BtaINT0039286 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009470 | CLIC4
Description
Bos taurus chloride intracellular channel 4 (CLIC4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001080218]
Coordinates
chr2:128734783-128746473:-
Coord C1 exon
chr2:128746364-128746473
Coord A exon
chr2:128734909-128746363
Coord C2 exon
chr2:128734783-128734908
Length
11455 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACCACTGTTTTGCCTAACAGGAA
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGGCAGTGATGGTGAAAGCATAGGAAACTGCCCCTTTTCCCAGAGGCTCTTCATGATTCTTTGGCTCAAAGGAGTTGTGTTTAGTGTCACAACTGTTGACCTGAAAAG
Seq A exon
GTAAGATTTGGTTATAGTTGGGGATCAACTTGAGTACATACTTTACTGTTTTCAGTTTGATCCTCTCCCCATCTCTCACTTTGCTTGCTTATGTTCTCTAAAGAAATGTATTAAAATTCAGCTGAATGATGGACACATTTAACTTGCGTGAGTATTATGGATAATTCACAGTGTCAGTATATTGCATGTGACCACTCTGTGTTTTTAAGAACTTATTGTATGTTTACTCTATATTTCAAGAGCAGCACCAGGAGCTATTTTAGTGTAGATGCAGTGACATCTTTGACTTTACAGGATGAGCATGGAACTATGAGGAACTTTCTAAGCAGATGACTTCTCATGTGTTAGGAAACACATGGCCTATGTATCTGGATTTTTAAAGCTAAGCATGGAATTTTAGGAGGCTGATTACTGCTGTGGTCTTTTTCATTTAACCTACTTTTTAGGGAGTAATAGGAGTTTTTTATAATATGACTTTGACCATATTTGGTTAAATACAATTATAGAATAAGAGCAGTTACCTTGCTCTATGGCCCTGTGATTGTTCTTGCTAGTTGAAGGATGTTTCTAATTTTCTCTCCATAGACCAAAGTGGAGAGGGCTGTGAAGAGCCCTGATAAGCAGTAAGCTTTTTTCCTCAAGAACTTCTGTTCTCCCCTAGCAAACAGATCCGAGGCAAAGAACATTCATACTTTTTTAAAAAAAAGGTTTAAGCCAAGGATTGAGAGCATTTATACCAATAGACAATTTAGGACGTGGCAGTGGAAATGTATTCCTCTTGACACAAATGCCACAACATGCTTTGCTGTTTATTTTTTAAGCATATCAATCATGAACAGTATCCAAGAAAAAATATTGACAGGCTGTCACTTGGTGGGTAGCAGAATTCATGTGCATTCTTCTTCTGGGCATCACAAGGTGAGAATTATCTGATAGCTATAATCCCATTCCCTGTTCTCTATTATCATTCTCTGGGACCGTAAAATTTTTTTTTTGCTTCACTTAATTAGATTTTGAGGACTTAAAATTTCTTTATTGAAAATAAGTCATAAAGTCTTCTAGGAACCCCTTTGGTTACATATATGAACATAGAAGTAAGCCTTGGAAATTATAAGAATTAAAACTACAGGATCATTTGAAGAAAAACCTAGCTCATATTGGACAGGACTGTTGTAAGAATGAAATAATTTATACTTACCCTTCTATTACTGTTTTTTTCCTACACACATTCACAAAGGGAGTTTCCCAATATAACTCCTAAAAATAGACCATGCCACCAAGCACACACCCTTAGGGTGTCTTAAAATACATGGATTCCTCCTATTCCATTTTTGGCTTGGAGCAAGTGAGTTTGACTGCCATGCTTTGAAAAAAGCCTTCTTTGAACAGCTCAATACAGTGCTTGATTGTGGTACATACCAGTAATAGCACAAAAAACGATGGGAATCTGGTTCAGAAAAGGAAGTGAACTCGTCACAGCCGTTTCTAACTCATCTGTTTCACTTTTCACTTACAAACTTTTTAAGACATTATTCCTGGAAATTGATTGATATTTGAGGGCTTGTATATGTTTAGGGCTTGTATATGTAAGGTACCCGACATGTAAAAAGTGACATGTGAGAAGTGGGATGAAAGATTCAGGGTTTCCTGACAGAAAATCTACTCCTCAAGATATATATTTATTTTTTAGAGCTTTGTGTTAAATCAACAGAGAGCACTGAATATTGGAGCCTATATTCTTTAGCTTTCTTTAAAAATCTTAGGTCTACAGTATATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCTTCTTAAGATCAGTTAAAAATATACAGCTAGTACATGATAATGAGTCCCCTTCATTCCCAACCTTGGTCATCAAGTTCCCCTTCACAGAGATAATTGAACTTAGGTTCAGTGTTTATCATCCTTCCAGACCTTTTCTATGAGTTTCACCCTTATATGGGCTTCCCAGGTGACTCCGTGGTAAAGAATCTGCCTGCCAAGTAGGAGACATGGGTTTGATTCCTGGATCGGGAAGATCCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCTATTCCAGTATTCTTGTCTGAGAAATTCCATGGACAGAGGAGCCTGGCGGGCTACAGTCCATGGGGACGCTAAACAGTTGGACACAACTGAGCAACAACACCACCCTTAATATGTAGTCTTAACTAAGATTTCAAAGAGAAGGTATCTCAAGAAAGTGAACATTGGCTCAAAAAAAAAAAGTCAATAGAATAAAGTTGTCACAGAAGAATAAAACATCATGTAGTAAAAAGTACCTTTCATAATTCTTAAAACTTTAAATGTGACTGTTTTTAGAAAGCTGTGGGGGAGAAAAGATTTGGTGCCCACAGTGGTTGTTTTCCTGCTTTTTCTGCTAATTGCCTAATTTCTTGGTGAAATGTACTGATGCCAGAACAAGCTGGTGGAGAGCAATAGAACTCTACTGAGAGCTTTTTCAAGCCCACTCTCTGCTCTGAAAAAATGATTGTTACATGCCATTCCATCCATAGGAACAAGCCAGTCTCTGGTTCTGGTGCTGTATGACAGGTTCTCTCTGCAGCTCAGTTGGTGTTAATGCCCACGCTGGTGGTATCATACGCCCCTGTGAGGCTTGGAGCAGCCTCCCGCTGCTTGCCTGCCAGTGCTGCCTTAAGACTTTTGTGGGAGTAATTTCTAAACCTAATTTTCGGTTTATGCTGAAATCATATTATAGAACTTTTAGATTAAAAAAACATTTGTAGGCTTTAGGAGGAATTTAAGTTTTTATCAACTGCCATTTGAACAAAAGCTTCAGGCGAATGTAAGTGAAAATAATAAAGTGTGGGACACATTTCAAGATGTTACCACATCATCAAAAGGGGAGCAACCATGGCATAGTAGAAAATGTGAGGGGCAGAGGCCTGGATCTGTGCAGAGAGAGCCCTGTCCCTGGTTTCCCTGGGACCTCGGGCAAGCTATCTCATCTTCTTGGAGATCTGCTGTTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCAACTCTGTGCGACCCCATAGACCGAAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCAGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCTGACTCATAGCGACCCCATGAACTGCAGCCCACCAGGCTCCTCCGCCCATGGGAATTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCACTGCCTTCTCCATCTTGGAGGTCAGTTACCTCATTTTTAATCTCAGGAAGGAGGAAGGGAAAAGTAAACTGACAATTCTTCAGTGTCCATTACATGTTAAATATCTTCACCATACTTATTAGAAACTACTCATATCAAACCATGTTCAAACCTTTCATTGAATAGAATTCATTATTTTATCACACTGGTGTTATAGGGCCTTTCTGGCTAACAAGTTCATGGCAGTGATCAAGATCTTTATTTAAAGACTTCCACTATCTTCACTGTGCTCAGAAGTTCCTAAATCAAGAGATCAGCATCATTAGAGCACAGATAAGCCTGAGAGGTAGGCTGGGGGAAGAGAAAGAAGAAAGCATGAGAACAGTAATGAGAGAGACAGTCACACTGAGACACTGACTTGGATATAGCTGAGTGTGGCCATGTAGTTGTTAGGGTAAATTCCTCTGGTTTGGGGAATTGAGAGTAGAAATGATAACTTTAAGAAATTCAGTTCAGTTCAGTTGCTCAGTCATGTCTGACTCTTTGCGACCCCATGAATCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCTATCACCAACTCCCAGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAACGAGTCAACTCTTTGCATGAGGTGACCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCTAAAAGCAGTGTTATATTACCAGTGCATAAAATTCCTCCTCCATGATATTCTCAGAGAAAATAAGTAAATTGGAGAAAACCCCCTTAAAAGTCTGAGCAGTATTTGTTTTCATTTTCCATTTCTATCTTAAACATTGAAACTCTCATCCTTTGTGGTGTCACTAATTTCCTTCTGCTGTAGAAGTCTGCGCACCATTTGTAACATTGTATGAGTCAGACCCACAGTAAGTTGCCATTATCATGGCATAAAGTTTGGAAGATTACTATGATAGTTTAAACTTTAACAATTTTGAAGTAATTTAAAATGTTACAATGGAACTATGAAAATGATAGCTCTGTATATCTTAAAAGGACTTATAAACTCAGAACAAAATCTGATTTCCAAGTGTATTCTTGAGGTAATTTGCTTTCATTATCATGTCTCTGTGGTTCCACCCTTCTGAAAATAGTCTTTAGCAAGTTTGAGTTCCAGGTATGTCTTTAGTAAACAGCAGCTTGAATAACATGTACAGAGAGACCAAGTGGAGTGGAACAGTCCAGCCTTTTAGAGAAATCATTCATTTCCTGCTGCTGGTCAGGCAGGAAAGTACAGACTCTGTCCTTTCCCTTTGTAAAGTTGACTTGGGCTACATGAAGCCCTTGTTAGAATGGTCCTACAGTTGAAGATACATGTCTCATGAATGTGTTCTGAATCACATGTATACTCTCGGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAAACAGACAGACAGGGAGAATTTCATTGCCATGTGTCTTTATGTTCTTTTTCAAGATAATTTCAAAGATGGAAATCCTGTTGAGGCCACTAAGAGCTGGATTAGAAAATTGGATTGTAAATGAAAGGTTTTCTAAACCTGTTATCGTGTGTGTGTGAGTGCTCAGTCACTTGAGTCATGTCCAACTCTTTTCAACCCCATGGACTGTAGCCCACCAGGCTCTCTCTATTCATGGGATTCTCCAGGCAGGAATAGTAG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Seq C2 exon
GAAGCCTGCAGACCTGCAGAACTTGGCTCCGGGGACCCACCCACCATTTATAACTTTCAACAATGAGGTCAAAACGGATGTAAATAAGATTGAAGAATTTCTTGAAGAAGTCTTATGCCCCCCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009470:ENSBTAT00000054397:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.047
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=FE(57.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]