RnoINT0024847 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000056984 | Baz2b
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:RGD Symbol;Acc:1309801]
Coordinates
chr3:46016809-46026196:-
Coord C1 exon
chr3:46026088-46026196
Coord A exon
chr3:46017020-46026087
Coord C2 exon
chr3:46016809-46017019
Length
9068 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGC
5' ss Score
7.93
3' ss Seq
TGAAATTTATTCCACAAAAGGGA
3' ss Score
1.5
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGGCAGAGAGAGACCAGGGTGAGGAACTTCGGTGGGCGCCTTCCAGGAGAAGTCACGTATTATGCCCCGTGTGGAAAGAAGCTCAGGCAGTACCCTGACATGATAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAATGCAGTGGTGTCTTTTGAAAGAAGAGGATGTCATTCCTCGTATCAGGGCAATGGACGGCCGAAGAGGAAGACCACCCAATCCAGATAGACCAAGAGCAAGAGAGGAATCCAGGATGAAACGCCGGAAGGGTCGCCCTCCCAATGTTGGCAGTGCCGAATTCCTAGATAACACAGATGCAAAACTACTAAGGAAACTGCAGGCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000056984:ENSRNOT00000081302:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.189 A=NA C2=0.620
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142914=MBD=FE(67.9=100)
A:
NA
C2:
PF0142914=MBD=PD(3.8=2.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]