HsaINT0174186 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000123607 | TTC21B
Description
tetratricopeptide repeat domain 21B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25660]
Coordinates
chr2:165890838-165898767:-
Coord C1 exon
chr2:165898686-165898767
Coord A exon
chr2:165890989-165898685
Coord C2 exon
chr2:165890838-165890988
Length
7697 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
GAAGTATTATTTGTTTCTAGATA
3' ss Score
5.85
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGATGGCTGATCTCATGTTCAGAAAACAAGACTATGAACAAGCAGTGTTTCATTTACAGCAGCTTTTAGAACGTAAGCCAG
Seq A exon
GTAAATACCTACTTATTGTATTTTTTGAGTGCAGTCACCCCTCCCTTTCTCCTTTTTTCTTCTGTTTAGTGGTTATGCCCTCGGGCAAACTCCGTCCCTAGTTGAATCAGACTGTCTGTTTATTCCACACATGGGCTTGAGTAGCTGAAATGGCTATAAGGAAATTGCAACACTGTTGACTGGTCTCACTTTAAATTATGAGCACAAACCTGGTAATCCTACTGTATTCCAAAAATGAATTCATTGATTCGAACTACTTTTCCCACTTTCTCCTGTCTCCTCAAACCTCCATCACCCTTGCCCCATTTCTTGCCCACAGTTAAAAGCCTTGCCACCTACTTCACTAAGAGAATATTTGTACCTGGAAGAGAACTTCTCCATTCTTTGTCACCAAATTTACCCACCCCTCAGCCTTTGTCCTCCCCAGGCCTGTGATCCCGCCTGTGGCCAGCTTCTCACCTAAAAAAGGGCTTCACTCTTACAGTTCTCTCTCTTGAATTATCATTTTTTTTCTAATCAGCATGGAACTGTGCTGTGACATCTTCCTGCTGTAAATAAATCAGTCAATAAAAATCAACTCTTAACTCTCATCCCCTCCCAATTACTATGCCCTTCCTCAGTTCTTCTCGACAACAAATTTTCTGTGAAGGATTTTCAAACATGCTGTGTTCACTTTGTCTCATCCACTGCTGCACCCTAGGGAAGTCACTTCTGCAATGTGGTCGGTGACCCCCATACTGCCAGGTCAGATTCAGTTCTCAGTTCTCTGCCGACTTGACCTGTCATCATATTTGGCACAGTTTATTCCCTTCCACAATGAAAGACTTTCTTCATTTGTCTCTGAGATCCTAAACTCACTCAGTTCTTCTTTTGCCCCATTGCCTGCTGTTTGAGTTTCCTTTTTTGGAGTTCTCTTCTCTGTATGACGTTTAAATATTAGAACACTCGTAGCTTCAGTTCCTGAACTCCCTTTCTTTTTATATATTCACCCCCTAGGTGACTTTGTCCAGGTGCGTGGCTTTATATCCCATGTATGTGCAGATGTGTCCTAAACATTTATCTGCAGCCCTTACTCATGTACACCTCTGCCTCTTTGCATTCCCACTCAGATGTCTAGGAGTAACTCAAGCTTAACATGTCCAAAATAGAACACCTGAACTTTCCCTCGCCTCTAAGTTTGCTCCACCCCCACCTCTCACCTCAGTGACTGGCATCACTGCTCACTGTTGTGCCGGCCCAGACCTCACAGTTAACCTTTGTCTCATCTTTCTCTCATATATCACCTCCAGTCTATCAGCAAATCCTTGTTAGTGCTACATTCAAAGTATACCTAGAATGCCATCACTTTTTACCACCTCTGTTAGTGCCACCCTGGTCTAAGGCATTGCCATCTTCCACATAGATTATTGCAGCGTCGTCATAACTCATCTGTGTTTCCATCCCTAGCCTATGAAGAATTTAGAAATACTTTCATTGAAAATGGCAGAGATACCCCTGAAAATTCTAGGCTAAAAATCACGGTTTTTAGTTTTCTCTCTGTAAAAGAAATGAAAAGTACACTGTGTAGGGACTGGTGTGGCGGTTCCACAGTATCATCAGGAAACCAGAGCCTTCTCTCTTTTTGTTCTACGTTGTTACCCTGACTTGCCTGAGCATCACCTCATGGTTCAAGATGACCACCGCAGTGCTGGGCATTGATGTTCCAGGGCCCAGGTGGGGAAGGTGGGTGCAGAGCTGGGCAAAAGGGCTTCCCAACCAGCAAATCATCGTTTTATTAAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAAAAACCCTTAGTAGTATCACCTCCGTGGCTGCAAAAGAAGGTGGGAAATGTTATCTTTTAGCTGAATCTAATACCCTGTAGAATAAAATCAGAATTCTGATAGTAAAGAAGAAAGGGACAACAGAAACTAGGTAGGCAAAAGCCCAAGCCAATTACAGCCTTGAGCCTTTTTGTTTGCTGTTTCTACTTCCCGGAATATGCTGCTCCCACAGGTCTATCTGGCTGCTGCCTCATTTTCTTTTGTGCCTTTGCTCTGGTGCTGCTTCTTCCTTAGAATGCCCCTCCCTCACTGGCCTACATCAAGTAGCACCACTTCTTGCTCTCTGTCCCTTTATCCTGTTTTCTGTTCAGTTGAGTTTTTGGGGTTTGGCTTTAGGATTTTTGGGTTTTGTGTAGCCCTTGTGAAACAAAAGCAAAAAACTACAAATCATAGAATGGAAGCATCAAGTGACCAGAAACGTTGTCCTTCACTGCTGTGTTTCCAGAATTTAGAAGAATATCTGGCCTAGTTAGTACTCAACAAATACTAGATGGAAAGAAGAGTGAGGGAGAAAAGGAAGAAAGGGAAGCAGGGATGGAGGGAGGAGAGGAAAGAGAAAAAGAAAGAGGTGGGAACTGTTTGACTAATACATGACTGTATGTTACTACCTGTGTTACTAAAAAGAGTTTGAAATGGCAGAGGAAGTCCTAGAGCTGTGTTTCAGTTCTTCTAAACCCCACCACCTTCATCTCAGGCTGATGCCCTAGGCATCTGTGCTCAGAGCCTCAGAGACACAGAGGTGGCAATCCTTCAAGCAGGGCAACTCAAAGAACTAGATATGCTCTGCAGGCTACCTCTAGTAACGCTTTTAATAAAAAGATGTTTGAATTTAGAGAACATCAGTTTGTATTTAAAAATAAAATATCCCCAGCGAGCACAAAAATTGAAAGGAGAAAATATGGTCTGTTTTTTACAGTAATATCAACACTTTCTCTTTATTATTTTTACTCTTTGAGTTTTTTAATTAAATAAATTAAATTTATTTAATATGGGGACTACCACAGGCAATTTCATTTGTTTTTTGCCCTGTCTATTCCAGAGTATACTCAGATGTTATTTAAAAGAATGCTGTGAACTACTTGACCATCTCACCTCTTCCACTCACTCTGGGTCCAAAATATGGGCTCATCTTGCCACCCACATTGCCCAAACCTACTTTTATTTTCTTCAGGCCTGTATCGTTTTTTTCCCTGCCATTTCTACCTTGTGTTCCACACTGTTTTCTCTTATTCCTCTTCTCTAAACTACCATTTAAAAGTAATATACATAATATATTCATTCTATCTCAAGCTGTTCCCATTTCACAGTCTTTCCCTTTGAGACAATGATCTAACTTTATTTCTTTAAAAAACAGACTTCTTCCACTGTGAATATTTTAAGTCATTAAAAGTATTATAGTTTTCTAAGATTTGAAGAATCTCACACATTATAGTTTTCTAAGATTTGAAGAAGTCTTCATGTGTCTTGTGGGTTTTGTTTCACGTAAGTTTCTGTTGCTTGGCAGCAGCCTTTTTCCCAAAAAAATTGGCTTAGTAGACTGGCTGCTTTGGACTGTTTGTAAACAAATATAAAAGCAATTTTTTATAAATGCAATATAAGGATCTTGTACTCCAGCAACACCAAATGACATACAACCATGCTTCCAAGTCTTTGCTTGGGTTTTTTCCTTTTGCCTAAAATGAACTTTAGCTTCCTTATCCCTTTTCTCTTTCCAAACACATAATCTAAAATATATCCCTCTTGGGGGAAAATAAAAAAGTAAATCTGCATCCCACTACCACCACCTACATTAAAAAATGTCTTATGTGGTGCTGGGTAGCATGACCAACCATCCTAGATTTGCCTCGGAGCAAAGGGTTTTCCTGGATGCAGGACTTCCCATGCTAACAGAAAGTCACAGGCAAACTGGGATGAGTTGGTAACCCTAATCCTCGGTTACTTTGTCCATACGTCTTTATTACTTATAGTATTTTACTAAAAATATTTATGTGCATATTTGTGTTCTTTATTACACTGTAGACTCCTCGAGTTCAGGGATCACACCATATTCCCAATATCAGACAAAATGCCACACACATGGATGTGGCAACATAGATGTTTATTGGTTGAATGGATCAGTGAATGACTGTAAAACACCAAGTCAATTAAAAACACAGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCCGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTCGGTGACAGAGTGAGACTTGGTCTCAAAAACAACCACAAAATTTTAAGTAAATTTTTATTGTCTATGTGATATTTTTAATCTTAAGAGTTTTTAATCTTGTGTTGTATGCTTTATTCTTACTAGTACCTTACATACTTATCCACAGATCTATTTTGTTGGAATTACTCTAAAACATGCATCTCCGTTCATTTTATGTGTACATTATTGGTTATCCTCAGTAACTCATCTTGTACTTTAGATTAAGGCTCTATTTTAGCTTATTTCAGAAATGTACCATACAAATTTGACCTAATTTAAGTAGTTGAAAAATTCCTCTTCTAGATCTAATTACTGCTCTCACGACAGATTGCCCCTTTTCTCTCTCAGAATCTCCAGATCGCCTTGAGCTTTCCCCTTCCTTCATACTAATTGGTTAACATGTCTCCTCAGCTCTGTTTGCTTGATAGCTAGCTAACACATCCAGTCTGTCGTATCCTAACCCACTGCTCTAATGAAGACCCTTATCACCTCTCATCTGAACTAGTGCAGATTCCCAACTCATCTTCCAGCTTCTAGGTTCTGGCTGCTCCAGGTCATCATAGGACTAGCATATCAGTTCTAAAAATCAAAACCTACCCTTTGCTTAAAATTTAAGTTAGTGCTTCAGGATAAAGTCTAAAATCATAGCATTATTTTAATAATAATATGGCCGCAAATTATTTGGCCATTTATATTTCTTATCCTTCTTCCTCCGCTTTAATAATATCAAAGTTACCAACACTCCCCACACTGTTCTCTGCTTCCCTCTTGGCGCATGCCTTCTGCTACTTGGAATGCCTTTGTCCGTCTAGTAAGATCTTCCTCCTATCCTTGAGGCTGCTCAAAGGTCAACTCCTATGTGAAATTTCCCAACTCCTCCAGGCAAAGTTAAGAATCCTGTGCTTTGTAATAC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Seq C2 exon
ATAATTATATGACATTATCTCGTTTGATTGATCTCCTAAGAAGATGTGGAAAACTCGAGGATGTCCCAAGATTTTTCTCAATGGCTGAGAAACGTAACTCCAGAGCAAAATTGGAACCAGGATTTCAGTATTGTAAAGGACTGTATCTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123607:ENST00000243344:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.024 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF145591=TPR_19=PD(5.9=14.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains