BtaINT0038668 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008963 | CIT
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1N747]
Coordinates
chr17:57886226-57907688:+
Coord C1 exon
chr17:57886226-57886409
Coord A exon
chr17:57886410-57907582
Coord C2 exon
chr17:57907583-57907688
Length
21173 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTAAGT
5' ss Score
8.82
3' ss Seq
ATTGGTTTTCTTCCATCCAGGCC
3' ss Score
8.74
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCTCCCCCCTTCGTTCCCACCCTCAAGTCTGATGATGACACCTCCAATTTTGATGAACCAGAGAAGAATTCGTGGGTTTCATCCTCTCCGTGCCAGCTGAACCCCTCAGGTTTCTCGGGCGAAGAACTGCCGTTTGTGGGGTTTTCGTATAGCAAGGCACTGGGAATTCTTGGTAGATCTGA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCCTGTTGTATCAAGTCTGGACTCCCCTGCCAAGACTAGCTCCATGGAAAAGAAACTCCTTATCAAAAGCAAAGAGCTGCAGGACTCCCAGGACAAGTGTCACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008963:ENSBTAT00000061505:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.274 A=NA C2=0.417
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043319=Pkinase_C=WD(100=75.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development