HsaINT0015303 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000124406 | ATP8A1
Description
ATPase phospholipid transporting 8A1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13531]
Coordinates
chr4:42569161-42574707:-
Coord C1 exon
chr4:42574619-42574707
Coord A exon
chr4:42569206-42574618
Coord C2 exon
chr4:42569161-42569205
Length
5413 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TCTCTTCTTGCTTTCTGAAGCCA
3' ss Score
6.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAAATACATATTTTCTGACAAAACTGGTACTCTGACATGCAATGTAATGCAGTTTAAGAAGTGCACCATAGCGGGAGTTGCTTATGG
Seq A exon
GTGAGTTTTTTCCTTTAATTAGGATATGAAATACATGCTTAATTAGTGCTAACAGTTTGGTACATTTGGGAGTTCTTATTAGGGGAGGGTATGGGGTTGTTTGGTTTTTTTTAGTCTGAAAAGCAGCTGTTATAATTTTAGGACACATGTATATTTCGCGTTTCTAGTTTAGCATTGTTTTCATTTGGGATGACATGAGGTGGGTGCTCTGCCCAATGGTATTTTCAGTGTTTAGTGTTGCTGAAAGTCTCTCTCTTGCCCTGGTAATAAGGAACAAATATATTTCCTTTTACACTACTATAAACTGGAGTATAGCTTGGATCTGGTAAGGACAGATAATCAGGCCTTGAGCAGTTTTCAAGTTAAAATAGTGACAGTTACCCCTTTTGATACTTTTTTTTTCTTCTATCATCTCTCCTTTTTGCAGTCATAGAGCAATCTAAAATTCTGATGATGGAAAGGAGGTAGAGACATGAAACTCTTGAATCTGGAGGATAATTAATATCATCAGAAACTTTTATCAGGCTGTTAATTTCTTTAGAATTGCTTGTTGAGCACCCATTTAATTTATTTCTTACTTCCAGGTATGCTTACAAGCTGTTCCATAGCCTTCTCTTTAAAATATTTTATAGGGTAATGTGAGAAAATTAATTTCTACATTTCCTAGAAAAGACATCAAAAGGTGAAACACTCTCCTGGCTGGTTGACATTGGCCTATTGTCAAACTTGCCAATTATCCTTATCTACCTAGAAGTGAGACTAGTAAATATCAGCCTCCTACTCATACAAGCATGGACACTTGCTTCTAGGTTTTCTGGCTTGCACCCACTCTTCCCCACTCACTCTGAGCAGTAAGCCAGTGACAAAGAGTGTTACATTTTGAAATGCCTTAGTTAAAATTATAAATAAGTAAACATTTCATGAAAAATCCCAAAAGTATATGGTTATTCCTAGATATCCTTGTTCTTTGCGTTACGAGAGCATGACTAAAAATGACTATAAACTATATGTATAAACGAGGTTAAAAAGGCAGTTGAGTGGCTTTTTCACACTGTAAAGACAGCCTGTTGATTTAAGAAGCATACTTACTGCTTCCCGGGCTGGATGCTGTTTTTCATCTTTCTTCTTTATCTGAAGATGTTCTAATTTCCTTAGATGTAAGAGGCTCACCTGCCTCCTCCACCCTCCTCCCAACAAATTGCTACTGGAGCAGGAGAGTTGCAGCCACACTTTTTGACATCTTGTACTTATATATTCTACCCACAATCATCCCAGAGGAGAAAAGTAAAGCCTATTGCAATTCTAGAGTTCTCAGATTTATGATGATTTTTTTACACAAATTCTGTATTCATTCATAACTAGTATTTCCACAATGGCCTGTTTAATAATTGGCATTGTTTTTTACTTTGTGTGATTTTATAATTCAATAAGCAGGTTCATCAAATTAGTAATTATTGATTGTGAAATTTTCAGAACAGAAAGCTAAAATCAGATCTAGCCTCTGTTTTCTTCCGCATTTTATCAGGTTTTTTCTTATTCTTGGAAGAGGTCCTTAAACACTCCTAGGCAGTAGTTCTAAAGAGCAGTGCCCATCTGTGTCTGTTGACAATGTCATCATTAACAACTGTTATAGGGTGGGTCTGAGCTCAGTATTGTCATCATTGAGATTAAATTGCCAGTGAAGTGAATTTCTTCCTGAGGAAATAATATTTCTTAATCCTGAGATACAGTCAGAAGCCATGAGTTCTGGCTTTGTCTAGAATTTACCATGTAATCCTAGAAAATCTATTTTCAGATATTCCCTACTCTTTAAGATGTGGATAGTGAGACCAAACCATTTCTAAAGTCCTTTTCCAGATACGAAATCTAACATAATGTTTAGAAATAAACAGAAGTTTATTTGTTTGCAAATTTTAACTGTATAAGCCGAAATCTGTTTCCTTTTTAGTTATGGTATCATATTTTCAAGGATACCAGAAGCCATGTAGAGTAAAGCTAGTTAAACTGCTTCCAGTGATCATGTTTGTGTATGTGCTTTTAGGCATCCTTAACCTTGAGTTTTTATCAGTGTTCCCTCCCAAACACATCCTGGTGGATTATTGGACTGTTAGCATCGTAGAGAGTTGTTGATGTCTGAAAGTTTTGGAGAAACCGTGACTTCTGACTTGACCACATGTTTACAGCAGGGAAAATAACACTGTTACTTAATTACAGCCAGTCTCCATGGTTAGATGTGAAGGGGTGAGAGAGAGTAATTACTGTCTAGCACTTTTCTGTGTAGATTTCCTCTGGGCACTCTTGGATTATGGGAATCCAGATGGGGGAAATGACCTGGCTTTGCTATCTTATTTTCCCCAGAGCAGCATTTAACAATTGCTTAATATGGGAACTATTATGTATGAGCACTTTTAACCCCAGTGGAAGAAAGCAAGGTGTTTATGCCCCTAGGGAGGTGGCAAAACCAGAGAGTAACACAAAATTTCATATCCTGACAAAAGCCTTTGGTGTTACAAGTGCAGAGCTGATTTTGCCTCAGTGTTGCCAAAACATCAGGTACAGCTCAGTTTCACCCCAGATAGGGTTCAAGTGAGTTCTGTTGTGTCTTATCAGAAGAATAAGGCTTGAAGTTTCCTGATAGTATAATTCCTAGCTAGTTCTGGGTATTCCATGTTTGTAAGAAAATTATAATTAACACTTAAAACCGTGCATCAGAATTTAATTTTAATAAATTTTCTTTGATTTCCCTGAACCTTCGCCCCAAATTGGATTCATGATGGGCAATAAAATAGATTTGTACATAGTTGCCAATGATGATTATCTTGTAGAAATCAACTTTTAGTTAGGAATGCACTGCAAAATTATTAGATTATTTCATTAGATCTTTTTATGGGACAATTACAGTAAAATGTAAGTGAATTGTGATATCATTTGTAAATTTAACTTATGACAAACCAGACATTTTACTGTAAACATTAGTTATTAAAGTATCATTTCAGCTAATTGCTTCTTGTAGGGAATAAGTCAGTTTTATAATAGTTACTTGAATACCCGGAATAGGTAAGCAGTTTCTCTGTTCAGGGGCCACAAATCTCAATAGAGTGAAGATTCTGGGATACAGTCCTAAGTGCCATCTTTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAGACCTTTTAGAATAAGTTGGATGAGGCTTAACAAGATACAGTCTATAAAAAGAAATTCTGTTAAGCAAACAAAATGCTTTTTTGTGTGGACAAGGCATTTAATTCGTATTAAAAACATCATTTGCATTTTCCCTTTAAATGAAAAATAAGTTTTTAAAAGCAATCTTTATATATGAATATACTGTGTGAATAACTTTACTTGACAGTATTTGGTTTAGCTATATATTTGCTGGAAGGATCGGCTACTTCTTTAACCCCAAGAAGAGACTCACCACGAGAAATTTCACGATTATCATAATACTATCCCCCAAGATCTTGCTACAGCCATGTTTATCTTACTGCTCACCATGACTTGTGATAAATTCTAGTCAACTCCATTCATTTATTTATCTGTATATCTCAAGTGTTGATGTATGTGACACTTTGATAGATAATGCAGGTAAAAAAGGCAAAAGTTCACATGATTTCCTCCTGCCTAAAGTGTATAGTCTAATTGGCACTTAGTGGATGCTAATTAAGTAATCATACAGACAAATATAAAGTCCTAACACAGTATAGAGGTCTATGTGAGGCTATAATGGGTGGTTTGATCTAAACAGGGAAGGCAAGGAAATATGCCCTAAGAAAGTGATTCTGGAGTTGAGATCTAAGAATGAATTTGATTAAGTGAAGAACTTACCAGGTAGATGTTATAGCACTGGCACATACAAAGGCAAAAAGCCAGATACCACGTAGACACCAGAGCTTCTGGAGCAGCAATAACAGGGAAACTTGCATATAGGATCAGTGGCAGGTTTGCAGGCCACCTACTGCTCATCGGGCTCTAGGTAGTGCTCAGCATTCTTCCAGGGCTGCGCCAGAGTTGTGAAGAGGGTCTCTGGCACTTGAGCTCTGGAGCTTTTAAGCTGCATGACTTGGGAAACTTTATCCCCTGTCCTGGTATGAGATTGGGGCTAGTGCAGCTTGGCAGGACCATGCACAGTGTTGCTTGGTTAGTACCAGGCCCTTCCCTGGCACAGTCCATGGGCTAGGGTCCAAGCCTTGAGGCTGATCTGAAGTGATTGCTTTAAACATGGAGTTGCAGCCAGTTTCCACAGAGCTTTGCAGCATGCCAACTCCTTTTCTTGGAGTCCAGCCCACAAAGGGCTTGATTAGCCCTTCTTCTTAAGCAGGCACAAAAGCCCTTTGGTAGGAGAGAGAATAGTGAGTTAAAAGGGACCACCTCCATTGTGATTGGAGTGATATAGTGGATACTGCACTGGAAGCAAATTAATGTTTTGGTAGTGGAAGAGGTGCCTTGGAATGATGAAGTCCCTGCCTTGGCTGGGTTGATGAAAGATTGAACTTTTAGGAAGTGAAAGGATCCCATGAGTTTTTAACAAAGTTTATTGTATATTCGTCAAAAATAACAGTGACTTTTCATTTGTACTGAACTCTGCATTTTAAAACTCCATGTCTAATAAATTTACAGGAAAAGTATATGATTATATTATGAAAGAAATGGAAAATAAAAAAATCTGGTCTGTCATGTATTATGGGCCCCTTCCAATTGAATACATGACTGGCTGAAATGAAGTACATCTATCAGACTTTCCTAGTGTTCAGATGAGCGAATGGATGAAATTAAAGAAGATATTAATGAATATGTTTCCTGTTTGAAATAAAGAGTGTTTTAATGAGTGAAATAGTTTAAGTGAAAATTTTTTAATATCATTTAAATTCTTAAACTAAGGTTCCATTTAATTATAGAAATGCAGGTAACTTTTACTTTAATGTACCTGTTGAAGTAACCATCATCTCGTGGTAGCCAAAGTTACTTCTAAAATGTATTTGACAAATTT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Seq C2 exon
CCATGTCCCTGAACCTGAGGATTATGGCTGCTCTCCTGATGAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000124406:ENST00000381668:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.312
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127102=HAD=PU(6.7=86.7)
A:
NA
C2:
PF127102=HAD=FE(3.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development