DreINT0047537 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000022995 | clic4
Description
chloride intracellular channel 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030326-3]
Coordinates
chr17:25450827-25455671:+
Coord C1 exon
chr17:25450827-25450936
Coord A exon
chr17:25450937-25455545
Coord C2 exon
chr17:25455546-25455671
Length
4609 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGTGT
5' ss Score
6.14
3' ss Seq
TGTATTTTTCATTTTTGTAGAAA
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGGCAGCGATGGAGAGAGTATCGGCAACTGTCCATTTTCTCAGCGTCTCTTCATGATCCTGTGGCTAAAGGGTGTGGTTTTCAATGTCACCACTGTGGACCTTAAGAG
Seq A exon
GTGTGTGTTTGTGTGTGTAAACATACTTGATTATACTTTGTAGATGGAAATTTCCCTAAAAACCTTCCACAATCTTTAAATTAAAAACAGCTAGTTATAAAAAATATTTTAATATCTCCTTTTAAATTGCAAATTCAGTGTGGATATTGGAGGTTATTGTAAATAACATTTTTAATGTACAGTCTAATTGCCTTTACTTAGTTTTTTTTTCCCATTTAGTTAATGAATTAAATAAGGTCTCTGGGAAACATCCCACCCTAAATGATTGTTTTATAAAATACACAAATATTTAAAAATCATGTTCTCAATATAGGGGTCTCTAAATCCAGAAGAAAAAAATGTTAAACTATTGTCAAGACATGTTACAGTATTTTATTAAGAAATTATAAATTCCAGGGTTGGGACAGACATTTTTTTTCTACTGGTTAATTTACTTGCAGTAACCCTTTTAATACCTGTTTCACAGTGGGTTAAAGGCTTTTTAAATGGCTGATAAATTTTGCTTTCTAATTAATTACTTTCAGTGTGGAGTGTCTGATTCGTTTTCAATGCAACGAGGTAAAATTCAAGTGGTTTCATTTACTGGTTGCATTGAGGCTCATTAACCAAATAACCTACTGAATACAGAACCAGAACTGAGCTCAAACCATAGTGTTTGAACAATGCAAATGGTTTTATATGGGATGGAGTTTTTGGAGCTAAATAAATATTAAGTATAAATGCTTACACATGGCATTTTCTGAGTGCCGGGAATGTGATGTGGGGTACAGCGACTAGTTGACGCAGAAGTATAAATTGGGCAAGCACAACATTTTTGTTAGATTTTAGTCAATAAAAATGTAACATTTGTTGATTGTATAGTTAACCGTATGGTAATATGTGTGGCACTCTACTCGGCTGCACAAAACTAATCCAGAAAGCTTCATCTAAGCAGTGATTACTATTACTATATAAACAATCTAAATTACTGTGGTGGCTGTGACACAGTGGGCAAGTGACAGAACCGGTGTTACTGCTCAACACCGCCAACACCATCAACATTGACTATCGCAACAAAATTAATACCCATTGGAAAAACTGGATTTTGATGTCAATACTTCTGCATCATTTTGCTGTGATGTACTATTTTCTTAATGCTATCCATGGTGCTGCAGTATGTGTGAATAATGTGATGTGTTAAAATAAACGCAAACCAACAATAACAGTCATTAGAAAACCGCAGTGAAGAAAGTATCTAATTACATTAAAACATAAATATATAGCTTAACTGATTCAGTTGTGATGGCTGAACCTGTTTCTGTGAGGACAACATTGTTGGATTTCTGATTTGGTTAACCGTAAATCATCTTCCACTGTCAATAAGTGTGTGCCATAGCCTACTTGCTTTTGATGTACATACATACAGAAAATGCTGCTTCGCAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCTGATAGTATGGTTGAGTCGAATATTGGGTATGTTTACATGGGAAACAATATTTAATAGATTGAATCACAATCAAGAAAATACTCTGATTAAGAGTCACCATGTAAACAGCGAAAATTATTATTTTATTATTATCATTTTTTCCCCTCCCTTTCTGGCGTGCTTTATTAAATTCCATTAAAACAACACTCTTCCACCAGTCCTTACTCCTTATTTGCGTCTAATACCACAATTTGTCATGGGGGCATAAATGAAATGTTCATGAGTGGAAGTAAAACTGCCGAACTGCAGTTAAGTCACCTAAAATTACATGAAACTCTTACAATAAAGCACTTCATAAATATAAAACACCGTAATTATATTATTGTCTATTAAGGCAAATATCTAGATTACAGATGTCCATGTAAATGTAGTCGGCAGTGTATTCAAACTAAGGGAAAGATCCAAAAGGGCATCCTGCTGATTTGATTCAGAGGGAAACTTTTTTTTTTTTTGTCAGACGACTCACCGGTTACTTTCGTCATTCATTTTAAAAAGCACCCGGTCAATTTTATTTGTAATTTTACTCAAATGCTTAAACTCTACAGGTGCCTTATGGTTAGATGTGGAGCTAACATTTATCAGATCACTTTAGTGAAAACATAAAAATCGTCATCATGATTTACTTGAGTGCATGCCTCAATGTCTCACGCCCCCCTTAATAGGTGCTGGCGCCCCACAGTTTGAAAACCCCTGCAATAACCAACATAATTTCCCCATTTCAACATAGAAGAAACCAGAGCTTCAGGGCGATTACACCACAGAACTTTAGGACTGCAGTTTGAACTAAACATGGCACCTCTAGCATGTGATATCTGTGAGTTGCCCTGGCTACTAAGTAGCACAGCACTGTCCTACTTGATACTTCCGAGCCACATCTACGTATCATTCAATTGTCATGGACAGGAAAATTTGCCATGGTATTTGATATATTGTTCAACATGATTCCCCACCGGTATGTTCTTGAGTTTAGCTTTAAAACATGAGGACCCTTAGGGAGTTATCTGAGATGAGATAGTTGTGCCTGTGTGTGAAAACATGACGTATTCACAGATGAATTTAAGACGGCACTGTGACAATGACGCAGCAGTGACATTGTACCCTGCACTCGGCCGTGTGCCAGTGCTAACATATTAAAACTTCTGAACTCGTCTGAAAATGAGGTTAAGCCAGCTAATATTAGCTGTGACTTCAACCTGCAATTATATTGTATCCACTGAGCTGTATGTGTGAATATGAAATTTTTCTTTAAATGAGGTTATGTAGATTGTTGTTTTCAAAATCTCTGATTAAGTAAACCATTTCAGTTGTTTATTTACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTTTTTCCTTTTAAATGACCGTCTAGGTGTGGAAACACTTCATAATCTCTCTGCCTTTATAGTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTCAGACTTTTCCACTTATAATCTTCAGTCAGTGTTTTATGAGGCTATAACACTGAGATATTGTTCAGCTTCGAATTATTACCCTAAAAAGGACAAAAAATATGAAAAGTGTTTTTTTCTTTTGCATTTTTGTTAATTCTTTCTCCTCTTATTGAATTTCTTCCTTTCTCTTTGTTTTTTTTTGTACATTTACTTTATTTCTATGTCTCTTAATATTGCTTGACTGCAGCCCGCTTTCTCCTCTCCCATGGCCTTTCCTTCATGCCACCACAAGGGATAGGGTGCTCCTTGTGCTCATGCCAGAGGTGTGAGATCACTTCCTGTTGTTGTAGTTGGTAAGATCGGACTGTTCCTGCCTGCAAGGTCTCATGGGACATATCCCCCCTCTGTTTCTGAACCCTCCAGTGTTTTCAGATTTCACATTCTCCCTTGGTGGATATCCAGGGACGTCATCAGACATGATTCATCTAGTTGCATTTAAAAAGAAAAATGCTTCAAGATCTTTTTTTTTGGGGTAGCGTTAGTGTTTTTTTACTATTAGACCTGTCACTATAATCAATATATCGACTACTCGCACAATACATGGACATGATCTCAAACAGAAATGCCAACTGACACAGCCGGGTCGGGGTTGGAAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGGGGTGATCATGCTACCCACTGTGCAACTGTAAAGCCCTGCCTCTTTAATAAATTGTTAAAATCATTAGAATTAAATCAAATATTCTGAAGAATAAAATATTATGTACTAATTTTATTATGTAATAATATTATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTGTACTTGCATTGTAATGCTATTATATTGTTAGTCTGGCATTTATATAATGATGAGTGGCATAAAAGTGTCTTAAAGTGACAATAATATAGTTTATTGTAATATATTTTGGTGCAAAATATCGTAAAACAAAAAGAAGATATCGTGACAGGCCTAATCACTACTTGTGTTGTACAAAGTTAAATGTGTGTGGAAATGAAGATATGAGTGGGCTTGTAAACACCTATATATTTTTGACCTTGTGTTATGGCTGGGCGATATAGCAAAAATGCGATCTTGATAATTATTTTTCACATTGAACGATAACGATATATATTTCGATATAAGCTGTTAATGCTTCCAGATTTAAAAGAGTATCCCAAATATGACTGAAGCCACAAAATATAGAGGGTCCATTAAATGGCTTAACATTTTCAGTGGATGAAAATTCAGTACATCTCTAATATTGACACACTTTTAGATTCCCATTGCACATTTCTGCTGCGTGATTGGCTTAGATCATTTATTTTCTTGTTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCATGGGTCGCCACAACGGAATGAACCATCAACTTATCCAGCATATGTTTTATGCAGCAGATGTCCTTCCACCTTCATCCCAACACCAGGAATCGCCCATACACTCTTGCATTCACGATTTTCACTCCTGCCTTTTATTATTATATTTAAAAAGGATTATTAAATGAAGGTTTACCTATAATTATTTACAATTTTCACTTGTATTTTTCATTTTTGTAG
Seq C2 exon
AAAACCAGCTGATCTGCAAAATCTGGCTCCAGGAACCCATCCTCCCTTCATCACCTTTAATGGAGAGGTCAAGACCGATGTCAACAAGATCGAAGAATACCTAGAGGACATCCTCTGCCCTCCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000022995:ENSDART00000030691:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.047
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=PU(42.3=81.1)
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PD(56.3=93.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]