DreINT0140647 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016464 | si:ch211-89p3.3
Description
si:ch211-89p3.3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041014-372]
Coordinates
chr20:35241931-35254535:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
12362 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
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3' ss Score
6.53
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
AGATATCAAACCAGACAATATCCTGATGGACATGAATGGTCACATCCGGCTGGCTGACTTTGGCTCCTGCCTCAAACTCATGGAAGACGGGACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016464:ENSDART00000040456:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(18.4=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]