MmuINT0024140 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026987 | Baz2b
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442782]
Coordinates
chr2:59948087-59957738:-
Coord C1 exon
chr2:59957630-59957738
Coord A exon
chr2:59948298-59957629
Coord C2 exon
chr2:59948087-59948297
Length
9332 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGTAATTTATTCCACAAAAGGGA
3' ss Score
2.11
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGGCAGAGGGAGACAAGGGTGAGAAACTTTGGTGGGCGCCTTCCAGGAGAAGTTGCATATTATGCCCCGTGTGGGAAGAAGCTGAGGCAGTGCCCTGACATGGTAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAATGCAGTGGTGTCTTTTGAAAGAAGAGGATGTCATTCCTCGTATCAGGGCAATGGACGGCCGAAGAGGAAGACCACCCAATCCAGATAGACCCAGAGCAAGAGAGGAATCCAGGATGAAACGCCGGAAGGGTCGCCCTCCCAATGTTGGCAGTGCAGAATTCCTAGATAACACAGATGCAAAATTACTAAGGAAACTGCAGGCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026987:ENSMUST00000112550:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.189 A=NA C2=0.625
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142914=MBD=FE(67.9=100)
A:
NA
C2:
PF0142914=MBD=PD(3.8=2.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types