BtaINT0023868 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011156 | ATP8A1
Description
probable phospholipid-transporting ATPase IA [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_777263]
Coordinates
chr6:63033330-63048135:-
Coord C1 exon
chr6:63048047-63048135
Coord A exon
chr6:63033403-63048046
Coord C2 exon
chr6:63033330-63033402
Length
14644 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGT
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
CTCCATTTTTTCCCCTTTAGGCA
3' ss Score
10.05
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAATATATATTTTCTGACAAAACTGGTACTTTGACATGCAATGTAATGCAGTTTAAGAAGTGCACCATAGCCGGAGTGGCTTACGG
Seq A exon
GTGAGTTTTTTCCCTTTAATCAGAGTTATGATGTACACATTTAATTAGTGTTAACAGTTTGGTACAACTGGGCGAGTTCTTTTTAGGAAAGGTGTTTTTTTCTTTTTAATCTAGAAAGCAGCTATTTTGACTTCAGCATACATGTACATTTTATGTTTTATAGCTTGGTATTGTTTTTCATTTGGAATTACTATGAGGTAGGTGCCCTACCCAATAATCTTTTAGTATTTAGAGCTGCCCTGCAGATCTCTATCTGGTAATAAGGTATAAATACACTCCCTCTCCACTGCCATAAACCTACCATGCGGCCTGCCTGTGTTAAAGCACATTGTTTCTCTGAGAAAGTTAGCCCTTCGATTTCTTTTTATCACCTCTCCTCTTTGCAGTCATAGAATCTATCCTTTAGAATGTGCTTGTTCAGTACCCATTTTTATCTTACTTCTAGGTATGCTTGCCCAAACTTCAAAAGCCTCCTTTTTGAAATCCTTTATAGGGTAATGTGAGAAAATTAATTTCTACATCTCCTGAAAAGTCATGATCAAAGATGAAACATCCTTCTGGTTGATTGATCTTGGCCTTTTACCAAATTTCCCAGCGAAAGACTGGTATCTTAATCATGCAAGCAAGGACACTTGCTTTGGGGTTTTTCTGGCTTGTACCTACCCATTCCCCACTCCTGCTCTGTCTCTAAGCAGTAAACTAGTATAAAAATAGTGTACTGAATTATGAAAATGCCCTTAGGTAAAAGCATAAATAAATAACCACTTGGTAAAAAATTCTAAAAGTATGTGATTACTCCCCTACATGGTCTGTAAAGGGGAATAGATGGAGGCACCTATCCCTGTTCTTTGGGTTAGTAGAAAGGATGACTGAAAGTGACTTCAAACTTTGTGGGTAAGTGAAGCTAAAAATACATTTGACTGAATGGCTATTTTACACTGTAAGGACAAGCTGCTAATTTAAGAAGCATGCTTACTATCTATTTCCAGGGCGGGATACCCTTTTGCATCTTCCCTCTTTATCTGAAGATCTCCCAGTTCCTTTAGACAAAAGAGACCTTCCTCTCTCCTCCCCCAGTTGCTTCAGGCCTCTTTGTTTTCCTGTTGGTACAGAAGAGGTGTGCCACACTCTCTGACATTTTGCACTTAAGTGTTTGACCCGCAGTTATCCCTGATGAGAGAAGGAAGAGCCTATTGTGATTCTAGAGTTTGTTGTATTACACTTGGTGACAAATTTATGGTGATGTTTGTTTTTATGCACATTCTGCTGGCATTCATAAATGTTATTTTTAGAGGGTTCTGTTTTGGGAATTGACGTCCATTTTTTACTTTGTTCAGTTAAATAAGCCAGTTCTTCAAATTAGTAATTATTGATTGTGAACCTATCAGAACAGAGAACCAGAATAACAGCTAGGTGTTCTTTTCCATTTTACAAGGTTTTCTTATTCCTGGAACAAGTTCTTAAGCGCTTATAGGCAGTAGTTCTAAAGAACAATGTTCTTCATGTGTCTGTGGGTAATACTGTCATGAACACATGTATTATATATTATGATAGACTGGGTTTGAGACTGGTAAATGTTAAAGAGAGGTAAGTATTGTCCTGATTTAGATTGTTTCCAATGAAACAAATTTCCTCTTGGGAAAATCCACATCTCTTAACATTGAGCTGCAGTTGCAAGACTTGCGTCATAGTCCTAACTTTGTCATTAATTCACTGTATTACCTTAGACAGTTCCATTCAAATATTCCGAACTCTTTAAAACGAGTATGGTGAGACCTCCATACTCCAAGATTCTTTTCAGATCTGAAATTCTGTGATGTTTAGAAATTTAAAAATAGTGATTCCTTTATTTGCAGTTTTTAACTGTGAAATAAAAATGGGTTTCTCTTTGGATAATGTATCATATTTTCAAGAATACCAAGAGCCTTGTTGAGTGAAACTTGTTAAACTACTTCCAGTAAATCATGTATGTGCTTATAGGATCCTTAACCCTGATTGAATTTTTTTTCCTTTTATTATTTTATATTTATGGTACCTGCATAGAGATATAGATGTTCTGGAAGTTTCCAGTTCAGAAACCTCAGACTCTCACCCAATATGATAAATTTATACAATACTTAAAAGTACAAAGGCTCCTTTTCTTTAAGAAACAATACTAGAAAACTCGTAAAGTTATTGACACCAGAAGTAATTGTCCCATCCCCTCCCCTAAGCATTTCTGATGGACAGTTGGGATGTCAGCATTGCAGAGAGTTGTTGATACATGAAAGCTTTAGAGAAACAGAGACTTTAGACTACTCAGTTGACTACAGTAGGAGAGACACACAGCTATTACTTAATTCTGTCAAACTCCACAGGAAAAAGAAATGACTGAGAAGCACCTTTCTGTGTGCATTTCCTCTGGGCGCTCCTGGTTTAAAGGAACCATGACATGGTTATACTGTCCCGTCTGCCCATGGAAGTGTGTTACATTGTTTAATATGGGGAGCTCTTATTAATACACGTGTATACTTTCACCTCCAGAAGAAGAAAACATAGAGATTGTCCCCTCAGAGTTTAGCAAAACAAAGGAAAATAACACATAGTTTTATATACTAACAAATGCCTTTGGGGTTATGATTTCAGAGCTGATGCTTCTTAAGCACTTTTTGAGAAAATAAAATCTCTTTCTACCTTAGAGTCCAAGATGAGTTCTGTTGGCTTTTATCAGTTTGAAAGACAAGACTTGAAGTCTCTTGATAGTATAATCTTTGCCTCGTTCAGTGCATTTTATAGATTTGTAGGAAGAAGATATTTAACACTTAAAATAAGGCTCCAAAATTTAGTCTTAGTAAGTTTTCCCTCATTTCTTTTAACTTTGGCCCTAAATTAGATTCATGATGGTCAATGAAATACGAGATTTGTACACACCTGGTACCCACGTAGCAATGATGTTTGTTTTGTAAAGATTAACTTTGTCAGAAGTACCACCATGATTAAACTTGTTAGACTGTTTCATTAGATTTTAATTAAATGTAAATAAATTGTGATATCATATTTATAAATTTAACTTATTACAAACTAGAAATTCTGCTGTTAAACATTTACTAAAGCATAATTTCAACAAGTTACTTCTTATACTAATTCAGTTTTATCACAGTTACTTGAAAGCCAGAAATAGGTAATGAGGTTTTATGTTCAGTGGGTAGAATTCTCAATACAGTGACTATTCTCGGCTACAGTCCTAAATACTGTCTTTGTTGATCATTTAAAATCTTACTATTAGAATGAGCTGATGAACTGGGACAAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAAGAGTCTGTAAAGGAAATTAATATTATATTTTCATATGGGCAAGTCATTTTAATCAGTATTAAAAACATTTCATTGACTTTTTCCCTTTAAGTGAATACCAAATGCTCCTAATTATAATCTTTATTTACATGTGAAAATAGCATGTGAGTAGTTTTACTTGACAATATTTTGTTTAGCAATGTTTGCTGAAAGAATCGGTGACTTCTTTATCTGAGAGGAAATTCACCATGAGAAACCTCACAATTATCAAAATTGCCCCAAGGTCTATATTATAACCAATAAATGTATCTCACTTCTCACTGTGACTGGTGGATAAAGCTGGGTAAAAACCATTCATTTATTCTCATGCCTCAACAAGTGTTCATCTCTATGTACAGTATGTAGTACTTTGTTAGATGTTGGGGATTTAAGGATCAGCCAAAGTTCACCTGGCTTCCACCCCCCTAAAGTTTATAGTCTAATTGGAGGTTAATGGATGTAATTAAATCATCATGCAGACAATTAAAAAATCATAATGCAGTACAATGGTCTGTATGAGGCTGTGATTGGGGACAGGGTGGAGGGGTGTGATCTAATCACTGAGACCAGGCACTGGGATGCTTAACACTGAGATCAAGAAGGAGTTTAAGAACTTACCAAGCAGATGTAACAGCACTGACGTCCCATGGTAAATAACCAGACAGAAAGTACATATCAGAGCTGCTAGAGCAGTGATCTTGAGGAAACTCATGCAGACAGAATAAAGTAACAGATGTATGGATCACCCGCTGCTCATCTCATTCAGAATAGCCCTGAACATCTGCCAAGATTGAACCACATCCGGGGAGTGCAGCCCTGAGCCTTGAGCTCTGAGGCTCCAGCCCCTCCCCAGTAGGAGATCCAGGGCTGCTGAACACCACCAGGGGAACTTGGCAGAACCTTGGTGCCGTGCTTTTGCTTGGGTAGCATCTGACCCTCCCCTCCTGTAGTTCAGGGACTCATCTAAGCCTTGAAGTTGATGAGAAGTGATTGCCTAGAGCACTGGGCTGCATCTAGTTTTCACAGAGCTTGGCAGGAGGCCATGGCTTTTTCTGGGCTCACTGAGGGCTCATTTAGTCCTTCCCCTCAAGCATCTGAAAACATCCTTTGGTAGAAGAGAGGACAGTGAGTAAGGAGACTGCCCCCATTGTGATTGGAGTGAAGGTGGTGGGTGGAGCCTGCACCGGAGACAGCTGATGCTTTGGAGGTACCTTAGAGTGATGAGGTCCGTGCATGGCCAGTTTGGTGGAAGGGTAAGAAATAGAGGCCACTTAGGAAGTGAGAGGATTTTCCCCAGTTTTCAGTGAACATTGTATATTTATCAAAAACAATGATGTTATACTGAACTCCGCATCTTTAAACTCTACCTACATCTAATAAATTTAATTTAAAGGAAAACTATTGAATGACCTTGTATAATGAAAGAAACAAGAGATAAGGAAATCAGTTTTAGCTGCTGAGAGAGGAGATTTTAAGTGTTCTCACCATAAAAAAAAGAAATGGTAATTAGGTGATGGATAGGAGTGTTAACTAAAACTATGATATGCAGGAGATGTAAGAGATGCAGGTTCAATCCCTGGGTCGAGAAGATCTGCTGGAGGAGAGCATGGCAACCAGCTCCAGTATTCTTGCCTGGAAAATCTGATGGACAGAAGAGCCTGGTGGGT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Seq C2 exon
GCAGAACTCACAGTTTGGAGATGAAAAAACATTTAGTGATTCATCATTGCTGGAAAACCTCCAAAATAATCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000011156:ENSBTAT00000014818:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127102=HAD=PU(6.7=86.7)
A:
NA
C2:
PF127102=HAD=FE(6.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]