RnoINT0157590 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005868 | Ttc21b
Description
tetratricopeptide repeat domain 21B [Source:RGD Symbol;Acc:1565122]
Coordinates
chr3:52302533-52308695:-
Coord C1 exon
chr3:52308614-52308695
Coord A exon
chr3:52302684-52308613
Coord C2 exon
chr3:52302533-52302683
Length
5930 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
GAAGTGTTGCTTATTTCTAGATA
3' ss Score
5.98
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGATGGCCGACCTCATGTTCAGAAAACAGGACTATGAGCAAGCAGTGTTCCACTTGCAGCAGCTTTTAGAACGAAAACCAG
Seq A exon
GTAAATGCACCCTGACTAATGTGTTCCTCTTCCTGTCAACTTAGGTTGTGTTTGCTTTGCTTTCTTATCCTGTCAACGGTTGGGGAAGGAGTCATGGATTGACGCGGACTCTGCTCTCCCCGCACTTGTGTCTAAGTAGTTCAAGTGGCTTGCAGGAATCCCCGCTGTCTGTTGATCTCACGGTGAGCTGTGAGCACAGCCTGGATGGGCTGTCTTGCAATCGCCTGTGTTACTTCAGTGACTTCAAACTCCAGCTGTCTCCTCAGACTTCTGGCACTGTTGCCACCTTCCTTGCCCTCACCCAAATCCTTACACCCCAAACTGAGAGAGTTCCCACAACCCCACTCCAACCCTCATCCTTCCTACGTCTGACTCTGCTCGCTGCTGGCGTTTCCCTGTGTGCACTGCACAGAGCCCCATGGACACCAAAGGGCCTGACTCTGTGGTTTCTTCTCTCTGTGGTCAGTTTCCCTGTCAGCACACAGCCCTGCAGTGATAACTCTCAGACACTAATCACATTAGATTCTCCTACTCACTTTGCCCAGACCTCCCTTCATTTCCTGCTAAGCCCAATCACTGTTTGCCCTCCTTTCAGTTTTCCATTTCAACTTCAGTTGTTATTCTGTCTCACTGTTCCTGTTCCTTAAGGAGGAATTATCTCATCTTTCTATGTATTCTTTAAAGTACAGACTTTTCTCCCCTGGTTTAAGCTGGTCTTGGCCACATTGCCCTCACACATGTCTTCTAGTAGGGAAGCCCCCTTGTGTCACCTGGGTTTCCTCTCACCTAGGTTTCCATTACTGAACAAGTGCATTTCTTGCAAACAGCTGACTGTTAATTGTTAGTTCACTGGCTGCTTTGGAGCATTTATAAGCAAGAGTGGTTTTATTTTATTTTTCTTTTTTACAAGTATGTATTAATTGTGTGGAGTAAGAGGTTTCATTATGACATCTTTATATGTGTGCAATGTGAGTTCATCATACTCATTTCTAGTAACCTCTTCTGTTACCCTAGTGCCCTTCCTCTCTCAAACAGCACCATTTTTACTTTCATGATTTTTAAAACCTGTGCTTCGATGCTTGTGTGTGTCAGAAAAATGGGGAACAGTGGGAGAGGGGTGTTGTGGATACCAGAGGACAACTTTGGGCATTGGTCTCAATACGCTGCCTATCTCTTTAGAGACATGGTGCTCCACTGGGCTAGAACTCATGATTTAGGCCTAGGGATACTCCTAGCACTGAGGTTATATATAGGCTTATGCCATCACTTCTTACATTTCTACATGGGTTTTAGAGATGTGAGATAGCTCCCTGTACCCTAGTTAAAAAAAAACTACTCATAATTTCAATGTAAGGCCATTGTGCTTTAGCAGTACTGAAAGCCATGAACCCACACCCTGAGGCTTTGTGTAGAGTTTATCCAATATTGCCTGTAACACACTTTATCTTCCTTCTTTCTTTCTCTTTCTATGTATTCTAAAATATATCACCCTGGAGGGTTCATTGAGTATCTTGCTTTCCGCTTGGCCCAGGACTACAAGGGTCCTGGATCCAGAATGTGCCATGCTAAAGAAAATTCCAGGTGAAAGCGGGATGACCTGATCACATTGTCAACAAATAGCTCTTCTTTACTTAAGAGTATTTGCTAATATACACATGAATATATGCTATCTCTACATTTGTCTTCTCTGTTACTCTATACTTTCCAAGGCCAGCAATAGGGTGCTCCTTTTACCGATAGACACAGGCTAGACACAGTGCAGAATCAATGCGTATTGATTGGATGGATCTGTGAGAGACAGGATGGAGGTAGACAGCGAACAGAGTTCTCTTTGGCTGCTCATATTTTCTACTCAGGTAGCAGTGAGGTTTTTAGGTAAGAATAGGGAACGTTGAGAGGGTATTGGAAATTTGAGAAAAGAGAAGAAAATTTGAATGAGTAAACTCACTAGAGAATACATTGATTGTATCATTCATCCAGTAATCAATGAATGGATTACTGTCAGTTCTTAAACTTGCTACAGTTTAGTTAAAAGTTTTGTTCACATTACCCTTTGTTCTCCCAATGAATGCTTCATTCTTGATAGGACTTTACCTACCAACTTACTTTGTGTGGTTTCTTCTAAAACCCATCCATGCACAGTGATTTTATTTGTGCATTATTGTTCATAACCAGTAACAGAACTTAAATTGTGCTGTATTTAGCTTATTTTAAAAATCCACTGGTTAAGAGTTGGAGCAACGATGTAGTTGTTAAAGACATCTGGTTTCCAGAAACCCATGTCACATAGCTAACTGCCTTTAAGTCCAGTTCCAGGAAATCTAATGCCTCTGTCCTGCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTAAAAATCTTTAAGAAAAGAAGTGTACTATCCAATTTTATTTGTATTTGAAAGTGCCAGTTATATCAGCTCTCACCATATTGTACCATGTCTCAAATTTTTCCAATCATGTTGTTTTCTCCTTTTTGTTTTAATTAATTACAAGTATCCTAGTTCTGCCTGCTTAGTTGTTAAATAGCACAGTCAGTCTGTCATCTTCTTCTGACCCTTGTCACCTCATCTGTTCTTCCAGCCCTGGGCACTCGCTGCTGCTGGATGTCACGTCATCAAATCAGTTTCAAATCTATAAGTTATCCCTTTACTCAAAGTAGGTTCATGCTTCAGAGTAAAGCCTAACATTATAGAATGATTTCAGTAATGTCATGGGCTGGGTCAGCCTTCTGTTTTTATTTTCATTCCTCTTCCTGTTCTTCAATAACATCAAGGTTGCCATGTGCTCTGGGCTGTACCCTGCTCAGTTGTGTTCATGCTATCAGCTATTGAGAATGCCTTTGTCAGCCTGGCAGTGTCTGGCCCCTGTCCCCGGTGCTGCTCCAAGGTCAGCTCTTTGAGGAAAGCACCTCTGGCCTCTCCAGTGCTTTGTATTTCTGCAGCACTGGACTCCTGGACTCCACATTTTCCACATAACCCAAAGTGTCATCTGGATTTGTTGTCACTTGTGTACCTATCTGGCTAATGACCTTTGCTTTTTATTGGTAAATGTGCCCAGATTAGAAATATGTGTTGTGATATCTATCAATAAAAATGTACCAGCTACTTTTACCACATGATATATTGCCATTTTAAAAAATGAAAGCACTTCTTTCCCTAAATGTCATGGCTAATGAAAAGACAATGTAGTCTAGTCTCTCTGTGATCATTATTTCCTTGAACTAATGAATACATTTTATCAGTACCAGACAGAATTTTTTGAGAAACTGTCTTTGTAGTATTGAATATAGATATTCACAAAATATGCCTTACACATGCTTTTGCAATAACACACAAAACTTTTAGCCAGATACTTTAATATTGAGTCCTTGCTTAGTTCAATCCTACTTTTAGCCTCTTTGGCTTTTTGGTGGATTATGCAGCCTACTGTCCAAAGACTTAAAGGTGTGTAAACACAGCTAATCATACTGGGGGTTTATAAATCACTTTATCACTTTCATACCTTCCTTTGATTTAATTGAAGGGGTGGGAAATACCCGTATGTCTATTACAGATGGCAGCTAAGAGTGATATATATACACATATAAAACATTAATGACTTGAAAATGTAAGCAAACTCTTAGCACGACAACGGGGATGAACTCTAAAGGCTGTGCTAGGTGACATAAGCCAGACACATGGCCGAATGCTGTGGATATCCCATCAGCCACCTGGTCATGCTAAGAGTTACAGCTTAGAAAGATTGCATAAGCCCTGGGATGGATGGACAACCCCGGCCTGCACAGCAATGTGAACATCCTAATGCGACTGAAATGTATGCTTAGAAATGATGGATATTACAATCATTTTAAGAAAAATGAGTCATTCTTTAGGTACAGATAGTGTACTTATCTTCCAGTGATAAAAGACATGGCCAATTTTGAATTCCCTTTCCTGGTTCCTGTCCTTTGTAGTGATACTAAAAGGCAGAATAAACAAAATATACAGACTCAAAATCAGGTTTAGGCGGGGGTCATTGTGGGGTAGTGAAGGGTGCTCATTGTGGGGTTTCAGGGGGTTGTGGTTATAGTCGGGGGGGAAAGGGCGATTGCGGTTTGTGGATTCGCGCTCATGATAGGGGTGCTGGGTAGGGATTCTGGGGAGGGGGCATCTGCGGGATTATCGGGGCTCGGGATCGGGTTTAGGGAAAGCGGAGAAGTGGGGTGTTTCGGCATAGGTATCTGAATAGAGGCAAGCCTTCCGGAAGTTCGGTTCGTGGGTTTTATTGGGGTAAAAGGTATACCATGATCATTATCGGATAGGGTAATTACCCATGTCCACGCATACAGTTCAGTCGCATTAGGACGTTCACATTGCTGTGCAGGCCGGGGCTGTCCATCCATCCCAGGCTTATGCAATCTTTCTAAGCTGTAACTCTGCACCTCAGTCCTTTCCACTGCTTTCCATTTTGCTCACTGCTTCCATGATTCTTAGCACAGCCAGGTGGCTGATGGGATATCCCACAGCATTTGGCCACGTGTCTGGCTTATGTCGCCTAGCACAGCCTTCAGAGTTCATCCCCGTTGTCATGCTAAGAGTTTGCTTACATTTTCAAGTCACTAATGTTTTCTATGTGTATATATCACATTTAGCTGCCATCTATAATAGACATAGTTTCCGTCCCTGATTATTGTGAATAACACGACTGTGAATATGTATGCAGATATCTGGTTGAGGCCTTATTCACTGCTGTAGCCATGGCCTCATAAGTGTACTGACATCTCATATAATACAGTGTCTTTGTTTTTAAAAATTGGAATCAGGAATGATTTCTTTTAAAGTTGGGGCTTTCTTTGTTTGCTCATGAAGATACTTTAATTCTAGGAATTCACCCTAAGAAAGTTCTCACTGTAGTGTGTATAAGGATTTTAACAAATTTCTCTATGAGTTCTATGATAAGTGAAACACAAGAGCCTTAAGACAAAAAAAATTCCCAGAGAAATGAACTATTAATGTGATAGTCTTTTAGACATCTATTAAAATCAAAGCATTAAAGGCCACTTAGTAACAATTAAATATTTATTTGTTTAATGTTGAATGAAAATCCTAAGTATCAACCAAATTTCACTTGCAAATAGTTGGCTATCAGTCATACATATGTGACTCGACTCATCTCTGTTTTGTGGGAATGGGTCATTTTTTTCTTCTCCACATGTGATTCTGTATATTTTCTTCTTCTTCTGGTGTTCATGAATCATGGTCAAAATCATGCTTGAATCCTAGTACATTACTAATAAGGGAAGACTGGAAGGAACTTAGAAGAAAGTCACAGTGGAACCAGAGAAGTGAGTGAATTATTATCTGTAGGAAAAGATGAGGCTCCCGAGGCTAATGTGGTAAGGGTGCAGTGTGGTCAGCTGAGTCTAGTCTTTAGCATTCGCATACGTTACATAAACTCTGGAATAAAACTTGGGCTCGCTCGCTCAGTCGCTATCCAGCGCTGCCATTTCCATCCTTCCATCTGCAGGAAGTACAAAAGAGTCTCAGGGACAGCTGTCAATCAAGCTTCCTGGGTTTCAGCGTCTAGACGCCTTAGATGAAGGGCGCTTCTAGGCAGTTTTGACTCTTAGGAAATTGAAAAGTCACCAGAAATGACCCTTTCTAGACATGCCCCTGTTGCTGCGTCTTCTTCCACAGTGGATGGCCCAATGAAGCAGGTTTCATTTCACAGGTGATCCAGGCCGTACACCTCATTAGGAATGAATTACACATGAAATAGTCCTTTGATTATATCTGTTTCATTACTGCATGTTAATAAAAAAGAATAGTCATCAGAACAAATGTTTTAGCATGTGATCTATACCTGAAGTGTTGCTTATTTCTAG
Seq C2 exon
ATAATTTTATGACTTTGTCCCGTTTGATTGATCTCCTGAGAAGATGTGGGAAACTTGAGGAGGTTCCGAGATTTTTCTTGATGGCTGAGAAACACAACTCCAGAACAAAATTGGAGCCAGGATTTCAGTACTGTAAAGGATTACATTTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005868:ENSRNOT00000007832:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF145591=TPR_19=PD(5.9=14.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]