BtaINT0035036 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000022777 | CDC42BPA
Description
Bos taurus CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) (CDC42BPA), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192937]
Coordinates
chr16:30852567-30873261:-
Coord C1 exon
chr16:30873113-30873261
Coord A exon
chr16:30852661-30873112
Coord C2 exon
chr16:30852567-30852660
Length
20452 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
AATGTGTCTGTTTTTTTCAGAGA
3' ss Score
10.05
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCTGGTTATGGATTATTATGTTGGTGGGGATTTGCTTACTCTACTCAGCAAATTTGAAGATAGATTGCCTGAAGACATGGCTCGATTTTACTTGGCTGAGATGGTGATAGCAATTGATTCAGTTCATCAGCTGCATTATGTACACAG
Seq A exon
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AATTCTGAAAAAACTTGAGATTTTCAGACAAAAATGGTTATCTTACCAAGTTGTTGTTGAGTCGCTAAGTCCTGTCCGACTCTTTGCAACCCAGTGAACTGCAGCACGCCAGGCTTCCCTGTCTTCACTGTTTTCTCCTGGAGTTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTCAGTGTTGCCATCCAACCATCTCATCTTCTGTCTCCCTCATCTCCTCCTGCCCTCAGTCTTTCCCAGTCCAATGTGTTAGCTCTTTGCCTGTGTCAGGTAGCCAAAGTATTGGAGCTTCAGCATCAGTCCTTCAAATGAATATCCAGGGTTGATTCCCTTTAGGATTAATTGGTTTGATCTTCTTGCTGTCCAGGGGACTTTTAAGAGTCTTTTCCATCTTACCAATTAACTGATTGTATTTATTTTTTCCAACTAAAAATTGAATGTGTCTGTTTTTTTCAG
Seq C2 exon
AGACATCAAACCTGACAATATATTGATGGATATGAATGGACATATTCGGTTAGCAGATTTTGGTTCATGTCTGAAGCTGATGGAAGATGGAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000022777:ENSBTAT00000029173:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(18.4=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development