MmuINT0021716 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037685 | Atp8a1
Description
ATPase, aminophospholipid transporter (APLT), class I, type 8A, member 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1330848]
Coordinates
chr5:68142252-68152441:-
Coord C1 exon
chr5:68152353-68152441
Coord A exon
chr5:68142325-68152352
Coord C2 exon
chr5:68142252-68142324
Length
10028 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGC
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
TGCTTTGTTTTTCCCTTTAGGCA
3' ss Score
11.73
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAAATACATATTTTCTGACAAAACTGGGACCCTGACATGCAATGTGATGCAGTTCAAGAAGTGCACCATCGCGGGCGTGGCCTATGG
Seq A exon
GTGAGCACTTCCCCTTATCTTGGTGTCTGAAATGCACATGTGATCCCATCCACTCGGAAGAGTTGGAATTTGGGGGGCAAGGTTTGGGTTTTGTGAGAGTTTGGGTTTTGCCTTTTGAATCTAGAAAGAGGCTCCTTTTACCTCCGCATGGATGGGTTGTGTATTTTACGGTTGCTCTTGCTTTCCTTGGATGGTGAGATCAGGTAGAGACTGACTGATGGCCTCCCAGTGCTTAGGGCAAGGGATGATCGCCATCTGGGCCTGGTGCTAAGGACAAACCATTTCCCTTTATTCTGCCCTAGGTTAGGGTGCAGTATATATGTGGGAAGAAACACAGGAAGAGCCCTCAGTCAGGTCTTAAGTAACACTGCCATTGCTTTGATGACACCCCCACCCCCATTTTATCTTTGGTCGAGTCTCCTCTTTGCAGTCACAGAACAGTGTAAAATTCTGGTGATGGGATGAAGGGAGGACAAGGACATCTTCAATCTGGAGAGCAGTGTCCTTCAGATTGGGTGTGGAATCTGTTTAGTTTACTTCTCATTATAGGCATGCATACCTAAACCATTCAGAAACCTGCTCCTTCTGACTGAAGGCCCAGGCCTTATCAGCAAATTTTGCATTTCTCCTTACCTCAGTGAGGCAAGGATCCATGGGTCCAGCTTGCACCCACTGTTTTCATTCATACTCTAGCTTTAAGTCAGGAGGAAAGGAACATTAATTGCTGAAAATATCTTCAACTAAATTTATTATTAATACAATGTCTGCAAACAGGAGTGGAGACAGATATGTTTGCTCTTTAGGCCAGGAGAGAGTTTGATTCAAAATGACTTTAGCCTGTGGATACAGCTGATTGGATGACTGTAAAGTTTTAAGAGGAACACTGACTTTCAAGTTTGCTGGGTTTGTTTGGCTTGGTTTTTTGTTTTGTTGTTTTGTTTCTTTATCTGAAGCCTCTTTTTAGATAAAATTGCTCTCCCGGAGTCTCCCCAGACTTGTTCCTGGCGCAGGGGAATCATAGTCCCGTTCTTTGACATCAAGTGCTTACACTATCTACACGCAGTTAGTCCAGAGATAGTAAAGGCTCCTCATTATGGGTTTTTCATAGGCTAAAAGCAGGCTCTTAATTGCCCCCAGCCACATGTACAGAAGCAGAACTCTTCCCTGGTCTGTTGATAACTCCTTAAAGCACTAGTGTGTGAAGACAGGGTGGCTTTGACAAATGTCTGTCCTGTCAGTTAGAAGGTCAATGAAATGTCTTGGTGAGAACACTCCCTAAGAATGAAGTGAAGAGATAAGGTATGAATTCTACCTTATCCACAGTCTATTAAACAACCAGGACGGCTCCTTTAGTTATTGTTACTTTATTTTTATTTTGTGGGACCAGACATTTGATCATTATAAACAAATGAAGGTTCTTACAAACAAGCTGTGTCTTTACTGACCACAGAATGCCAGTAGTTTACACGTCAGGTTTTGTTTACAAATGGAGTCTTAGATGTCCTCATGTGACCTTCAACAATTTCCTTTCAGATGTTCTTAGCTCTGCGGGACTCAATAAAGAGGAAAACCGGACAATCTCTTAGGTCCCAATAGTAGAGTTTCCGTTGGTTTTCTATATCCAGTGGTTTCATAGGGATAGGTGTTTAACACCAATGCTTCATTCAGAATTTCATTTTAATAAAGTATCTCTCAATTCACTTAAGCTTTGCCTCAGACTTTTCCTTTTTGAATTTCATGACAGACAACGAAATTCAAAGAAAGTTAGCAGTGACTATTTCACAGAAATTAATTTTGTGGTAGGAATGCCTCTGTTTAAACTTACTGGTTTGTTTGTTTGATTGTTTGTTTTTGGTTTTGTTTTGTTTTTTTTAACCTTAGATCATCTTATGGGGAAGTTGTAATTAAATATAAATAAAGTTATATTTATCAATTCATCTTGCTACAAACTAGGAATTACACTATAAACCTTTAGGAGAGTCTCAGTGTAACAGGTTACACTATGGAAATGCCTGTGCGTATTATAATCAATTGCAAATCTGCAATAGATAAGAACTTCTCTGTTCACTGGCTGGAGTTCTCAATGCCTTGAAGATTTGAAACATTTTCCTTATATCCTGATTGTCCACAATATAGTCTGGGGCTGAAAAGCAGTCAGCAATTTAATCTATACTAGCTCTGGGGCAGAAAAACAGTCTATTAAGCAACCTGAATGACTCTTTTTGTCATTGTTATTTTATTTGTATTTCGTGGTGAAAACAAATGAAGATTCCATGTCCATACTTACTAACGAATGTCAATATTTTACAGGGCAGGTTTTGTTTACAAATAGTATGTTTAGGCGGAGATGACTAATCCTACAAACCCGAGGAGAGACTCATCAGGTTACCATACGCCTAGCCCCAAGGACTAGATTACAGCCAGTAGGTGTGTCTGGTGGCCAACCTTGACCTGTCATTTGCATATAAGAGAAGAAGCCGGCCTCCTGCAGCTGGCTCTTGGTTAGGTAGTAGAAACCTAGTCAAGCAGAGTTTGCATGGTTCCCACTCAGAGTTCACAGTCTAACTGGGGTTAATAGATATTAATTAATTATAATACAACAGTAGTCCTAATACGAGGCAAGAATCAGTGTGAGCCTCAGATGGTGTGAAGTTATCTAAAGACTAAGGTCAAGGGACGGTTCCTGACAGAGTGATCCTCGAGCCCAGATCTGAGAAGGAGTTTAAATGAACTCCCCAGACAGCTATGACCACACTGGCATGCCTTGCCCTTGGGCCAGTAGCCAGATAGCTGGCCAACACAAGAGCTGCCAAGCTGCAGTCATAGAAACTCATGGAAACAAGTCACCTGCTGCCCACCACCCTCTGAACGAATGGTGGTACTTCGCTTCTGCCAGGGCTGCACCAGACTCCAGGGAAGGCACTGTGGCCCTTGTGTTCCGTGGCTGTTAAGCCTCAGGATTTTGGAAGCATTAGGTCCAGTGCTGGTGTGAAACAGTGAGCAGGGACCCAGTACCAGTGCAAGCTGGCAGGGCCTTCTCGCAGTGTTCATTGCTTGGACAGTTACTAGCTCTTCCAGAGACATTACTGACTGCCATTCTGTGCAGTCCAGGAGCTGGGGCCCAAACCTTGAGGGTAATCATAAATGATAGTCCCTGGGGGGCTGCAGCCCATTTCCACAGTGCATTGCCACAGGCTAGCCCCTTTCGTAGGAATCTAGCCTGAGATGGTCAGGGTGAGTCCTTCCTCTTAAAACAGTAAACACAAGCCTTTGGCAGGGAGGAGTCGTGAGCTTTGGGGGTCCCTTTTGCTGTGACTGCTGTTTATCCCTAGGGAAAACTTACTGTGCCGTGACAAGGTTAAAAGAGCAGGCAGTCATTTGGGATGTTAATGACTTCTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGAGCTGCTTATTATACTTATCAAAAAAAAAAACGATCTCAGCATTTTACACTCTTCCTTCATATAATCGTCTAAATGAAAGTGAAAGTACTGAATTATCATATGTAATGAAAGAAAAAGGAAATAAGAGAATCTATGCTGATATGTATGTTAGGTGTCGTATGAACTATGCCAAGGGGTCCTTCCCTATGTTTCCATGAGCTAGTGGATAAAATTAAAGTATGGATAGAAGACTTTTTTTTTAAAGATTAAAAAGTGGGCTGTTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCCGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGCGTCTGAAGACAACTACAGTGTACTTACGTATAATAATAAAATAAATCTTTTTTAAAAAAGATTAAAAAGTATTTGATGGGTGGACCATTTTAAATATCAGTGGCTCCATTTAATTAAACAAATACAGTTAACTTTTACTCCCATTACCCTCTTAGGAAGTTATTGTGTCAAGCCAGTCAAAGCTTCCTGAAAATTATACAACAGATTTTTTTTAATGTGTGACGTGCCCATTTTTTAACTGTGCCCGACATGACTAGCATGTATGTATCATTGAAACACATTGTTATGGTTATAAATATAAATAATGCACTTCCTACTGGCTCTATAGCATATGTTTCAACAGCTAAATTTAAACATATTCAATACTAAATTTTGACCTCTATGCACCGTTCAATTCTGGGGTACAGGGTACCTTTGTAAATCCACTTGGTTACCATAAATCCTCATGTTCTCCTCCCTGTACTAACTGCCATTCTCCCAGATCCAACTAAATGTTCATCTTCTTAACTTTCTAGAAACCCGCCTCTCAGCTCTCCTTCTCCATGGTTTTATGTTTCCAGCCTTTCTGTGATTATTTTTCCCTCTCTTTCTGTCCCTCCTCCTGAAGCCATGTCCCTGAACCTGAGGATTATGGGTGCTCGCCCGATGAATGGTAAGCTACGTGGTACTTCCACTGCTCTCTTTGAAAGCTTCTGATGTATTGCTTTGTAAACAGGCTTTTCTGGTCTCTGGGAGCCATCTTCACAGGTGTTGGGTGATGATGCTCTGTACTGGGTATTAAACTCAGAGTATCCTTGATTTTTCTATCGAAAGCCCTTGTAAACATATTCTAAAGCTTTAAAGGTTGCTGGAGTCTTATATTATTTATCTATAAGGCGGTAGGGATCGATTCCAAAGTGCCTGGGCAGGAAAATCTGCTGCTGCAGCAATTAAAGCTTGCTTATGGTTTTTTTTTTAGCTCAGCACTGCCCCCTTCTGCCACTGTGCGGATAACGCGCCCATGGACCAGATAATGCAGCTACAGGCCCAAGTGGTACAAGTTTCCTTTTAACATTGTTCATTATTTCTATGTCTCTTCAGAGGCTATAAAATGAAGACCTTTAAATGTAAGGCCAAAGTGTTCTAGAACTAGACTTCCTGCAACCTATCAGTAAATGTACATTCATCATAGATTTATTAAAAATAGCA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ACCAACTTTGCTTTGTTTTTCCCTTTAG
Seq C2 exon
GCAGAGCTCACAGTTTGGAGATGAAAAAACCTTTAATGACCCGTCGTTGCTGGACAATCTCCAGAATAACCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037685-Atp8a1:NM_009727:14
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.170
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127102=HAD=PU(40.6=86.7)
A:
NA
C2:
PF127102=HAD=PD(34.4=88.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: