RnoINT0037286 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000018109 | Clic4
Description
chloride intracellular channel 4 [Source:RGD Symbol;Acc:61857]
Coordinates
chr5:153579713-153592996:-
Coord C1 exon
chr5:153592887-153592996
Coord A exon
chr5:153579839-153592886
Coord C2 exon
chr5:153579713-153579838
Length
13048 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
ACCACTGTTTTGCCTAACAGGAA
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGGCAGTGATGGTGAGAGCATAGGAAACTGCCCCTTTTCACAGAGGCTCTTCATGATCCTTTGGCTCAAAGGAGTCGTGTTCAGTGTCACCACCGTTGACCTGAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGCCTGCAGATCTGCAGAACTTGGCTCCTGGGACCCACCCACCATTTATAACCTTCAACAGCGAAGTCAAAACGGATGTAAATAAGATTGAGGAATTTCTTGAAGAAGTCTTGTGCCCACCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000018109:ENSRNOT00000024464:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.047
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=FE(57.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]