HsaINT0036323 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000169504 | CLIC4
Description
chloride intracellular channel 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13518]
Coordinates
chr1:24797742-24814219:+
Coord C1 exon
chr1:24797742-24797851
Coord A exon
chr1:24797852-24814093
Coord C2 exon
chr1:24814094-24814219
Length
16242 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACCAATATTTTGCCCAACAGGAA
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGCCAGCAGACCTGCAGAACTTGGCTCCCGGGACCCACCCACCATTTATAACTTTCAACAGTGAAGTCAAAACGGATGTAAATAAGATTGAGGAATTTCTTGAAGAAGTCTTATGCCCTCCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169504:ENST00000374379:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.047
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=FE(57.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development