Special

HsaINT0035518 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
citron rho-interacting serine/threonine kinase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1985]
Coordinates
chr12:119784960-119803389:-
Coord C1 exon
chr12:119803206-119803389
Coord A exon
chr12:119785066-119803205
Coord C2 exon
chr12:119784960-119785065
Length
18140 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTAAGT
5' ss Score
8.82
3' ss Seq
GTTGGTTTTTCTCTACCTAGGTC
3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTCTGTTGTGTCGGGTCTGGACTCCCCTGCCAAGACTAGCTCCATGGAAAAGAAACTTCTCATCAAAAGCAAAGAGCTACAAGACTCTCAGGACAAGTGTCACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000122966:ENST00000261833:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.293 A=NA C2=0.477
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0043319=Pkinase_C=WD(100=75.8)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
(CIT)
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
(CIT)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development