RnoINT0168092 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000029205 | Zfp354c
Description
zinc finger protein 354C [Source:RGD Symbol;Acc:69405]
Coordinates
chr10:36314467-36322356:-
Coord C1 exon
chr10:36322324-36322356
Coord A exon
chr10:36314594-36322323
Coord C2 exon
chr10:36314467-36314593
Length
7730 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
GAATGGGTTTGCTGTTCCAGGAG
3' ss Score
6.52
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCTGTGGATTTGCTGGCTGCTCGAGGGACG
Seq A exon
GTAAGTGAAACTTGTCTTTCTGTAAATTGCTTTCTGACTCAGATGTGGATGTGTTTCCATTTTTTGCCCTTGTCACTTTTTTCCCTTGCAAAATTAACATTTAACAGGGGCATGCAAACTCCAGTTTGGAGCTGACCTGCAAGGAAAAAATACATAAATCTTTTCAAAGGAACACTTACACTTACACTTTTCAAAGGAACAAACCTAGCTACAAAGAATTCTGCCAGGTCCAGAACACATGATACCCTATAACTACCATCTCATAAAACCTCCCAGGTGCTTTCTTTTTTCAAATGGGGGCTCCTTCAGGTGGAATGTGTACTCCATTTTGTTAGCCAGAGAGGTATGAAGGTCTCTCTACCAGAAGATCTCTCCTCTGGCTTGATCCCAGAATTCTTTCTCCTCCCTGATGTCCCACTTCCTATTTCCTGTCTAAGCCACAGGCCATTAGATTTATTATCGATGGGTGCCACATCCACACAGACATAAGACATACTTTAAAATATCTTCTGTGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTCAAGAGCACTGAATGGTCTTCCATAGGACTTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCTTAATGGGACTGATGCCCTCTTCTGGTTGTCTGAAGATAGCTACAGTGTACGCATATACATTAAATAATAAATAAATCTTTAAAAATTTATTTCTGGGTGAAGTTAGAAAATATTTAAAAAAAAATATCTTCTGTGGCCTCCAGTTTCCAGGGAAATTTGGTCCTTTCTTTTGGGTTCTTAATTTCATTAGTAAAAGAGTCTAGAAATCTACTCAGAAGGAAGCTTGAAGAACATGTTATTAGAGTTTGAGGAACGTAACAGGAAAGGCAAGCTGTAAATCCTGGCAGCTGCCAGGAGGAGTGAGATAGGGTCCAAGAAAGAGGCAGGTTCAGCAGTAAAGGTCCGCAAGCTGCCTGACGGGCAGACTGTCGACGTTAGGTCTGGTTCTTCCACCCAGCCCCACTCTCAGCAATAAGACAGGGACTCAAAATATATTTACCAATACCTTGGCTCCACCCTGACTAGATCGTAACTAAAATAACCCAATTATTTTAACCTACGTTCTGCCACCTGGCTGATTACCTGTGCCCAGGTACCCCATGTCCGCCCCATCACATCTTCCCGAGTGGGTCTCTCACCTGGCACTATCCCAGAATTCTCTCTCCTCCCAGACGTCACACTTGCTATTTCCTGCCATCAAATTATTATTCAGGTACTATATCCATACAGACGTAAGATATTCTCTCTACAGCAAACGGTTGTGTGGAGGGGGAGGTTTCTGAGCCTAGGTGAGGAGCCCCAGAATGCCAAGGATGTTTAGTATTCGGGCCAGAAAGAAAAAGATAAAATAAACAGGAAAAGTCACAGTTTTTGGAATAACCCTGAAAACTGGGCAAGCTCCAAAGTGGTACCTGATGGAGACCTACGAGGTGCTGCCCAGAGGCTTCTGGGAAGGCTGAGTACATTATTTCACTAAGAGATAATTCGTCCTCCTGGCTTTAGCATGTCTTCAGGTGAATCGGACTTTGGGGGTGAGAAGGCGGATAGAGGCAAACTGGCCAGGTGATCGACAGACCCGGCCTTATCTCTAATCTTTCTTATGTGTATGGATGGTTTATCTGCATGTATGTCTGTGCACCACGTGTGCCAGTTGCCCATGGAGGCCAGAAGAGTTCACCATATCCCCTGAAACAGGAGTTATACATGGTTGTGAGACCCTGTGTGGGTGCTGGGAATTGAAACTGGATCCTGTGAAAGAGCAGCCCTATGGACACAGTAGTTGGTAAAGTTCAGGCTAGCTTAGACTTGTTAGGTCTCCATCCAGGGCTAGAGGTAGGGTGTGTATTCTCTTCACCAAAGAAGGAACACTACTGATGAGTCTTACTAAAGCCAGAGCATTCACCCCTTTTTCATTGGGTGATTTAAATCCTGAGGAGTGGCAGAGCTAATGTTTCCATTTGTAGTGCTACTAGAGGAATGGGAGGTAGGGCCTAAAGCCAGCCGAGCAGGATGGTTCATCCTCAGCGGTCTCTTGTGCTGGGAGCATTCGTGAACCCCAGAAGACCATTGAGGAGCTGTTTCTGATGTAACAGCATTAGGGTCTCTTTATTACAAGCTGGGACTTGGGCTCTCCTCCAACCCAATGCTGACACAGCAGGACAGGAAGGGAAGGCAGAGCAGCCCTGAACCCTCAGCAGGACAGAGTTTTATAGGAAATGGAAGTCAAGTGAGGGAGGATCTATCCCAATAAGTATCTAACTGAATGTCAGTTGTAAGCCGACAAGTGTGTGCTCTGAAGCAAGACCGTATACAATTACAAATGGATTACAAATGGTCTGAAAGAACATCTGGAACAATCCGATTAGTCTTTGATTGACAGTTGTTAGGAAGTACTGAAGGGGTAACTCTGGCCAAGGACAAACTGTAGGGTCCTTCCTGGTACGTGGGTACAGCTTGGGTTCTGTTGTGGGTCAGGTTCTCAGGCTTTTTTTTTAAAAGATGGAGGCTGGTCCCAAGATGGAGTAGGTATGGTCTGTCACTTAATCCTTTTCACTCTGTCAGGGCTTAGCCTGTTTCTCCCCTAAGGTTAGTACTACATTAGTGACAAACACCAACAGAATACGGTGCCCAACAGTCCCAGCTCTGGCCTGGGCTACCCTCTGCCCAAAGTGGGGATACCTCACGAGAGCTTTCTTATCCCAAGGGTGTATAGACAGTCTTCATTTTAGGCAAGGGAAGTTAGGGAAGAGTTTGTTTGTAATTGTAGTGTAGCTATTTCCTTCTGAACCGTAAGCCACAAATAAACTCTTTCTTCCAGAAGTCATGGTGTCTTATCCCAGCACAGAACAGTAAATAAGACGCCACTTCATAGGGTCATGGGAGGGAGCTCTTCCTGGTCGGGAAGTACTGATAGCACATTATTCAAAGAGTATGTGAGGTGAGAGGTAACGCTGCCATCTTGAAAAGGGACAGTTTGCTGCATCTTCCAATCAAAAGTGCATGGCAACTTTGACTCAACAGTTCAGTCCATTCGAAGTGGTTCTCCACCTTCCCAATGCTGTGACCCTTTAATGCAGTTCCTCATGCTGTCCTGGCCCCCAACCATAGACTTACTTCATTGCTGCTTCATAACCGTAATGTTGCTGCTGTTATGAATTGTATTGTAAATACCTGATATGCAGGCTCTCTCATATGTGATCCCCAGAGTGGTCACGACTTACAGGTTGAGAACCATTGGTCTATCTTATTCCTACAGGTATGTTCTGCCAGGAGACTGCTGGGACAATGGTCATTATGTAGTGTTTGTGACAACAGAGAACACGCATCTAATACTCATCTGCAGAGTGCTTGCCACGCAGGCATGAGGACCTGAGTTCAGATCCTGAGCTTCCTCATAAGACACTGGGCCTTAGGGTACTAGGAGGGGGGTAAGAGGACCCTCTGTCTCACCAATCAGCTGACCTTGCTGACTCAGGGAGCTCCGGGTTCACTAACAGGTTCTATCTCAAAAAATGAGGTACAAAGCAATAGGGGAAGACACTTACCATCTGTCTCCGGCCTCCACACACATGCACAAGTCTGCATATAGCATGTACAGGCGAAAAATAAAGACATAAATTTTCATCCATAGGGATGTGGTTACGTAACTTATAGAATCTGTAGAGTGAAATGTACTGTGCAGTTGAAATGTATTGAGGCAGAGTTTTGTGAGAAAGCGGTTTACATAAGAGTCACATGTCACTGTCATGTAATGTGTCAACCATGCACGTAGTTCATGTGCCTGAAGCTTTCTAGTAACAATGTTAAGGAAGTACACAGTAGCAAGTAACTTAGTGTTGTGTTTAATACAGTATATCCAAATTATTGAGATACTGAGTGTGTGTGTGCAATTGCATGTGTATACTTATGTTTACAGGTATGTGTGGATATGTGTGTGTAAACCAATCTGTTAAACATTTATATACACAGCACATCTCACTTAGAGTAGTCATGATTTGTGGTAATGACCTCTCATGGTTGCTGTTCATCATACTGAGCTGAAAAGCCATAGACAAATTACAAAAAAAATTTAAAGTAGACCAAAATAATATTACATAGAGAGAAATGTTGACCATTGGCTTTTCATCAGAATCAACAGAGTTCAGGAAAAGCCAATTGGCATTTTACATGTGGAAAGAAAGTCTGTATGCAGTGGGGGCAAAACAGAGCATTCCCAGACAGACGGGAATTCAGCTCGCTTGTAGTCAGCTGAACAGGAAATACTTGAAGAAGTTGTGGTAGCTAAAAAGGAAATTGTGCTGCCTGGAAATTCAGGCTAAAGCATTAGAAAGGTAAGTGCATGAGTTGGGAGGACCTCTTTAGAGGGCTCCCCAGACCAAGATCCTGGACACAGATCTGGGGATGCTGGAGGAAGGCCGGGTGCACTGTTAAGGACGATCACAATGGAGTCTGGCCTCCTCCTTCAGTCTGGCTGTGTTGTCTCCTTGACCTTTAAGTGAAAGCTGCACAGAGAGCAGGCGTCTGCTTGGTGCAGTCTCATAAACTGGGGGCTGTGTCAGCTGGGAAGATCAGCAGTCACAGATAAGGAAGAAATGAGAAAGTCCTGTGTACTTGTGAGTTTCTCTATTTTGTGAGAGAAGGAATATGTTTGCAGTGGAGAAGAAATAAGAATGTGTGCTTTGGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTACCTAGGAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCTCAGCTCCGAAAAAAAAAAAAGAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATGTGTGCTTTGATCTTAGAAATTGCTGGTGTTTCAAAACTACTCTTCTTGTTGCTAGGACAAAATATCTGACAGAAGCAACTTAAAAGAGGAAGAATTTATTGGCTCATGGTTTTAGGGACTACAGCCCATCATGGCAGGAAAAGGAA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Seq C2 exon
GAGCCTGTGACGTTCAGGGACGTCGCTGTGTCCTTCAGCCAGGATGAGTGGCTGCATCTGGACCCTGCTCAGAGAACCCTGTACCGAGAGGTGATGCTGGAGAACTACAGCAACCTGGCCTCGCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000029205:ENSRNOT00000000248:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.085
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]