGAACAAACTTCAGCTCATTGCCATGGACCTGCCCATGGTGAGTGGAGACCGCATCCACTGCCTGGACATCTTATTTGCTTTTACAAAGCGGGTCCTGGGCGAGAGTGGAGAGATGGACGCTCTTCGAATCCAGATGGAAGAGCGCTTCATGGCTTCCAACCCCTCCAAGGTCTCCTATCAGCCAATCACTACAACGTTAAAACGAAAGCAAGAGGAGGTGTCAGCCGTTATCATTCAGCGCGCTTACAGGCGCCACCTTTTGAAGCGAACAGTAAAACAAGCTTCATTCACATACAATAAGAACAAACTCAAGGGCGGGGCTAATCTTCTTGTAAAAGAAGACATGATCATTGACAGGATAAATGAAAACTCTATTACAGAGAAAACTGACCTGACGATGTCCACTGCAGCTTGTCCGCCCTCCTACGACCGGGTGACAAAGCCAATCGTGGAGAAACACGAGCAGGAAGGAAAAGATGAGAAAGCCAAAGGGAAATGAACACAAACAAACAAAAAATAATAAATTGGGTGACAAATTGTTTACAGCCTGTGAAGTCAAAGGACTCCTTTAGGAAGTCAATGCCAAACTGACTGTTTTTACACAAATTCACTTTAAGGTCAGTGCCTCAATAAGACAGTGACCCCCTTGTCGGCAAACTCTGTGACTCTTAGGTAAAGGGGAGATGACCTTGACAGGAGGTTACTGTTCTCACTACCAGCTGACACTGCTGAAGACAAGAGACAAATGGCTATGCAGACTGTAGGGACCAGCGTAAAGGGGTGCAGAGCTATAATTTGGGGGTTTAACGTGAAACACTTTAGTGTAGTAACTGTATTCACCGTTTGCATTTCAACTGCCACATTTGTCAGGTTTTGTACAAACTCTGTTAGTGGATTCATCTTTTTTTTAAATCCATATGTTGTTTGTTACATGTGACTATTTTTGTAAACGGGGTTTCTGTTGGGAAACAGACTAAAGGAACTCTTTTCCCTGTGTGTCACCTGGGGGTATTGACATCCATACAGCCCTCCCATCTGCACAACGATGTGGTTTTGCATGTGAGGGCATGCTGTACCTTACGATCATGCATGAGAAAAAAAGTCACAAGGAAAGCAAAGTCGGTTCTTCAACAGTTCTACATCATCTGTGTTTCTGCGGGGGGACGGGGGGAGGTACTGAGGTGATCATGAGACCATGGGCTTTGCCGAGCTGGCTTTGTCAACTCTAGCCCTTAGTCCAAGGAGATTGATCGATCAGACAGGTCATTGAGTCTTAGTAGGTGCAAACTTCATCCAAATGTCTGGAGTCCTGTTACGTTTCTGTTCACTGTCTCTTCAAAGTCTCTAAATTATGACTCTGACTCCCTACCCCCAGCCCTAGCAGAGCGAATTGACCAAAAGAACCCTTTATAAATTCCCGCTTAACCCTGCACTTTGTTTAGCCATCTTCAGCTCTCAGCGAGGTTGACACTGTAATGTGTTAATGAAATGCTATTTATTGTGTAAATAGTCATTTTACTCTGTGGTGCACGTTTGAGCAAACAAATAATGACCTAAGCACAGTATTTATTGCATCAAATACGTACCACGAGAAACGTAGAGTGCAAGCTGTCCGCTGGTAATATACTGTATTCTGTACCATTATAGATAGTGTGGATGCTGTCAGTGCATGTCGATATTACCATGCTGCGGTATCTAGTTTCTCCCACCACTCAGAATCTCATACTCATGAGACACCATAGGTCAGTGGCTAAGTCAAGGAAACCGTTCAGCAGATTTCATTTCTTTAAGTCATTAAGCAATAGTTTGCAGCATTTTAACAATGTCTGGGTTGTTTTTCAATTCTAAGTGGATGACGTTCAATGTATAGCCAGACTGTACATACATGTTCGGAAGACAACACTACTGCTTAACCTGTTAAAACATGTTTAGAGTTTTATAAGCAAGTATAAATACTGTACAAAGTCACTTTCTTTTGTTTTTCAGCATCATGTACATATGAAGAGGAAATTATCTTCAGGTTGATATCACGATCACTTTTCTTACTTTCCGTCCACAGCAGTTTTTCATGGAAGATATTTGCTAACTAAGAAATGAAACCATGACGGGGTAGTGGTAGATCTCTGCTTTTTTAATCACGGGCTTTAAGTTTGGATTATTTCATAATTTTAAGGGACAAAGTACACTCACAACCTCACATCCAAATTATGATTTGCAATTGGGAAAGGGTAGAACATTTGATTTATGTTTATTATAGTGTCTGTGCGAACAGATGACCGGAATGCTTTTTTTTTCTCATTTTTCTTTATTCCCTAATTTCTGTTTATTTTTCTTTGCTTTGGAATCATGCATCTCTAGATTGTTCTAAATATAAACGTGAGCTTCGGAATTTCTTTTCCTCAAAAACAGAGAGGATGACACTTACATAGTCAATTATATCAAGATATTTGTGTTTCTTACAGAAGCAGACCATAGGCACCTCTTTTTCTTAAGAAAAAAAATATTTAGGCAAACCGTATTCATGAACTGCATGTTGGAAAATGCTACTATTGCCCAAAATGATGCTAATCACAATTAAAAATGTGCAAATCTAATAAAAATTAATTTTTTATTTTATTGTTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000053122:ENSRNOT00000083552:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.122
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(20.4=47.3)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(79.1=42.5),PF0061222=IQ=WD(100=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]