HsaINT0035518 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000122966 | CIT
Description
citron (rho-interacting, serine/threonine kinase 21) [Source:HGNC Symbol;Acc:1985]
Coordinates
chr12:120222764-120241193:-
Coord C1 exon
chr12:120241010-120241193
Coord A exon
chr12:120222870-120241009
Coord C2 exon
chr12:120222764-120222869
Length
18140 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000122966-CIT:NM_007174:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.270 A=NA C2=0.444
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043319=Pkinase_C=WD(100=75.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)