DreINT0131429 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086819 | scn1a
Description
sodium channel, voltage-gated, type I, alpha [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-751]
Coordinates
chr9:50208646-50212875:-
Coord C1 exon
chr9:50212605-50212875
Coord A exon
chr9:50210038-50212604
Coord C2 exon
chr9:50208646-50210037
Length
2567 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGA
5' ss Score
8.85
3' ss Seq
TATATATCTTGTTGTTTCAGGCA
3' ss Score
8.99
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAAGATTCAAGGACTCATCTTTGACCTCGTAACCAAACAGGCCTTTGACATTTTCATTATGGTCCTGATCTGGCTCAACATGGTCACTATGATGCTGGAGACGGAGGATCAGTCGATTGAAATGACCCGTGCGCTGTACTGGATCAATGTCATTTTCATTGTGCTCTTCACCACCGAATGCGTCCTGAAGATGATCGCTCTGCGCCATTACTTCTTCACCGTTGGCTGGAATGTGTTTGACTTTATCGTGGTCATCCTGTCTATAGTTG
Seq A exon
GTAAGATCTGCAGCAAGACGAGATATTGACCCTTAATTAACAGTCAATTATTAGTCTGTTTTATTAGCCCCCCTATATATTTTTTCTCCCAATATCTGTTTGAACACATTTCTAAACATAATAGTTTCTTTCTCCAGAAGAAAAAAATACTACAGGAAATACTGTGAAAAATTCCTTGCTCTGTTAAACATAATTTAAGAAATATTTGAGAAATGACTGGAAACTTATTATGTATGTATGCAGGCATGTCTCTAACAGAAGTCATCGAGCAGTACTTTAGCAACATGCTAATTCTTACTGGAAACATGCTAACAACATGCTAATCTGTATTAAAAACATGCTAGCAACATGGTAATTCTTACCAAAATCATGCTAACAGCATGCTAATTTATACAAAATGTATGTTAAAACATACTAGTTCACACTAAAACATGCTAATTCATACTAGAAACATGTGACCAATGTGTTCATTCTGAAAACATGCTAATAACACCAATTCATGCTAATAAGCTAAATCCCACCAAGGGAAAAAAGCTAAGGATTTATGTGATAATCCTAGTAATGAATATAATCCACATCCCCAGTATAATCAGTATATATCTTGTAATTTTAGGCATGTTTCTACCCACAGTCATAAAGCAATATTTTAGAAACATGCTAATTCATACTGGGAACATGCTAACAACATGTTAATTAATAATAAAAACATGCTAGTAACATGGTAACTCATAGCCTACTAGGATCATATTGACATCATGCTAATTCTTACTAAATTTGTTAAAACATGCTAAGTCACACTAAAACATGCTTATTCATACTACAAACATGTTAGCAACATGCTAATTAATTCTGGAAACATGCTAATGTCACCAGTTTGTGCTAATAAACTAAATCCCACAAGTGAACGCAATTTTTTGATAATACTAGTAATAAATATAATTCACATCTCCAGTATAATCTGTAGGAATCTTGTCATACTCGGCATTTTACTAACATAAGTCATCAAGAATTACTTTAGCAACATGCTAATTCATACTGGAAACATGCTAACAACATACTAACCAATATTACAAACATGCTAGCAACATGGTAACTGATAGCCTCCTAAAACCATTTTTACATGCTAATTCATATTAAATTTCTTAATACATGCTAATTTACACTAAAACATGCTAATTCATACTATAAACATGTTAGCAAAATGTTAATTTGTTCTAAAACCTTCCAACAATATGCTAATCAATATTTAAAACTTGCTAGCAACATAGTAATTCATACAAAAATCATATTAACAACATGCTAATCAATACAAAATGTATGTTAAAACATGCAAATTTACACTAAAACATGCTTATTCATATTAGAAACATGTTAGCAACATGCTAACTCATTCTGAAAACATGTTAATATCACCAGTTTGTGCTAATAAACTGAGTCCCACAAGTGAACACAATTTTTTGATAATCCTAGTAATAAGTATAATCCATATCCCCAGTATAACCAGTATATATCTTGCCATATTAGGCATGTTTCGAACAGAAGTCATAAAGAAGTACTTTAGCAACATGCTAATTCACATTGTAAACTTGCTAACAACATGCTAATGAAATTGAAAACACGCTCGCAATATGGTAACTCATAGCCTACTAATACCATTTTAACATGCTAATTCATATTACATTTGTTAAAACATGCTAATTCACACTAAAACATGCTAATTCATACTAACAACATGTTAGCAACATGTCAGTACATTCTGAAAACATGCAAACAACATGCAAATCAAGAATAAAAACTTGCTAGCAACATGCTAATTCATTCTAAATTATGTTAAACCATGCTAATTTACAATAAAAACATGCCAATTCATACTAGAAACATTTTAGCAACATTTTAATTAATTTTAGAAACATGCTAATAACGGCAATTCATGGTGATAAGTGAAGTCCAACAAATGAACACAATTTTTTGATAATCCTAGTAATAAATATAATTCACATGCCCAGTATAATCAGTATATATCTTGTAATTTTAGGCATGTTTCTAACCGCAGTCATAAAGCAGTATTTTAGAAGCATGCTAATTCATTCTGTAAATATCCTAACAACATGCAAATCAATATTAAAACCATGCTAGCAACATGGTAACTCATAGCCTACTAAGATCATAATACCAGCACTCTAATCCATGCTAAATTTGTTAAAACATGCTAATTCACACTAAAACATGCTTATTCATAATTGAAACATGTTAGCAACATGCTAATTCATACTGGAAACATGTTAACAACATACTAATCAATATTACAAACATGCTAGCAACATGGTTACTCATAGCCTACTAAGATCATAATAACAGCATTCAAATTCATGCTAAATTTATGTTAAAACATGCTTATTCATACTAAAAACATGTTAGAAACATGCAAATTCATTCTGGAAACATGCTAGTAACACCAACCCCTGCTAATAAGCAAAATCCAACAAGTGAACAAAATTTTTTGATAATCCTAGTAATTAATTTAATCCACAGTCCTAGTATAACCAGTATATATCTTGTTGTTTCAG
Seq C2 exon
GCATGTCTCTAACAGAAGTCATCAAGAAGTACTTCGTCTCGCCCACCTTGTTTCGTGTTATTCGCCTGGCCCGGATCGGCCGCGTCCTACGCCTCATTCGAAGCGCCAAAGGCATACGGACCCTTCTGTTCGCGTTGATGATGTCCCTTCCTGCCCTTTTCAACATCGGCCTCCTTCTGTTCCTCGTGATGTTCATCTACGCCATCTTCGGCATGTCCAACTTTGCCTACGTCAAAAAAACGGCCGGCATCGACGACATGTTCAACTTCGAAACCTTTCCCAACAGCATGCTCTGTTTGTTTCAGATAACCACATCGGGGGGCTGGGACGGCCTGTTAGCGCCTATGCTAAACAGCAAACCTCCAGACTGTGATCCGACGAAAAACTTCACTGGAAGTTCGGTCGTAGGCGACTGCGGGAATCCGTCCATCGGCATTTTCTTCTTCGTAAGCTACATCATCATATGCTTTCTCATTGTAGTAAACATGTACATCGCTGTTATCCTGGAGAACTTTAGCGTAGCCACTGAAGAGAGTGCCGAACCGTTGAGCGAAGACGATTTCGACAGGTTTTATGAAGTTTGGGAGAAATTCGACCCCAAAGCGACGCAATTCATGGAATACGGTAAGTTGTCAGACTTCGCCGATTCTCTAGATCCTCCTTTGCGGATACCAAAACCCAACCGGTTTCAGCTGATGTCTATGGATTTGCCAATGGTGACTGGAGATCGAATCCATTGTTTGGATATTTTATTCGCCTTCACCAAACGCGTTCTCGGGGAAGGTGGTGAGATGGATATGCTTCATGGACAAATGGAGGACCGATTCATGCAATCCAACCCGTCGAAATCTTCTTACGAGCCCATTACGACAACATTGCGCAGAAAACACGAAGATATGTCTGCTGCGGTCATCCAGAGAGCCTTCAGGAAGCACTTAGTCCGAGATAGCATGAAGAAAGTTCGCAATTTCAAGAAAAAAAACAAGCATCAGAATGGGAAAGTGCCGAGTAATCAGTCGATGGATAAAGATATGTGCAATGAAGACTCGGACGCAACGGCAGCAACGTCCTCTCCGCCGTCCTACAGTAGTATCACGGAGAACGCCAAAAATAAATACGAGAAGGACAAGCATGAGAAGGAAGTGGGCGACAAAGGTAATCAAGTGAAGAAGAAGTAGCTATTTATTTCATTGATATTAACAATTGTTTACAACTTTTACTTCAAGTTGTTTGTCAGGGTCAGTTGGTGTTGTGTTTACGCCGTACTGCCTGAACATACTTGAACTTTGTGCCTATTCTGGAGCTGTGATTAACATTGGTTAGGCGGTGAATCTGCTGCGCCTAACCTGTTTCACTCACTGGATATAAAAAGATGGACCAAATGTTGTCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086819:ENSDART00000161648:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.278
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(19.9=46.2)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(79.1=42.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]