RnoINT0155762 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002341 | Trim25
Description
tripartite motif-containing 25 [Source:RGD Symbol;Acc:1594396]
Coordinates
chr10:76360310-76362145:+
Coord C1 exon
chr10:76360310-76360408
Coord A exon
chr10:76360409-76361178
Coord C2 exon
chr10:76361179-76362145
Length
770 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
TCTGGGGGATGTCTTCTCAGATT
3' ss Score
5.22
Exon sequences
Seq C1 exon
CCACACTCAAACCCAATGCTCCACAACCAAACTCGGCAGCCGTCAAGGCTAAGGTGTTAGAAAACTTCTTAACCATGTCCAGAACAGAGCTTCTGGAAT
Seq A exon
GTGAGTAGTTTGGCTAGGTGGATGGAAGAACGGCTGGATGGCTTCATGCATACGTGGGTGGGTGGGTGGGTGGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGGTGGGTGGATGGGTGGGTGGATGATGGATGGGTGGATGGATGGGTGAGTGGATGGATGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGATGGATGGATGGGTGGGTGGATGGGTGGGTGGATGATGGATGGGTGGATGGATGGGTGGATGATGGATGGGTGGATGATGGATGGGTGGATGATGGATGGGTGGATGATGGATGGGTGAGTGGATGGATGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGATGGATTGATGTGTGGGTGAGTGGATGGATGGATGATGGATGGGTGGATGGATGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGGTGAGTGGATGGGTGGATGATGGATGGGTGGATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATCTGAGTAAATGTTCTGATAGATGAATGGTTAGTTGGATGGGAGGGTGGGCCGATGGATAGTTAGACAGATGAGTGGGTGAGTGAATGGATGGATGAATGGACGACGTGTGAGTAGATGGGTGGGTATGTGGATGTGTGGACAGAGAAAACAAGTGTCATAGTACGGGAGAGCTTTAAAAGTACAGGTAGCTTGGGCCCCTTGTCACAGTTCTCTGGGGGATGTCTTCTCAG
Seq C2 exon
ATTTCGTTAAAGTCGTCTTCGACTACAATACCGCCCACAACAAAGTGGCTCTGGCAGACAACTACACCACCGCTTCCGTGGCCGACGGGCTGCAGCACTACCGGTCCCATCCCCAGAGGTTCACCTACTGCTCTCAGGTCCTGGGGCTGCACTGCTATAAGAAAGGCATCCACTACTGGGAGGTGGAGCTGCAGAAGAACAACTTCTGTGGTGTAGGCGTCTGCTATGGCAGCATGGATCGGCAGGGCCCCGAGAGCCGGCTGGGCCGTAACCCCAGCTCATGGTGTGTGGAGTGGTTCAATAACAAGATCTCCGCCTGGCACAACAACGTGGAGAAAACGCTGCCCTCCACCAAGGCCACGCGAGTTGGCGTGCTACTCAACTGTGACCATGGCTTTGTCATTTTCTTTGCTGTCACCGAAAAGGTGTATCTGATGTACAAGTTCAAGGTGGACTTTACTGAAGCTCTGTACCCAGCCTTTTGGGTGTTCTCTGCGGGTACCACCCTCTCTATCTGCTCCAAGTAGTCAGGCCGCAAGGCCAGCCACAGACACTTGGGCTTGCTGGGGGAACATCCAAGACTGGTAAAAGGTGGGGACCCTCCTTTGGAGAACTTCTGAGTCCTTGACAGATAGGAGATTGGGAGGAGAGCTGGCGAAGGGGCGGCAAGAATAAAAGGGGAGATTGGGCTCAGAAATGGGTGGGGTGATTGTCTTGTGGGTGGGGAAGCATATCTACCTCAGGCCCAGAGGGCAGGGTGACCTCCTCCCAGTGTTCTGGGAAATCTCCAGGCTGCTAGTTACTTGGGCAGTGCTTCAGAGAAGAAAATTATTTAGTGTTCCTGTTGTCTCACAGAAAATCTATAGCTGCTAGCCATGCTCTTTCCTCGGGTTACAGATGCCCACCCTATTCTGCTCTCTGGGGTAGCAGCCCGCAGATCTTTGTGTTTTGATCATGATCTGGATTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002341:ENSRNOT00000055674:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.412 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF137651=PRY=WD(100=27.8),PF0062223=SPRY=WD(100=68.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACCATGTCCAGAACAGAGCTT
R:
TGCCAGGCGGAGATCTTGTTA
Band lengths:
350-1120
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]