HsaINT0016822 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000123636 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:963]
Coordinates
chr2:160268846-160284553:-
Coord C1 exon
chr2:160284452-160284553
Coord A exon
chr2:160269057-160284451
Coord C2 exon
chr2:160268846-160269056
Length
15395 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATCC
5' ss Score
7.91
3' ss Seq
TATAAAATGTTAATTAAAAGGGA
3' ss Score
3.51
Exon sequences
Seq C1 exon
TATCTCAGCAGAAATGGAATAATGGATATCTCAAGGGACAATTTCAGCTTCAGTGCAAAAATAAGAGTGGGTGACTTCTATGAAGCCAGAGATGGACCGCAG
Seq A exon
GTATCCACTTTTTAAAAAGTATAGTCTTTGAACCAAAAAGTAGTACCATAACCTAAATGAAGTAAATTTCACTACACTCTGGAGCATTGCCTTTCTTTAATTAGTTCATATGGCTATACATATAACTTTGTGGTAAGCACTCATTAAGGCCTCAATTAACTATGTTTCAGTAACAAGGAGCTTTGACATAATAGGTATCTTTTTCATATTTAAGTAAATTTTTTCTGTTTATTAATTCAACCAATAACTTTACAGTTTATATAGGTATAAAAGCATCTGCATCTTCATATGAAATATAGGAAAACATTAGTTTTCTGAAAAGTACAGCTAGTTTTAAAAACTAATTTGAATATGAAGACCCTATTATTATAAGTCAGTCCAAAAGAGGATATGTATGCCCTAGTGTTTTGGAAGAATCTTGTCCATTTGATTATGCCACGCTATATGATGCATTTTCACAAGTTTGATAAGTTTTTTTTTGTCATTTCTTAAAATTAGGTGAATGAAATTTCTGGTTTTTGCAGAAATTCAGTTTTTACATTAAGTGGTACACATTTCTGAACATATCACCACAGCTCCCTTTGAGCTTACAGTGTTAAGTACACATCCTCACCAGTCAGCAAAAAGAACCCACCAAGGAGATCTCATTTCCTGTATGTTTTCTTTAATGCTTTCCCTTTGTTCCTTAGTTGTATTCAGCTGCATGTGCTTATTATTCCCTTTAGCTGCATTGAAAGGGGTCCCAGTTAAGGAGTGATGAGACCTAGATTCTTGTTAATCCGTGAAATACTCTTGTAATTCTGAACAATAACAAAATAATGCCCCCTTTTCCATCCACTTTGTTATCTGCCAAATAGAAACGATTATAATTACACTTCTTGTCTCATAGGATTATGGCAAGATTAAAATGAGATCATATGCATAAAAATGTTTCAAAAGGCTAAAATGCTCAGCCAGCTGAAGTTGATATTTTCCTTCTTCCTTGAACCTCTCTCTCTTCTGTCCCATTATAATGCATAGAAAAGTTTTTTGGCAATTAATATTTTCTTTGTGAATAGGGAGCTTTTCTATCCTATCTTACCCTTTAATTTTATAATTTTGAAATGGAAAAGGTCTCCCTCATTCTGTAAGAGGTTTATTTTGAGTTTGGAAGCTTAAAGGAATTTTTTAAGGTCACACACAAGGCTGAGACATAACTAGAACTCAAGGTTTCTGAAAAAGTAATCTTTTGCATACATCATGTAACCTATTTTCTATTGTAGTCCATGACTTTTAAAGAAAGAAGTTATGTCCAGATCTACCTGTCTCTTTATTGGTAGTTCTAAAATGTCAAAATGGGTTTATCTGAGATTTATAGAAATATATGGAAATATATTCTAGGGTTTTCTATTTTTTTAAAAACTAAAGATTTTGACTTAGACTAAATCTGTCACCAGATTCTTAGAATTTTAGTGAACCACAGTGTTACACATTCTGTATACACGATATCAGTTTTAAAGTCATAAAACATATTAGAAACTTTAATCGTTTTAAAAGTCTTTGTTTCATGTTATCAGATTCTTACTTGTATTATTTATGCCAAAGATGTCTTTGTGATTTTAAGTTCACTAGATTTTTGTTCGGAGAGGAAAGCTAATTGCTATTTAGCATATAAAGGATTTTTAGTTTTATATCAGTGATAATTAGACCTAATCTATAAAGCCTCATTACACAGAGTAGAATGTTCCTTGACATGCATTCACTTTTTATTAAATATAATCAGTGTTTTCCAAATGCATACTGTCTTGTTGAGATCAATTCCAATCAAGGAAATAGGATGAATTACTAAAGCCAAATATGTTAAGCTGCCAACATTTCAGCAGAATGCTAGGGGAAAACATTCGTAATTTTGAGAGCATTTCTTTTAGCTAAAACCAAAATTAGTACACAGGAATTCAGGATACTTTTAGAAAACAACAATTAAAGGTAAGTCATCCAAAAAAGTGTTCTAGTTAATTAATTAGAGATGCATATAGTTATAAAACCATGTACATTTTTATATACTGGATTGTGTGATTAATAGGTTTAAGCATATGGTTAACTGGAAATGTATATCATTATATAAGAATGTTCTCTGAAAACCAAGATTATATAATTTTGTTATAGTAATTATGATGTGAAATAATTTTGATCACCCTAAATTTTGTAGAAGATGTAAAATATAGTGTGACACAAAGCTACTGCTACCATGCAGTGATGATCATACGTATTTACAATATATCTGCTTTTATGCAAATTGTGTAAGTGGTTTGATGATGAAACATGTTTAAAAAACTGGATATTAAAAGACTAGAAGGAAATGTGTCAAAACTAATGATGGATGTAATGGTGATAACAAAGGATTTTTTTTGCTTTCTACATTTTTTGCATGTTGTGTCTTTTCTAAAATTTGCTTGTTTTATGTATATAATGTGAAAAACAGGCCGGGCATTGTGGCTCACGCCTGTAACCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCGGATCACTTGAGCTCCGGAGTTCAAGACCAGCCTAGCCAACATGGCAAAACCCCTTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGGGCACCTGTAGTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCAGGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCATCTAAAAAAACAACAACAGAAAAACAATTTCCTGTCTTTTAAAACTAAATACCCCTATTCTTTGTAATTCAATAAAACTGAGAATTCATAGTTTTCCAAATGCATGGAGATTGTACAAAATGATCTTAAATGTTGCCACTACAGTTTTCCAAGCTTCATGTATCTATTGTGATGTTTGATAGCAAATGAAATGCTGTATTTGTGGATTCATTAGTACAGTCAGCCCTCCATATCTGTGTTTTCTGCATTTGCGGATTGAAGCAATTGTGGATTGAAAATTCTCAGGAAAAAAAAATGTATCTGTAGTCAACATGTACAGACATTTTTCCTTGTCATTATTTTCTAAACAATATGATGTAACAACTATTTGCATAACATTTACATTGTGTTTACTATTATAAGTAATCTGGTGATGATTTAAAGTATATAGGAGTATAGGTATAGGTTATATGCCAATACTGTGTTATTTTTATTCAGGGACTTGAATATCTGCAGATACTGGTATTCATAGAGGGAGGTCCTGGATACTAAGGGACAGCTCTATTCTTAATCACTCTCCTATTAAAACATTTTCCTGGGAAGTATATTTTTTTCATCATTTTTTAATCTTAAAACATATCCCAAAACCCCCAACGTTAGTTCTATATGTTCTAATTTTACTTAACACATAACAAAAATTGCATCAGCAGAATTCCAGTTCTCCATATATTATATATAAAATTTAGGAGATAATACTTTCTGCTAGAAGATAATACCTGCATTGCAGAATTCTGGGTTTTTCTCTAGTTTATTGAGATAATGATTTATTCCTTCCAGTAGTATAATTTACATAAAAGGCCATTCAGCTCAACATTAAATACTAAAGAAGTAAAAAAGCTAATTGAAAACAAAAACAAGTCCCCTCACCCCCAAAGTCTATACAGCAACCTGTGATAAATCTGAAAGAGAAGCAACAGCCTATCAGTATTTTATTTCAGAAAAGATAAAATCTTTAATTTTTCTTATGTTTAAGAATTTCTTTGTTGCTAATATTATTTTTAAAGAAAAAAAGCCCATAATTGAAAAAACTTTTTTCTTTAAAAAGTAATGTTATTGTGGCATATTTACATGCAATAAAATGAAATCGTTTTTAAGCATGTAGTTTGATGCTTTTTTTAGGGACACAGTGCTTTATTTATTTTTCTCTCAACTTTTATTGTAGGCTCAGGGGTACGTGTACAGGTTTGCTAAGCGGGCAAGCTGTGCATCACTGAGGTTCAGTGTGCAAATGATCCTGGAGCACAGTACCCGATTGGTAGTTTTTCAACCTTCAGCCCCATCCCCCGCCACCACTTTCCCCGCTCAAGTAGTCTCCAGTGTCTACTGTTCACATCTTTGTGTTTGTGGATATTCAATGTTTAGCTCTCGCTTGTGAGAACATGTGATATTTAGTTTTCTGTTCCTGCATTATCTCACTTAGGTGATGGCTTCCATATGCATCCATGTTGTTACAAAGGATAAGATATCATTCTTTCTATGGCTGCATAGTATTCCTGGGTGTATATATACCATTTTCTTTATTCAGTCCACTGTTGATGGGCATATAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTATTGTGAATAATGCTGCAATGAACATGTGAGGGCATGTGTCTTTTTGGTAGAACAATTTATTTTCCTTTGGGTATATACCCAGTAGTGGGATTGCTGGGTCTAATGGTAGTTCTGTTTTTAAGTTCTTTGAGGAATCTCCACATTGCCTTTCCACAGTGGCTAAACTAATTGACATTCCTACTAGCAGTGTATAAAGTGTTCCCTTTTCTTTGCAACCTTGCCAACAACTATTGTTTTTTGACATTTTAATAATAGCCATTCTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCCATCTCGGCTCACTGCAAGCCCCGCCTCCCAGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGACGCCTGCCACCGCGCCCAGCTAATTTTTTTGTGTTTTCAGTAGAGACAGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCATGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGTGTGAGCCACCACACCCGGCCAACAATAGCCATTCTGACTAGTGTCAGAATGAGATAGTATTTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTTTAATGATTAAGGGTGTTGAGCATTT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Seq C2 exon
GGAATGCAGTGGTGTCTTTTGAAAGAAGAGGATGTCATTCCTCGTATCAGGGCAATGGAAGGTCGTAGAGGAAGACCACCAAATCCAGATAGACAACGAGCAAGAGAGGAATCCAGGATGAGACGTCGGAAAGGTCGACCTCCAAATGTTGGCAATGCTGAATTCCTAGATAACGCAGATGCAAAGTTGCTAAGAAAACTGCAAGCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123636-BAZ2B:NM_013450:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.562
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF027249=CDC45=PD(0.1=0.0),PF054707=eIF-3c_N=FE(22.2=100),PF041477=Nop14=PD(6.5=22.9),PF0142914=MBD=PD(33.3=71.4)
A:
NA
C2:
PF0142914=MBD=PD(3.8=2.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)