MmuINT0037304 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037242 | Clic4
Description
chloride intracellular channel 4 (mitochondrial) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1352754]
Coordinates
chr4:135226024-135238971:-
Coord C1 exon
chr4:135238862-135238971
Coord A exon
chr4:135226150-135238861
Coord C2 exon
chr4:135226024-135226149
Length
12712 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
ACCACTGTTTTGCCTAACAGGAA
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGGAAGTGATGGTGAAAGCATTGGAAACTGCCCCTTTTCACAGAGGCTCTTCATGATCCTTTGGCTCAAAGGAGTCGTGTTCAGTGTCACAACCGTTGACCTGAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAACCTGCAGATCTACAGAACTTGGCTCCTGGGACCCACCCGCCATTTATAACCTTCAACAGCGAAGTCAAGACGGATGTGAATAAGATTGAGGAATTTCTCGAAGAAGTCTTGTGCCCACCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037242:ENSMUST00000037099:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.047
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=FE(57.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types