BtaINT0025082 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020654 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:963]
Coordinates
chr2:37049447-37061668:+
Coord C1 exon
chr2:37049447-37049548
Coord A exon
chr2:37049549-37061457
Coord C2 exon
chr2:37061458-37061668
Length
11909 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATCC
5' ss Score
7.91
3' ss Seq
TATAAAATGTTAATTAAAAGGGA
3' ss Score
3.51
Exon sequences
Seq C1 exon
TATCTCAGCAGAAATGGAATAATGGATATCTCAAGGGACAATTTCAGCTTCAGTGCAAAAATAAGAGTGGGTGACTTCTATGAAGCCAGAGATGGACCGCAG
Seq A exon
GTATCCACTTTTTAAAAAGTACAGTCTTTGAACCAAAAAGTAGTAACATAACCTAAATGAAGTAAATTTCACTACACTCTGGAGCATTGCCTTTTGTTAGTTAATTCTTATAGCTATACATATAACTTTGTAGACACTCACAAGGCCTCAATATACTGTGTTTCAGTAACAGGGAGCTTTGACATTTTTTTCCTTTAAGTTTAAGTAAACTTTTTCCTGTTTGTTAATTCTGTCATTAATTTTGATAGTTTACACAGGTATAAAAGTATCTGCATGTTCATTAGAAATATAGGAAAACATTAGTTCCCTAAAAGGTAAACATTAAAAAAAATTTGAATAGGGAAAAAAATTGTTATAAGTCAGTCTAAGAGAGGATAGATATGCCTTAGTTTTGGGGAGGATCTTATCCATTTCATTATGCCATACTACATGATCCATTGTCACAAGTGTGATAATTTTTTGATGGAGTTAGGGGGAATTCCATAATAGTGGATGAATGAAATTTCTCCTTTTTGTAGAAATTGAATTTCTAAATAATTAGACACATTTATGAAAATATCACCACAGCTCTCTTTGAGTTTAAGGATTAAGTACATAACCTCATCAATCACCACAAAGAAGTTAACACTAAAACCTCATTTCCTATGTCTCCTTTAATGGTTTGCCTTTATTCCATACTTAGATTCAGCTACATGTACTTAGTATTCCCTTTATTAGCTCCATTGAAAGAAGTCCTAGTTATGGAGTGAGGAGATCTAGATTCTTGTTAATCCATGAAATAGTTTTATGATTTCAAACAACAAAATCATGCCCTCTTTTACTTCAGTTTCTTTATCGGCAGAATAGAGACAATCATAATTTTCCTTCTGCCTCATAGGATGATGATGAGGTTAAAATGAAATCATACGGATAAAAATGTTTTAAAGGGTTAAAATGCTTAGCCAACTGAAGTTGGTATTTTCCTTCTTGATTGAACTTTTCTTTTTTTCACTATAATGCCCAGAAAGATATTCTTCTAGTGATTAATATTTTCTATTGTGAATGGGCAAGTTTTTCCATACTATCTTACCCTTTAATTTTATAGTTATAGAAGTAAAAAATTAATTCCTAATTCTTCAAGAGAGTCATTCATTTTGAGAGCTCAAAGATTAAGGGAGTTTTCCAAGATTACACAATCTCAACCAGGTAGAAACCTAACTGAACTCAAGATTTCTGACAAGTGATCTTTTACATTCATTGTGTAACCTATTTTCCATTGTCATCCATGACTTTTTATGAAACAAGTTATGTCCACATCCACTTGTTTCTTTACTAGTAAATCTAAAATGCCAAAACAAATTCATCTGAGATTTAACTTGTTTATGGAAATACATTCTAGGATTTTTCTTTTTTCAACTTAAAAATCTGTGTAACTTACCAGATTCTTAGAATTTTAGTGAACTACAGCATTATTTTATATACTTCATATATAGCAGAGCAGTTTTTAAGTCATAAACCTTAGAAGGCAATAATGATTTTATTTAAAAATTCCCATTTTTTAATCTTTTCATTCATGTTAATATAACCTTATCTCACTTAAATATGCCAATGATATCTTTATGTTTTTAAGTTAAATAGAATTTTATTCTAGAGAGGAAAGCTAATTGCTATCCAGTACATAAAGGACTTTAGTTTTGTATCAGTGGTAATTAGACTCAGTCTATGAAGCCTCATTAGGCAGAGCAGAATGTTCTTTGACATCCATTCACTTTTTATTAAATGTAATCAGTGTTTTCCAAAGCATAATCAGTTCCAATCAAGGAAATATGATGAGTTATTAGTTCAAGACTATGTTAAGCTGCCAACATTTCAGCAGCCTGCTGAGGGAAAATATTAGCAATTTTGAGAACACTTCTCTCAATTTAAAAAATATAAGTTGATTTTATTTCAGGATACTTTTAGAGAACAACAATTAAAGGTAAGTAATCAAAATAAATTTACTTCATTAGAGATGCATGTAGTTAAAGAAACGTACTTATTCAGTGTATGATCAATATGTATAAGCATATGGTTAATTAGAAATGTATATAATTATATAGTAGTTTTCTGTGGAAATGAACAAAGATTGCATGTCTTTGTTAAAGTATCTTAATGTCCAATAATTTTGATTGGCCTAAATTTTGTAGAAGATATAAAATATAATTTGGGACAAAGACACTGTTTCCAAGTAGTGATGATCTGTATATGTTTATATACAAATTTTGTAAATACAAATTGTATAAATGGTCTGATGGTATACATAAATTGAAAATTAAAACTATGCATATTGAAAGACTGAAAGGAAATGTGTCAAAGATTTAATAATGGATGTAATGGTTGGTGGTACAGTGGATCTTATTTTTACCTATGTTCTTACATGTTTCACAATTCCTAAAATTTGCTTGTATTGCAACTATAATGTGAAAAACAATTTCCTATTTAAAAATAATTACATCTACCCATATAATCCAAAAAAGCTAAACATTCAGTTTTCAAAATACATAGAAATTTTACATAATGATTTTAAATGTTACTGCTACAGTTTTCCAAGCTACATATATTTATTCTGGGTGTTTGATTACAAATGTAATGCTATATTTATAGATTCATTAATATTCTTAATCACTCTCCTAATAAAATGTTTACATTGGAAAATATATTTCTTCCATCATATTTTTTCTCTTAAACTTACCAAAACCAAAAAGCAACTGCAACAGCAGTTCTATAAGTTCTAATTTTGTTCAAGATATATCAAAAACTTGCAGCAGTGGTACTCTATATTTTGCTGATGAAATTTAGAAAATGATAATTTTTGTTAGAAGATAATATCTGCAATACAGAAGCAGAGTTATTTTATGTTAATTATTTTGACAAAGTATTTCTGAGCTTGAGACAATGATTATACACATATTTATTAACAGCAAACTTTTTTGAAAGTATTGATTCATTGTGTATAGTACAGTAAAACGAGAGGTCTGAGAGTTCATGGGGCTTCTCTGGTGGCTTAGTGGTAAAGAATCCGCCTGCCAATGCAGGAGAGACAGGTCCAATCCCTGGGTCAGGAAGATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAATATTCTTGCCTGAAAATCCCATGGACAGAGGGAGCCTGGCAGGATACATTTCATGGGTTGCAAAAGAGTTGGATATGACTTAGCGACTAAATAACACCACCATGAGAGTTCATATTTATTGAGATTTAGTAAATTCATCCTGAAATGACAACAATCTAGTGATTACCTTTTTAAAATTAAAAAGAGAAGCTGTTAATTAAATAAGAAAGGGTTGACACAAGAAATTGGAGTGGGGGCGGCGAGGCTTTAATCTATCCATTATCAGTTTTGTTTATTTCAGTCTACAAATGTGGTGAGAGATTTGTAAAACTGGCTACTTGTTAGTATCTACTAATCTTAGATACCAAACACTTCCTACCAGCTTCTATAAAAGTCATGATTTTAAGGATGATAGATTTCATGAAATAAAATGAACCATATACTCTTTATAGTCACATGATACACTAGCTTGGCTACCTTCTTAAGAAATTGTTTTAACTATTTTAGCCAGTGAAACTCCTCTGAAAAGGCAATACGGTAAATATATTTCTTATAGACTTCTCCATCATATTGTAAGGACTGGTTGAACCTAATATCTATGATTGTTTTCATTTCATTTTGTTTTTGAATGTCAGAATAAAAGAAAGTAAGGTTGAGCTAGGCAGATTTTGGTAATATAAAATAGGGTTTCTTTTATTTACCTTAATAAGATTGTTAGGTTAAAAGGTAAAAAATATTCACATTTTTGTTAGAAATATATGATGGTTTCAAAATGTTAATGGCAAAGATCATTTTGAAATATATGATAATCTACATTGCAAAGTATTTTTGTGAATTGTAGAAAACAAAACATTTAAGCATAAATATAACAATTAAGTTTATTTTTTCAACCAGGAAGTTCACCAGCAAAGGTCAATGAATGCCAATGTATCCAGGCCAAAAAAGCAAAGAAAAGAAAATATGCAAAGAAGGATCAAGTTAAAAGTGACTTAGGAAAAAAATGTTGCTTTCTCTCTTTGAGATATACTTTTATAAGATTTTTTTTTAATGTCTTAACTTCCTTGAGAAAAGAAAAATATCACTCATACTGAAAACAGCCTTTTTCTTATAAATTAATATTTTGGGAGATATTTAATGTTCCAGGCATTTTTTTCCAAAGTAAATTTTCCCTAAATGGATTTTCCATAATGCAAGTATGAACACATCAGTACAGAAATAAACTTGAAGGCTTGGCTTTCAGGAAAAAATAATGTTCATAGAGAAACTGAAGAGTATAAAAGAAATAGAAGTTATGATCACTAGTTTAAAGAAGCTTATTGTCTGAGAAAGATAAAACACTAAGCAAAATGCTCTTCAGCTACAGTCAGGGATAAGGAATAAGCGGAGACTTCACAATAAAGTGGGCAACATAGAGCCACTGGCAAAACTGCAATGCTGTTAATTTTTTCAAATAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGCCGTGTCCAACTCTTTGCAACCCTGTGGACTGCAGCACACCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCAGAGTTTACACAAACTCATATGTGTATTGAGTGGGTGATGCCATACAACCATCTCATCCTCTGTCATCCCCTTCTCCTTCCGCCTTCAATCTTTCCCAGCCTCACGGTCTTTTTATATGAGTCAGTTCTTAGCATCAGGTGGCTGAAGTATTGGAGTTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGCATATTTGGGACTGATTTCCTTTAAAATGCACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCTAAGGGACTCTCAAGAGTCTCCTCCAACACCACACTTCAAAAGCATCAATTCTTTGGTGCTCAGCTTTCTTTATACTACAGCTCTCACATGCATACATGACTACTGGAAAAACCATAGCCTTGAC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Seq C2 exon
GGAATGCAGTGGTGTCTTTTGAAAGAAGAGGATGTCATTCCCCGTATCAGGGCAATGGAAGGTCGTAGAGGAAGACCACCAAATCCAGATAGACAGCGAGCAAGAGAGGAATCCAGGATAAGACGTCGGAAAGGTCGGCCTCCAAATGTTGGCAGCACTGAATTTCTAGATAACACAGATGCCAAATTGCTAAGAAAACTGCAAGCTCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020654:ENSBTAT00000027534:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.567
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142914=MBD=PD(32.0=70.6)
A:
NA
C2:
PF0142914=MBD=PD(3.8=2.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]