RnoINT0168038 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000017318 | Zfp322a
Description
zinc finger protein 322a [Source:RGD Symbol;Acc:1594230]
Coordinates
chr17:44026243-44031354:+
Coord C1 exon
chr17:44026243-44026324
Coord A exon
chr17:44026325-44031280
Coord C2 exon
chr17:44031281-44031354
Length
4956 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTAATGCTTGTGTTTTACAGAAA
3' ss Score
8.8
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGGAAGAATTAATTATTGTGAGTAGTTCTGGATTAGAGACCTTGTGGATCCGAAAGAATAAGTCTTTGGGTTCTTGTTAAG
Seq A exon
GTAAGTGGCACATATCTGTTTCTATATTAATATGATTTGGGGATAGGGATGGGACAAGAAAGAAGGTAAAACATACTTGGGAAAAGGAAAAAAGATCTTTCTGGTGGCTAACAGAGTGAGTGGCCTTTTGATAACCTACTTTTCTAACAAGCATGTATATTCACAGTAGGTTTGCAACAATTGTCCCTCTTTTGATTTGCCATACAAAGAAGACAGTGTGCCCAATGCTCAGGCAGGTTCTAGGTCGGTTATCTAAACCCTGGCTCTGTTACTTAACTGGGTAACTAGGTAACTGCCATAAACAACAGGTTTTCTATCAATAAGATGCAGACATTGGTATTAATATCTGATTTTACAGTGTTCTTGGGAGGGTTAAATGTCCATAATCCATGTAATTAATGAAAATTGAGGCAATCCCTAGTCTGAGGCTATACAGCAAGCATGGTTTTTAAGACAGTACTTTAAATATTTACTGTTTGCTCATCCCCTATATTTTTTAACTGAGAAGATTCTTGAGCACTGAAGTTCTCTTGCTCAGCCTATTTGAACTTTTGTCTGCTCTTTGCTTACGAAATGCAATCTGATGTTGCTCATGAAAAAACAGAAGTCCTCCCTTCCTAGGAGATGGGTAAAGGAAGCATTTTAGAGACAGTAACCTGGAGTAAGGATTTGGAGGATGAGTTGGTGTTTGCCAGACGCACATTGGAGACTCAAGGATAATACTTCTTTTTCAGTGTGATACTTGTTTACTTGTTTTTCTTTTATTGTTTAAATGTTGCATATATTGCAGCAACTAAAGACAGTATCCTAACCCAAGTAGACTTTATACTGTAGTGGGAGAGACAGACAGGGGACCTCACATAAAGTACATATCATAAAGTTGGATAGTCATGCTGAGAAGTAAAGTGCTGTGAAGGGACATAAAGTCCTCCAGGTAAGGTAGTCAAGGTGTGCTCCTTTTTCAGGTAGTGCATTTCAGGCTGCTACTTGAATCATATAATGGAGAAAGCTGCATGGAGGAACAGTTGGGCAGAAGAAACAAGATTTTCTGAGGTGCCTATGAGGATGAAAATGGCAGAAATTCCATAGTATGGAAGACAGTGAAAACCTTGAATTTTATTGTAAATGTGTTAAACAGTATTTTAAACTTGGAAAGTGTTAAATTCTCTTTTGAAGATTGACAGCCAGATCATATTTTATTTGCATAGGCAAATTGTTTCCTGGTTTAAAATTGGTTTTCTGTTTGTTTTTCTTGTGTAACACAGTTTCTTGGCTATTGAGAGTAATTGTGATGTTTTGAACTGCTAGTTTAATGAGATAACTTGATCCATTTCCCAGACTGTGAGCAAACTCAGTTAAAGAACTGAGGCAGAAGGATTGGAAGTTACAAAACTAGCTTGGACAACCTAGGGAAAACCTTTCTCAAAATGTAAAAAGGATAGGGCATATAGCTCAGTGGTTGGTTATGAAGTGTGTGCAGCCCTTGGGTTCAATCCCTATCACCATGAGACAAAAAGCCAACATAATGTATTTTTGTTTGAGCATTTCTATATATTAGCTCAACAAAAAACTTATCGTAGGCTGCTTTGCCTACAATATACCATGTATATACCATGTCTACTGATTCCATTCAGTGATGAATGGTATCTAGAACCTGGAGTCTTAGTATTTAATACTTACATTATTGCTGTACTTGACAGCTGGCATTATTAGGATAAAAACCCCTTTTCATGTGTACACTATACAGCTTCTCTATATGGTATAAACTGTGACCTCATTCTGATACTGCCCTTTAATTCTCGCTAACCACAGTATAGAGTTCATTCTAATCATGTTCTTTTCTATTTATAATTTCCTGCTGTAACTGTGGAGAATCTATGTCCCATTATTCAACTCTGGTATATATACCAACTATAGGAAAAGCCCCCTAACTAGGGTTCACTAATTGTATAGATTCAATTTGGGCTGTGTGTGCCTCTAATTTGAGTGCTGGGGGTGAGAGTCTGAGGCAAGCAGATCAGAGTTCAAGACCTGCCTAGGCTATATAATGTGCCAATTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAAAGAAAATTTAAAAAATATTGTCTTTAGCTGAGTTTATATAGTCTCATACTATGTAAGAGTTATTTTTTTCTTCTTTTGGGTGATGGTGTTATTTGTTTGAAACAAACTTTCAGTTTGTTTTGAAATGAGGTCTCAGTTTGTATCAAAGCAGACTTGGAGTTTTATAGCCAAGAGTAGCCTCAAATATTCACCAGTTCTCTTCCTTATCTCCCAAGTACTGAGATTATGGTTGTGAGCCACCACACTCAGCTGTCATTTGCTTTCATGTGCCATTTTACAGCTCTCCCACCTCCTGCCTCCTTAGCACTGCATATGCTGAGAACATATCAGAATGCTATCCCAGGCCACCCATTTATTTCTGTTAAATACATGTGTATGCAGAAATGTGTTCTTAGAGAAATATGGCACTTCATCCTTTGATTCACATCAATTCTGTCATTTTAGGTTTTGATCCTATTCTCACCTATCTTGTGTGATCAAATACATTAGTTTCTTATTTTTTTCCTAATTTATTTTTGACCGAGTCAATAAGTACATGTTTTTAAAAATATTTTTAAAATATAGTTTATATTTTTAAATATAGTTTTCTAAATTTCTGAATTCTGCACAAAATATAGCATTTGCTTGCACTTTAAAATTTTTACAATTGGATTCTAGGGAGTGGTGGCCCACGCTGCTCTTAATTCCCAGCATTTGGGAGACAAAGTCAGGTGTGTTTGAGGCCAGCTTGGTCTACAGAGAGAGCTCCAGGACAGCCAGGGTTACATAGAGAAACTGTGTCTTCAAAAACCAAAACAAAAAATATTTTAAAAATTTACAATTGGAGTTGGAGAGACAGCTCAGCTGTTAAGAGCATTTTCAAAGGACCCAGGTTTGAGTCCCAGTACCCACTTGAGCTAATACTAGATTGTAACTCCAATTCCAGAGGATTTGATATGTTTATTCTGGTCTCTTTGGGCGTTGCACATATATGGTGCATGTTCGTGGTGCATGGTTTGAATGACAACGGCCCCCACAGGTTCCCAGGTGGTGGAACTGTTTGGGAAGGATTAGCAGTCATAATGTTGGAGGTGTGTCACTGAGGCTGGGCATTGAAGTTTCAAGATATGTCATTCCTACTTAGCTCTTTCTGCCTTCTACTTACAGATCATGATGTAAGCTCTCAGACATTCCTGATATCATGCCTTTGTTCTACCATCATGAATTCTAACTATCTAAAATCATAAACTAAATTAAATACTTACTGATTGCCTTGGTGTCTCTTAGCACAGCATTAGATAAATAAGACAGTGCATATACATTTGTGCAGGGACGAGGACTCATACATATAAAATATAAGTAAATCTTACCAAGCAAACAAACCAAAACAACTTTACAATTTGGGCTGGAGAGATGGCGTGGCAGTTCAGTTTCAGACATCCTTGTCAAGTGGCTTACAACTGCCTATAATTCCAGTACAGGGGAACCCTTTTCTGGCCTCCTCATGCACCTGTACACATATAACATACAAAGACAGAGAGAGAAAAAAGTTATTTTGGTATGGGTGTTTTGCTGGTTAGTTTTATGTCTATTTGATACAAGCTAGAATCCTTTTAAAAGAGGAACCCTCAGTTGGGAAAATACCTCCACCAGATTGACCTATGGACAAACCTGTGGTGCATTTTTTACATTGATGATGTGGGAGGTCCCAGCTAATTGTAGATGAGGCCATCCATGGGGGGGGGGGGCTGGGTGCTGTAAGAAAGAATGTAGGCTGTGCAAGCCATGGTGTGTGCATGCAGCACAGTAAACAACACTCCTCCATGGCTTCTGTATCAGCTTGTGCTTCCATTTCACCAGTGCTCTTAACTACTGAGCCATCTCTCCAGCCTCATGTGCTAGTGATTGTTAACCACAGGTCTTTACATTCTAGGCTAGAACCATGCTGGATTTTTGTTGGTGGTGGTTTTATTTTGTTTTTTGAGTCAGAGTTTCACCAAGTTGCCTTGACTGGCTTTGAACCTGTTTGGTGGCTCAGACAAGTCTTGAACTTTTATGATCCTCTTTCTTTATTCTCCCAAGTAGCTAGGATTAAAAGCCTCTGCCCCCAGGCTAGGCAAAGTACCAGTATTTTGATTTATAACTAAATTTATAAGAGGTAGAGAGATGACCCAGTAGTTTAGAGCACTTGTTGCTCTTGTAGAAGGGTTCCATTCTAAATACCTATATGGTGGCTCACAGTGCCAGGTGATTCTCCTCTGCCCTCTTTGACCAGGCATGCACTGTTGCACATACATGCATGCAGGCATGGAGGTAAACAAAACATTCTCACACATAAAACAAAAAGTACTTTTTAAAAGTACTTTGTTCTGTTCTCTAGTTCATTGATTTCCAAGTTTATCTTCATTATTCAACTTAATATTTCTCAGTATTTGATCTAAGAAGTTTATATTTAATTGTTTAATTCTTTTGTTTTTCTTCCAGTTCTTGTACACTTAACGGTTATACTTTCTAGATTGAGTCAATGAGAATACAAAAGAAAATTTGTTTGCTTTTTTTTTTAAAGATTTTTTTTTTGAAATCTCATTTCATATATATGAGTGTTTTGCCTACATATATGTTTATGCAGCATGTTCATGCCCAGGGCCTCTGTACAAGGGTATTGGGTACTTTAGAACTAAAAGTTCCAGGTAGATGGTTGTGAGACACCATGTGAGTGGTAGGAATTAGACCTGGGTCCTCTGGAAGAGCAGCAGGTGCCCTTAACAGCTGAGCTATTTCTGCACCCTCATTTGCCTTTCTTAAGGAAAATGTCTATTCACTGTTAAGTCCGGTTTGTGTAAATGATGTAATATAAAGGTTTTTTTTTTTAATGCTTGTGTTTTACAG
Seq C2 exon
AAAGCCGTTTTTTTAATTTTGATTTTTCTCAAGACCAAAAAGTGAATACTACCTGTCGTCTGTCTACATTATTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000017318:ENSRNOT00000023268:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]