HsaINT0031665 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000143776 | CDC42BPA
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1737]
Coordinates
chr1:227160543-227193934:-
Coord C1 exon
chr1:227193786-227193934
Coord A exon
chr1:227160637-227193785
Coord C2 exon
chr1:227160543-227160636
Length
33149 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
GAATTTATTTATTTTTTCAGAGA
3' ss Score
7.55
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCTGGTTATGGATTATTATGTTGGTGGGGATTTGCTTACTCTACTCAGCAAATTTGAAGATAGATTGCCTGAAGATATGGCTAGATTTTACTTGGCTGAGATGGTGATAGCAATTGACTCAGTTCATCAGCTACATTATGTACACAG
Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development