RnoINT0147541 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000052840 | Tanc2
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1309285]
Coordinates
chr10:94093953-94103064:+
Coord C1 exon
chr10:94093953-94094189
Coord A exon
chr10:94094190-94102878
Coord C2 exon
chr10:94102879-94103064
Length
8689 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCT
5' ss Score
8.49
3' ss Seq
TCTCTATTCTCTTCCCATAGGTA
3' ss Score
12.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAGCAGACTGCTGATTCTGGGAGGAGCCAATATTAATTACCGGACAGAGGTTCTAAATAATGCTCCCATCCTATGTGTCCAGTCTCACCTTGGCTACACAGAAATGGTGGCCCTGCTTTTGGAGTTTGGGGCCAATGTGGATGCCTCTTCTGAGAGTGGCCTGACTCCTCTGGGATACGCTGCAGCAGCAGGGTTCCTGAGCATCGTGGTGTTGCTGTGCAAGAAACGGGCCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAGATCACTTGGATAAAAATGGACAGTGTGCTTTGGTTCATGCTGCTCTGCGAGGTCACCTAGAGGTTGTCAAGTTTCTGATTCAGTGTGACTGGACAATGGCTGGCCAGCAGCAAGGAGTGTTTAAGAAGAGCCAAGCCATCCAGCAGGCCCTCATTGCTGCAGCCAGCATGGGTTACACTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000052840:ENSRNOT00000077280:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(58.1=68.4)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PD(39.8=59.7),PF136371=Ank_4=PU(20.6=21.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]