BtaINT0007573 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Bos taurus zinc finger protein LOC100124497 (LOC100124497), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001102541]
Coordinates
chr18:65132596-65158693:-
Coord C1 exon
chr18:65158567-65158693
Coord A exon
chr18:65136114-65158566
Coord C2 exon
chr18:65132596-65136113
Length
22453 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGG
5' ss Score
9.08
3' ss Seq
CATCACTTGTTTGTTTTCAGGTT
3' ss Score
10.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCAGTGTGACCTTTGAGGATGTGGCCATGTACTTCTCCTGGGAGGAATGGTGTCTTCTTGATGAGGCTCAGATACAGCTGTACCTGGATGTCATGCTGGAGAACTTTGCACTTGTATGCATGCTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTCTTGGCGTGGAGTCCAGGATAAAGAGACACCATCTGAAGAAATCAAACCTGCAGGGGTGTTACAGTTTCGCACTCCCAGGGCAGGTTTGTCTCCTGAGAAGACCCAACCCTGTGCGATGTGCATCCCAGTCTTGAGAGACATTTTGCACTTGGCTGAAGAGCAAGGAACAAATGGGGAGCAGAAAGCATACACATGTGCAGCCTGTGGGAAGGCGTTCTATTTCACTGCTAACATTCAGCAGCACCAGAAGCAGCACGTTAGAGAGAATCCTTTCCTATGTAATACTGAGCGACCCTCATTTTTAAAGACCTGCACAGTTCACTCAGCAGGGAATTTCTCTACCTACATGGAGATTGGGAATGACTTCATGGCCAGCATGGGAGTTCAGCCACAGGCCACTAATACTGGGAAGAAACTGAACAACAGTACCGAGTGTGAGGTTGTTTTTCACAGTGGAGAAAGTCATCACAGTTTGGGAGAAGGTAAGATAGTTTCCAGCCACACAGACATTCTTGTAGAGCATGAGAGAGTCCTCATTAGTGAGGCAGTTTGTGAGGTAAACAAATGTGAGAAAGCTGGCACCCAAAGAAGTAACCTCATTCAGCATGTGCAAGTTCACACTGGAGAAAAGTCTTACCAATGCAGCCGATGTGAAGAATTTTTTAGCCACAAATCCCAAATCCTTTCACATCAGAGCTTTAATTGTGGAGGAATGCTTTATGACTGCAGTGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCGAAGGAAATACCTCATTTCCCATAGGAGAATCCACACTGGAGAAAAACCTTATGAGTGCAAGGAATGTAATAAATCCTTCAGACGAAAGGGGAACTTAATTGAACATCAGAGAGTTCACACTAGAGAAAAACCTTATCAGTGCAAACAGTGTGGAAAATTTTTTGCCCGCAAATCCATTTTCCTTGCACATGAAAGAATTCACACTGGAGAAAACCCTTATGAGTGCAACAAATGTGGGAAAGCTCTTACTACTATCTCTAGTTTCTATTATCATCTGAGAGTTCACACGGGAGAACGGCCGTATGAGTGCAATGAATGTGGGAAATCTTTCACTACTTTGTCAACTCTTTCTAATCATCAGAGAGTTCACAGTGGAGAAAGACCTTTTAAGTGTAGTGAATGTGAAAAATTCTTTAGCCGAAAGGAACATCTCAGTGCCCATATGAATGTTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAGTGCAATAAATGTGGGAAATCTTTTACGAGTAGGTCAAACCTTTGTAATCATTGGAGAGTTCACATTGGAGAAAGGCCTTTTAAGTGCAGTGAATGTGGGAAATGTTTTACTAGTAGCTCAAGCTTTCTTCGTCATCAGCGAGTTCACACTGGAGAAAGGCCTTACGAATGCAGTGAATGTGGAAAATCTTTTGTTGCTTCGAGTGGCCTCCGGTATCATCAGAGAGTTCACAATGGAGAAAGACCTTATGAGTGCAGTGAATGTGGGAAAAATTTTACTGCTAGGTCGACCCTTCGTGATCATCAAAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCTTATAAGTGCAGTGAATGTGGTAAGTATTTTACTAGTAGGTCGAGCCTTCTACGTCATCAGAGAGTTCACACAGAAGAAAGGCCTTATGAGTGCAGTCAATGTGGGCGGTCTTTTACTACTCAGACATACCTCTATGATCATCACAGAGTTCACATTGGAAAAGGCCTATGAGTGCAATGAATGTTGGGAAAACCTTTAAGAAAAGACAGTTCCTCCTCATCCATTGGAAAATCCACATTGGATAAAAGCCTTTTGAGTGCAAGGAATGTGTTAAATCTTTCATCTGTTGGTGCCAGTTGATTAAACAACAGAATTCACACTAGAGAAAGGGCTTTGTGAATATTGCAAATATTGCTGACAGTGATGTTGAAGAAGTTTGAGGTGGTAACAGAGCATGAAGAACCTGTGCAGCAAATGGACTCTTTCTGAAGAGTAAACTGAGGCACAGAGACTGTATCATCTGTTTGTGATCTCCTTGGAATGAATAGGCATCTGGGATTCAATGCCAGGTTGCCAGGTTTAGGATTTAGGGAATCTGATCACTTCTCTCCTGCTCCCCACCCTCTTCTGCCCCGCAACACACCAGGTTTGAAGACTGAAAGAACACTTTGTCCATTGTGACCCCCCACCCTAGGAGCCCAGCTTATACCCCAGCCTCATGCTGATTGGACAGGATTGTCTTCTCTGCCATCCAGCATTGATGCCTTACATGTGAATGACCACATTATCTACCCAACTAAACCAATGCTTTGGTTCAATAATTATTATTTCCATTTGTGAAAGAAGGGGTGTCTAGTTCAGAGATTTAGAGGGACTTACACAGGAGCTCACTACTGCCACACCTTTCATGAGAGTAGTTGCTCTACGCTGCAAATGCTTCTCTTCTGCCCCTTAGAGCAGGGACTCCATTTCCTGTGTCCTGACCATGAGCTACACAGACCTGAAGCCTGGATTAACCCCAGGGACTCCAGCTTCATTTCCACCCATGCACATCTTTCACTAACAACCTCCCACTTGGAAGTTTCTCAGGGACAGCGGCATTAAGCCAGGGACTCTGGACTGGCTCATTGGTATTGCCCTAGGTTTGGAACTGGCTCTACCACCATAAGCAGTGATTGGTTTCCAAGGTTCTGTCTACCTTCTTTATGTAGCCACCTCAAGATGTCCTTGTTGCCCTGTTATATGATTGACCACTCGTTGTTCTGGGCAGTGGGAAAGACACTGAAGGCCTGAGAATGTCCAGTGTGTTCCTCACATGGCGTGGTCTCCAAGATTCTTCTTCCTTTACCCCTTTACCCATATTCTCACTTTTCCTCCCACCCCTCCAGAAAAATGTAGCTCAGAAGAATAATGGTTGTTTATTAATATGAACTTGCCCTCCCTTCCTGATAGCCTAACTTAAAAACTAGCCCTGAATGCAGACTGACCTCTTCCATGAAGACTAAAACCTCTGTGTAAAAAAATCATTATGATTTGAGTTGCCTTTTTTCTCAGGACTTTTCTTCCCCTTCACTGTGCCATGTGGCTGTGGGATCTTAGTTTCCCTGTCCAGGAATCTAAAATGTGCCCTATGATATGGACATATGGAATCTTAGCCACTAGACTGCTGGGGAATTCCCTTTCACTGGATTCTTAATGTTAATTTTTGTTTTTCATGTGTCTGTTTTTCGCCTGTGTGTTCTATTTGGGAAAATTTCTATTCATATTTTGGCCTACTTTTGTTTTCTGAGATTTGTGTGTTCTCTTTTTTTGACAAGAAGGAAAGCAAAGAAACATCAAAGACATCTGTTAGATTTCACTCATTCAGCAATAATGTGTGTGACTTTTTTTCTGCATGGAATCGTAATTCATAGTACTGAAAGTATATGTTCTAAAAGTTTATACTATGGGTAATATAATGGCCACATGCATTATACATGTTTTCAATAAATCTGTTTTATTCACATTTGTTACCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000038635:ENSBTAT00000053442:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.047
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development