BtaINT0041654 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012849 | COL4A1
Description
Bos taurus collagen, type IV, alpha 1 (COL4A1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001166511]
Coordinates
chr12:88928787-88955118:-
Coord C1 exon
chr12:88955059-88955118
Coord A exon
chr12:88928877-88955058
Coord C2 exon
chr12:88928787-88928876
Length
26182 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GGCTCCCTCCTCCTCCGCAGGGA
3' ss Score
9.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGGGTGTGCCGGCTCTGGCTGCGGGAAATGTGACTGCCATGGCGTGAAGGGACAAAAG
Seq A exon
GTGAGTAGCCCTCCGAGGGCGGCGATCCCTCAGGTCGCCATCGCTGTGGAAGTCATTACTTTAGAGCAACCGAATAACCAGCAAGTCATGCTGAAGCTTTTTACCACGTCAGGCATTTCCCCAGAGCAATACAAATCAAACAAAACCAGGCTCAACAATATTTTTGAGGCATCCTGTCTGCTCCTCCCCAAAGCTGGTAATTATTGGTGGCAGTTCACGCTAAAAAAGCGATTTGGTTTCTTTCCTTTTTTGACTCTAGAAGGAACAAGTGTATTGGCAGAAAATCCGTTGAGTCAATCGCATTCTTTGGAATTAGTGCACGAAGACTAAACTTAGCTTTTTTTTTCCTGAAAAAAAAACAAAAAACAAAAGTTTCTCTTGAACTTGAGAGCCTTTTATTCAAATAAGAATTTTTAAACAGTTTTACATTCGTAACATACTTGTCTAGATTTATTTACAGAAACAGTAACTATTTATCATTTCCCAAATGTACAATTATAATTTTTTTTTCTAAGCAGTACTCTGCCCTCTCTCTCACTTGAAGAATCGCAGATCTGTATGAAGATAATTTTCTCCTGAAGGCAGGTTGGGTCTGTGCATTTCAGTTGTTTGGAGAGAGGGTTTTCACCCCAGGACAGGGCAATATCCTGGCTCTGTGTGGGGTCACCATGGAAACGGGGTGGGGTCATGGGAAAACCTGGCCGCTGGGCCACAGCAGCTGGGGCCACGTGGAAGGGAGGCGGAGACCCCTGGTCCTCTTCCCACTTTCTGGGAGCTGGGGGTATTGTTCAGGCAAGCCATCCCTTCTGGTCTGCCAGGGCTCCCTGAATCACAGACTCACACTTCTGAAATCCAGCAGGTTCTACTTTGCAGAAAATTGTTCCGTTTCTTTTCAGCTGTTTGCTGACGTACCAACATCACCCTTTTTAAAGTCTGTAGACGGTTGGTGCCACCGCTATCACCTGGACAGGCTTTGAATCAGTGAAGTCTGTGGAAGCATTTTCCTGTCCTCCAGCATCCACACTCGGCACCCGCTTTATCGTCTGTAATCCCTCTTCTCGCGCTGTTTTCTTACTCAGGAAGTGTCTCTAGCTAGTTCCAGATTGCATCCTCGAGAGTAACGGCAAGATGTTCGTGTCACAAAGACTCTTTTTGTGTGTGTGTCTAACTTGAATTGTAAGCATGCTGAACTAACAAAGAAATCCTTCAAACTATACAAAGTGGAACTTTCAACAAATAGGAACTGGAGACTTATCAACATCACTATGGTTTTCTTGTAACTTAGAGCATCAGAATTGGGGGAGGGGAGGGAGAGTTGGTGTTTCTTGCTTATAAAGAAAACGCGTCTTTTCCACCCGCTTTCTTGGTCTCATTCTCCACCATCGACTGCACCCCCTGGCGGCATTCACTCAGGCTCTGGTGCTTTTCAGACACTATTCCGGTCTTACTTTTCTAGTCTGATTCATTTTACTTTTAGCCCCAGATCTCCCCCTTAATATGAGGAAGTAGAGTCTTTATATTCATTATATATGAGGAAGTAGATTCATCCAGGTGCAGCTTTCCAAATATGTTTGGCCGACTTCTTCCTGACTTGACAGGGGCCTGGCCCTCGTCAGTTCAGAGCTGGTGAAAGCACCTTCAGAGAAGGCAGGTCACGTCTCGGGGTGTCTGACACCCACCCCAATGAGGAAAGGGGCTGTGGGTGTTTCTTTTCAAACCCGAGCACGTGGAAGCCTTTGCTTTGGCCAGTGCATCAGTGGAGGCCCGGTCTGTGTGTCTCTGGGCCCAGGAACACACTCCGTAGGCCTGCCTTCCACTCGGGCATGGCAAGGTCAAGGTGGGAAGGTCACAGGGTCGCCATGATCCTTCCTGGTCTGCGCATGCTCCTTCAACAGGCTCCTCCACCATCCACTTTGGGTTTTATACCTTATTATTATGATTCAATAAAGTCTGTTTAAATAAAATACTGGCAAGCAGTGGGTTAAACCATCCTGAATTTGTGTTTTAAAAGGCTGTAAGGATTGAATGGATTCAGACGGCCTCTTGAGATTTAGGGGAACAGCTAACTGATTTAGGATTATATCCTTTAAACAGAAAGCGGAGCTCTGTCTTTTCTCCCCTTGAGTATAAATATTTCAGGTCCCATGGTTCACATAGCATGAGCCGGGAAGAGGGCCTTCCTCCCACTGAAAGAGGAAATTTTAAACTTCCACTTATTGTCTCGGACGTGATGTTAAAATAATCAGTTTAACGATGGGAAACACCCAGAGCCTGCCTGAGCCGGACCTTCAGATCTGGTTCCATTTCTCTCATCCGAAGGTCAGATAACAAAGAAATGTATTCTTGGCTGGCACGTCAGCAAGAGAAATTGGTCTTCCTCATCTCCCACCGCTGTTCTCAGACGCGCCTATATGTGCGGACCGGGTGTAAATGCAAAATGAACAAAGGCTTGAGCATCACAGAATTTGCCTCGAGCGCTTCAACCCACAGACCTGCTTTTGAGCTACCAACGCGTGTTTTCAGTTCTCATAGGGGTTGTGTTGCTGTTCTCCAGTGTCTACAAGTTAAAGGACTTTGGAGGTGTTTTTGAAAATAGGATGAAAAACGTCACATTATCGGGGGGAGTAAACGTGACCTAAATGGGACGGAGCGTCAGCTCATTGTTTCGGAGACATGCCCCCTTGAGGGACTCTTGAACGTATTGGTTATTGAGAATCCACCAATGGAAATTGGAATGTGTCCAGTGTAAATCACCAAAATCTCTTTTGGCAAAGTCCTGAGTTCCATGGAGATGAGATTCCTTGACAGAATGTCTGGTATCCTCCAGATTTCATCAACAGATATTGATGCCTTAGGTCACTGTTTTCTAATCTCACAGGTATCAGTGTAGTGCTAGGGAGCTTGTTCCGACCTTGGCGCTTAGATTCATGAGCTTGTCACAGATTTCAGTCTTTGCTGACTTGTTTGTTTTCCCGGCGCCCAGATGTTTTCTCTGGGTAATTAATCTGGGTTAGTACACGGTGACTTTGTGTCTTTCCAGAGGCCTCCGCAGTGTGGGAATTTTATCTCCTTAAACTGATTAGGGTTTTGAATGCTTGCCTCCTCAGTACAAGCCAAAAGTTAAGCTCTTCTTTTGCTCCATAACCTGATTTTCTCAACTATTCGAGGTATTGGAAGAGGCAACATTGTCCCAGGAGTGACTCCCTTGGTCTTGGAAATTAACTATTTCTATTTTGCAAAAAGAACAGAGTTTGCACAAGAAGTCTTACAAATGTTTTAGCCAGAGGAGCCAACATTTATGTAAAGCTATCATCCTATCCTGCGGAGTCCCAAACTGGAAGCCTCAAGTTAACTAGAGAGGTGGGAGATAAACATGTGAAATGAATAACAATTTAAGAGTAAGTGATCACATTGCAGGAGAAACAGCAGAGAAAGCAAATACTCTCGTTGTCCTGAGAAGGGAGTGATCCCAGCAGCCTAGGACCGTGAATAAAGGGACGACTTCCTGGATGAAGCAGGATTCAGGCGTGTTGTGGCCTCACTGATGCTCCAGACTCACCGGGACATGAGCAGGGTCCTCTGTCATGCGTCTGCCTCAAGTCACGTGCAGAGTGGAACTGCACTGATCAGAGAAAGTAGCCCCCATGGCCTGCTGATGAACATGACCTTGGCAAAGGATGGATGGCTCCTAATAGAGGGACATTGACAGGGACTTCCCCAGGCCACAGTCTTGGGGAGCACAGAGAGTCTTAATTAGGCAGAAGTGTCATATTTCTGAGGAGTGATGAGAACAGGGTGGTCATCTCACAGCTTCTCAGGACACTTTAACCTGCTGGTACCCAGGTCCTCGCCAGCAACGTGGGGAGGGAGCCCAGTTCGGTTCAATCGCTCAGTCGTGTCTGACTCTTTGCGACCCCATGGACTGCAGCATGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCAGGAGCTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTCGGTGATACCATCCAACCATCTCATCCTCTGTTGTCCCCTTCTCCTCCCACCTTCAATCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAATGAGTCAGTTCTTCTCATCAGGTGGCCAGAGTATTGGAGCTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCTGAATAGTCAGGACTGATTTCCTTGAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCTGTCCAGGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCAGAGCTCAGCTTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACCTGACTACCGGGAAAACCATAGCCTTGACTAGATGGACCTTTGTGCAAACTCAGCCTGAACGGAAAGCCCCTGAGCTAGCCTAGTCTCTTCTAGGGAGTAGGATGCGGGCGATAGGATTCAAGTGCTAATCAGAGCATGAATCAGTTTCCATTCTTCAAGGTAAGACGATCCTGACCTGCGAGGACCCAACAAGAGGACCTCGTGGTTCAGAATATTCTGGAGTCTTGACCACGATCCTGTTGCTCTAAGACTGGGTCCGTGGTCTGTATGCTGCTCCACTGGCCACCTGCCAAGGAAAGCAGACCTTCTGAAGCCTCTCTGTAAATGGGTGGTGATGAGGCAGACTGCTGAGGACCACAGAGAAATGGACCTGGTGATTTGGGGCCGTGGGCAGATCTCCCGGGTCCTGTTCATAGACAAATAACCACAGGGAGCCACCTTGTCTGCCCAAGTCTGAGCCCCACCCCAATCTGAGGCAGGTTAGGTGCAGTCCAGCCCGAGAAACCAGGATCACATCACCTTCGGGGGGGTGTCTGTTCCACACAGCATTCAGAATAAAACCTAGAGGCGAGGGCAGCAAAGTGAGCCTCTTAACCCTGAGTCAGGAGATGCCATTGTCCCTACATGGTGAGGATGGGGCCTCCCTGGCCCCTTCCTGCAGGAAATCCTGGCATATTCTTTGCCCTCTAGGAAATTCGTCACTCTGGTT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Seq C2 exon
GGAGAAAGAGGCCTCCCGGGGTTACAAGGGGTCATCGGGTTTCCCGGAATGCAAGGACCCGAGGGGCCACAGGGACCACCGGGACAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012849:ENSBTAT00000035335:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.100 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126692=P12=FE(27.9=100),PF0139113=Collagen=PU(24.7=90.0)
A:
NA
C2:
PF126692=P12=PD(33.8=76.7),PF0139113=Collagen=FE(39.7=100),PF0139113=Collagen=PU(32.8=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development