GgaINT0008807 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007354 | CIT
Description
NA
Coordinates
chr15:9846822-9854198:+
Coord C1 exon
chr15:9846822-9847002
Coord A exon
chr15:9847003-9854092
Coord C2 exon
chr15:9854093-9854198
Length
7090 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
GTTTGGCTTTGCTCTTTTAGATC
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCTCCCCCCTTCGTTCCTACTCTCAAGTCTGATGATGACACCTCAAATTTTGATGAACCAGAGAAGAATTCGGGGGTTTTATCCTCTACACGGCAGTTGAACCCGGCAGGTTTCTCGGGTGAAGATTTGCCTTTTGTAGGGTTTTCATTCATCAAGGCATTGGGGACCCTCAGATCAGA
Seq A exon
GTAAGTACAAATTATTGCTTAGGTGGATATGACCACTGGAAAAAATATGAAGGTTTGTTACAGTGAGGATGATGTACGTGTGGGGGGGAAAAAAGCTATTTTAACTGGCCTGCACTGTGTGTTAGGGAAGCTGCCAGATTCTGGCTTTATCTGTTGCTGCTGAGGCTTGTGCATGTCCTAATGTTCTGTGATTTTGGGGGTGAGAGAGAAGGAAGGGGATCAGAGGATTGATTCTGAACCAGTTGTTATTAAAATTGTAGTTCAGACACTTTGAATTAGTTACTGCTGTTAACCAGGGAGCAGTAGGTGATTGCATTTCTGGTACTGCAGACCACAGAAAGAAGGAAAATGCTAAGGAGTTCAGAGATGGAAAAGCGGGGAGGGCATTTTAATGGGTTAGAGAGTGAACACCACAGTGCTGGGGATGTGTTAGGCTGAATTGGTGATGCACAGAAATGGAGCTGCACTGATCTGGGAATATGCAGTGCTAGGATGGGGAATGAGGGAAGGAGCTTGACGGCAGCTGACTGTGCCATTGGGTTGAGTTAAACGTGAAGGCTGAGCATTGCTGTGTTATGTGCTAGGAGACTGGAGGCTCAGGTGAAGTATGCATGGTATGTCTTTGTGGAGAAAGGTGAAGATCTAGAAAGAAGGTTTTTCAGTTGAAGGGGAAAAGTGATTTCAGAAAGAATGGAGTCAGGAAAAAGAAGAATGTAAATAGGATGTTATTAACCCTTTGGTGTGTTAGGTGCTTAATTCCTGATGATAGAGCTATTGGAAAAAGTACTAGTGCAGAATGTTAAGTTGAGAAGTCCTTAGCTCAGTATCAGGAGGCCTCTCAGGAATGCCACGGCTTTAGCTGGGTTAGTGACTCAATGCACTGAAGCGCTGTGCTGTGTTTTCATGTCAACCACCGTTTGTTGCTGCTAGTTAGTTCCCAGAAGGGACTTAATTGTCAGTCTGTCTTAATCAAGTTTTCATTTTTCTGTCACATTCATTATGAAAGTTCCTCCGCAGGAAGTGTGCGACCAGATCTGGTGACACTGTTGACATCTTTGATCTTGCCCACACTGTGAATCAAGGTTATATGATGGTTATGCCAGTAATAAAAAGGAAGGCTTTGACCGTCTTTCCTCTGTGCTCTTGCTTTTATGACAAAAGAGGAAGGAAAGGAGAGCACATAACAACCAGGAAACTACAGTTTTGTTGAAATGATCTAATATTGTCGGCAGAATCAGAATAATGGAAAGTTGTATCTGTAGAAACCTGGGGTTAAAACCTATCTTGATTTATAAGTGAAATAACTTTCACTGTTATCTTTTCTATCTGAATGGATCTGTAATCCATCCATCAAAGCCAGATGGCCATTCATGTAACAGTTGAGGAAGAGGCTCAACGGTGGACACAAATGGTAAAAAATGTATGTTTAACAGAGGGTCCAGGACTAAAGGGGCAACAGCTTGAGGTAAAGTCTGATGAACAGTGATACAACTGTGCTGGTGGTTAAAGGCTTAAAAGTAATGCAGATGTAGCACAGATATACTTTCTTAGGGGACCTGGTACTGAAGATATATATTGAAGCAGTATTTGGATTTTGGCAATAGATGAGAAGGGCTACAGCAAAAGAATATAGATGTTAATGTGTTCTGCAGAAATTATAACTAAAGTAGGATTTTTTCTTGTGGCCTGGACTTTCCTCAGCTGGAGTAGAAAGACATCATGTACCTAAATTTCACCAAAATGACTTTTATGTAAGCAGATCCTAGTGGTTTCTTTTCTTTTTGTTGTTTTTTAAACAGTCTTGACAAATGCACTCTGATATTTTTAGGAGTCAATTAATATTTGCATTTTGTTCTATGAAGGCAATTTAAATATAGCAAAGAGAATGGAGGCTTAATAATGTCTGCATTTAAATAATGCAGTGGTTAGTTTATTCTCAATATCACTGCAACACTGGTATGTAAACTTCTTATAAAATATTGCACAGAATGTGCTTTACTGAGAAAATAAAGTACTGTTTCTGTCCATTCTACTATGAATATCAATATCTAGATGGACACAGAGCAGTAAATGAGGTGCAGGCTTATCTGTTGTGAATCTTGGATTGCTTTCTCTTAAAAGTCCAAAGTCATCAAGTTTATCAGTGTGGAGTTTTTCTTCTTAAAACCTTTCTTTGGAAAGTCCATCCCTTATGGTTGCTAAGCGATGTAGATGTGTTTTCCTGTGTCTGCAGCATGATAGCCAGTGCCTCTAGTGCTGCTCAGTCAGGCCAGGCAACTGCAGAGTGTCATTAAAAAGGACCTTGAAACTTTCCTTGCTTATAATTTGAGGTCTGTCGAGCCACGAAGTTTAGGGTTAATGTCTGGACCCAGTTTGTTGGATGGTGAGAAGCCGTTCAGTGTGAGTTGGGAATTTCAATTACTTTAAGGGAAAGAATAGTTAAAAAAAAAAAAATTGGACAGTAGAAGGATAAGAAGTTTTCTTTTCCCATTCTCTTCTTTCTCCTAACCACTTAGGGTCTGAAGGGTTCACCCAAGTTGCTTAGACCTGTTGCCAGAAATTACCTAGTCAGTGTGTAGTTTAGAGTGGTCCGTTGAATTAAAATACTGCTTACATTGTTCCATACCTACCATGGGTCTTGGGAAGAATGTGAGATCAAACAAAAGAGCAAAAGGCATGGCAGGTAATGTGTTGTAAGAAGCAATCAGGAGAAATCAAGGGCATTGCTTATGTCATAAGTTCCTGTACTAGCAGAGTGTTTATTAAATATGTCTCCTGTATGATCCTAGGAAGGGGGAGCAGGCTGCAGAGAAGGACCAACTAACTACTCCCATCATGGCCTCTGGATTCTTGATCTGGAGGAGAAATACTCATTTGACTGCAAGTCTGGCTGCTGGTTTTGCCACAAGCACGTGGCTGTGACAGGGTAACAGGCAACTGAGAGTTCAATTCCATTAAAAGCCAGTCCCACCTTACTTCCTGTCCCTGAGCATGGCTCATCTTCAGTGCTCAGAACAAGTGACGAAAAACCCTTGGCTGCTCAAATAACTCATCAAGCAGTGAAAGAAAATTACTCTTGTCCCCTGCAGGCGACTAGCAGAAGCCCTAAGGCATAAGATTGAACATATTATAGATTCAGGGCTAACCAAATATGCAATGAAAAGCCCCAGTAAAGCAAATAGTTTATGATGTAAATTTTTGCCTGACTCTGTTCTCTCTTTATTTGGAGTAAAGAGCTGAAGGGGTCTGATTCTTTATGATACAAAAATTAGGTTAATAGAGAATAATTGCTAAATTAGAACCCAGAGGTATTCACATACAAGGCTGACAGTGGGGCTAACCCAATCTCAGTGGCTGATAAGGGCTTTTTTTCTTTAAATCATATTTCAGAATAGAATAAGTGTAATCCTAGTAATTCTTGTAAGGGGTCTGTAAGGCTATGCTAGGCGATCCACAGTTCCTTCCTGTAGAGTCACAAGTGGTATTTTTCAGGATTTTAAAAAAAATTTATTTCAAATGTGATGTTGATTGGTGATTGTCGTTACCAGATACTGAGAGTTAAAATGGAGCCTTTCTTCCAAGAGAAAAGAACACTGGTTTTGCCCAACAGTTTGTAGGGTTCTGGTGAGCTCTTTCACCAAAGATAGATTAAAGAGGAAACAGAGGATGAACATACCAAAAATATGCCTTGCTTCAGCTAGCTCTATTCACAGATTGATGGTATCACTGTTTGTTTTTGGTTGTTTTTTTTAGGCCTGAGCAAGCATTTACGAGGGGGCGGAAGGTACAGATGAGTATAATGCTAAAAAGAATAGAGCATGAGGGACGGGGGATGAGTTACAGGCATGCTGTGTTGGGGGCAGGATTAGGACAGATGGTGTCAGTTGTTACGAGAAGGAAGAAGCACAGGTGAGCTGGGAGTGTGAGAGTGGTGTCAAAGGACAAAGGAAGGTAAGAATTACGGTGTACAAGAGAGGTTGAAATACGAGTTCCATGCTGCAGAATGATCCGATAGTTTATCCCATACTGATTCTTTTTTCTTCTCAACCATGTTAAGAGTGAAGGAGCTTTTATACAACTAGCACCATTTCTGATGGTTCCGCTGGTTGAGGCTGTTGCTGATCTAGCTGTGAAATCACTAGATAATCTGCTGTAAGTTAACTTGGTTGTTTTTTTTTTTTTAGGAGTGTGGGTAGTGCTTCCTTTGAAAGTAAATTGGCACAGCTAGTGCTATCAGCATTTAGTACTACAGACTTTGAGGGGTTTGGGGTTTATTTTTTCATTTGCAGTTGCAATTTTCTTGTTGATGTATGCTGGTTACCTTTTGTCAATCTCTTTTTCACACTTCAGAGGAGGCAACAGAATCTGCTCTGTTGTACTAAAAGGAGAGCTCCAGATGTAGCAATTAATTAAATGAAATACTCTGAGATGGCACCAACCTAGATGATAGCTTTGCAACCTGTTTTTCTGATGTTGGACTTCATGTTTCATTTCTGAGTTGATGCTGACTGAGCAAGAACATAAGTGCACCAGCAAGGTGGGCATTTTCCACCTTGTCATGCTGTGTTGAGAGCTTATATCACCATGACAAGGCTTATTAGATTAGTCACTATTCCATTTCTCTTGATTTCCTCTCTCTGCTCCCTTTCTGATACTTTTAAGGTTGTATGGATGTTCACGAAGTTGTTCCAAATAGATTATACAAAGGAAAGCATTCCTGGAAGAGGATACCTCTTAAAAGCCATGCATACAGTGCTGGCTGAAACCAGCTTCATTTGGGATAAGATGCACTTGTTTCCATGGCAGGAAAATCATCATGTCACTAGGACAGGTATCTTAAGGGATTTTTTTTACTCTATCTGGACAGGGATGAGAAAGGAAGAGTGAAGTTCTAGTCTATATCCATCCCTTTCCTTACTAAACTGACACCAGCCCTGAGGAGCAGCTCCCTCTAGAGTTACCGAATGAAATTCAAACTTTTGTCAGTGTGAGCCTCCCTT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Seq C2 exon
ATCTGTGCTTTCAAGTGTGGATTCTCCAGCAAAGGTCAGCTCCATGGAAAAGAAACTTCTTCTCAAGAGCAAAGAACTCCAAGACGCCCAGGACAAGTGTCACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007354:ENSGALT00000011895:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.448 A=NA C2=0.194
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043319=Pkinase_C=WD(100=75.4)
A:
NA
C2:
PF0396210=Mnd1=PU(14.3=41.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]