HsaINT0038926 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000187498 | COL4A1
Description
collagen type IV alpha 1 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2202]
Coordinates
chr13:110213926-110242734:-
Coord C1 exon
chr13:110242675-110242734
Coord A exon
chr13:110214016-110242674
Coord C2 exon
chr13:110213926-110214015
Length
28659 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTGATGTTCCTCTTCTGTAGGGT
3' ss Score
10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGGCTGTGCTGGCTCTGGCTGTGGCAAATGTGACTGCCATGGAGTGAAGGGACAAAAG
Seq A exon
GTGAGTTGCCGAAATTTAAATCACAACATTTCTTTGTGAATTGGACAGTAAGTACTACATTAACAGTAACCGAATAATCAGCAATTCAGGTGAAAGCCTTATTACTGTTTTGATAATTTCCCCAGAGCAATACAAATGAAGCCAAACCAGGCTTGACATTACTTCTGAGTAGTAATATTATTATAATAGCTCTTCTCCAAAGAATGTAATAGTATGTGGCAATTAATGTAGAAAAACATATTTGGTTTATTTTCCTTTTTGACTCTTGGTAGAAAATCTGTTGAATCTATCGTACTTTTTCGAATTGATGTATAAGAACTAATTTTAACATTTTTCCGGAAAAAGAAACTAGTTCCTATTCTACTTGAGGACCTTCTCTTCAAATTAGTATTTTTAAACCATCTTTTAATCCATCACATGCTTGTCTAGATTTATTTATAAAAATATTGCTTGGGAAACTTAGTGTTTCCCAAATGTAAAATTAAAATGTATTTCTTTGCAAGCAAACTGTTCCCCTCCCTTTCATTTAAGAACCAGGGCTCCAGATAAAGATAAGTTTCTCTGGAAGGCAAGTTGAATCTGTGCATTTCAGTTGGTTGGAAAGAGGGTGCCTGGCTGTTTTTTTATCCAGAAAACAGTGCAGCATCCTGGTACTGTCTGTGGGTCACCGTGGAAACCAGGTGTGGCTGTGAGGAAATGCCACCACCTTAAGCCACTCAGCCTTTGGTGCAGGTGCGCACAGCAGGTTGGGACCCTGTAGAATGGAGTGGATACTCTGTAGGATACTGTTTCCAGAAAGCTGAAGGTGTCATTCTGGCTAGCGTGTGAATTCTTACTTCCCTCCCCGGCATGCCAGAGGTTTTATGGGGCCACAGACTGATGCTTTCGAAATTCAGCAAATTCTAGTTTACAGAAAATTCTGTGGTTTCTTTTTGACTATTTGCTGAAATGCCAACATTATTATTTTAAAAAATATGCCTGATAGGTGATGGCACTAGTGTTACCTGGATAGTTTTTGAATGAATGGAGTATGTAAGGAAAGTTTCACATCTTTTCATATCAACTCTAATTTATCTTCATGCTCTGCTCTCTTACTTTGGATTTTTCTAGCGATTTCCAGTGTGCATGCTCAAGAGTTATTTTAAAGTAGACGCAAGTGTTTCTCATGCCACAGACATTTTGTTAAAAACCTAACTTGAAATATACAAGTGAGTTCACCAAACTCATAAAAATGTCCTTAAAATGATAAAATGGAGAACTTTGGGGTCCCAACAAAGAGGAATTAAGGCCTGGATCATGATTACCTCTGTTTTCCATGTGACTTTGAAAGCAGCAGGGCTGGAGCCAAGTTGGCCCTGCTCCCTCCTAGGGACAGCAGGGTTGATGTCCACCTCCATTTCCATTTGCTTCTGTCCAGCCGGCAGGCCTTGGCGGCCCCTCCTGGCTCTGGAGCTTTACATACTTTCTTATTCTATCCGCATCTATAAACTTATATATATTTTTTAGGCCAGGCATGGTGGGTCACGCCTGTAATCCTAGCAGTTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTGGAAGTCAGGAGTTTGAGACCATCCTGGCCAACACGGTGAAACTCAGTCTCTACTAAAAGTACAAAAATTAGCCCAGCGTGGTGGCACACACCTCTAGTCCCAGCTGCTCAGGAGGTTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGAACACACCATTGCACTCTAGCCTAGGCGACAGAGCAAGGCTCTAACTCAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAAACTTGTAACTTTTTTAACGTAATTTATTTCAGTTTTTCCCAAAAATCCACTCATCAAAACATGACAAGGGAGAATGATAGGGTGTAGCCTTCCCTACCTGTCAACTGACATCTCCACAACCTGGTAACACCCCTCAGAGCCAAGCCGCTTCCACTCCGAGTGGGCTACACATGTGTGGGGAAGGCAGGGGAGGCGGTGTCCAGCACCTGGCCTGAAGGAAAGGGGCCGCCAACATTTCATCTCAACATTGCCCAAGGAGGAGCCCTTGCTGGGGGTGGCCCCCTCTGGCCAGGCGAGGTCTGTGCCTGTCCTGGCTTGGAGCCTGCGTGGGGCTTGCGCCCTGCTTAGGACAGGAAGGCAGAGAAGTGTGGGGCCACGTGGAAGTTGTGTCCCGAGGGAGGCTCCATGCCAGCTTCCTACAGGGGCCAGCTTTAGCCTTGACACTGGGAGTCAGCAGAGCCCGGGCCAGGACTGGGATGGAAGGAGCAGGATCCTGCTCCCCTCCTTGTGTGGCCTTAGCCAGGTTTCCCACCAAGGGACCTAGGCCAGGGAGCCCAGCACCTCCAGGACTTTTTTGGCCTGACCTGCTCCTCTACACTCCTGTTTCTCCATTGCCAACTTTGGGGTTCTTACTGTTTTTTTTTAATTTTTTTTAATTCCATAAAGAACATTTAAAATAAAATGCTAGCAAGCTCTACCTTAGACCATTCTGAATTTGTGATTTAAAAGGCAATGATGATTGAATGGATTCAGAAGACCTCTTGAAGTCTAGGCCTAGGACAATAGCTAAATGGTTTAGTATTATATCATTTTAACAAAAATGGAGAAGGTCTATTTTTTTCTCATCTTGAGCATAAACATTTCAGGTCCTATGGTTCACACAGCATTGAGAAGGGGAAAGAGCCCTTCCTCCCACTGACAGAGGAAATTTTAAACAAACTTCCCCTTATTGTCTTGGAAGTCCTGTTAAAATAATCAATTTAATGATGTGAAATGCCTCAGCTTCACTGAGCTAGGGTTTCCGATCTGGTTCCCTTTCTCTCATCCCAAAGTCAGCTAAGAAAGAAATGTACTCTAGGCTGGCAGGTCAAGAGAAGAAGTGGATCTTCCTCAGTGGCTGCCACCTTCTACCTTCTGCACTTCCTGCCACCTTCTGCATATTCAGAGCGTCCCAGCCCTAGAAATGCCGACCTAGTGTAAAAACAAAATGACTAAAGGGGTTGGAATAATGGAATACAAATCTACTGGTTTAGATCACTAGTCTGCTTATGAGCTGCAACTGAACGCCTTCTATCCTCATAGAAATTATTTTGATATTCTCAAATGTCTACACATTAAATTGATTTTGATTGGTTGTTCTTTAAACAGGACAGTAGGAGGCACAGCTGAGATGCAGTTAAAGTTACCAAGCTGGGTCAGAATGTCACAGCCTTAGAAATTTGGAAATTATTACTTCTAAGACATATTTTCCCACGTCTCTTTGAGGAGCACTTTGACACTATTATTTGCAAACCATCAGTATCCTCAACAGAAACTGGAATATCTCCAGTACAAATCTCTTTTGACTAAGTTCTGCTTTCTATGGCGATATGACAGAATGGACAAAATGTCTTATATTCTGTAGATACTATAAATACATTTTAGTGCAACAGATCATTGCTGGCGTTATAATCTCATAGTTTTCAAGTAATCAATAAATACTAGATAGCTTGATCTGAGTTCAACAGTTAAATTCAGCAGGTTTCTACTGGATTTCAGAGAGTCTTTGCTGAGTTGTTTATTTTCCCACTTGCTTGGAAGGCCACTCATATCTTCAGATGTTTTCTGTTAGGTAATTAATTTGGCCTTGCACACAGTGGCTCTGTGCTCCTCCAGAGACTGCGGCAGTGTGGGAATGCTGTCTGCTTGTACTGATTAGGGTTTTGAATGCTTGCCTTCACAGAAATAGCCAAAAGTTAAGCTCTTCTTTTGAGTGATAATTTGATTTTCTCAAGTATTTAAGATAGTAGGAAAGGCAACACATTCCCAGAAGTTACTGCTATATGCTAAGGAAATTAACCATTTATGTTTTGCTAAAATAGAGTTTACACAAGACCTCTTTCAAATAATCTAACCTGGGAGCCCACGTTTCCATAACACTATCACCATAGTCTGTGACCCTGCAGTGTCCAAAAAAGGGAATTTAAAGTTAAACTAGAGATGGAAGACTGGTGTACATAAATAACAAGGCGAGAGTAAACCATCACATTCCAGGAGAATCTGTTGGGAAAACAAATACAAAAGTCTTTCTGAGAAGGAAGTGATCCCTGGGACCTGGAGCATAAAATCAAGGGACAGCTTCCCCAATTCAGCAGGACCCCAGCCTCTCATGTCCTCACTAATTTGCCAGGCTTGCTTAGATATAGACTAGGTTCTTCTGTCACACGTACATGTGAAGACACATGTTAATTGAACTGCATTAATCAGAGAAAACAGCTCTTGGGACCAGCTGATAAATGCTGTCATAGCAAAGATTTGACGGTTTCTACTATAGTGACTCCAAAAAGGGACATTCCCAAGCCACAGTCTTGTGAGCAGAGTCTCAATTAAGTAGAATTGTAGCATTTCTAGTGAGTAGTGACAACTGTGTGGATATCTCATACCTTCTTGTAATACTTTAACCCTGCTGATACCCAGATCCTCAGCAAAGATATAGAGAAGCAGCACATTATCCTGTTATTACTAATTAGATTGTCTATAAATCACAGCTCCTGTCCACATTGGCTCTGCATTGCAATAATATTGTCATCAGATAGAACAACCAAGACTGCTTTCCAAGCAGAGAACTTTGAAGATGGCATTGCTATCTGTCTGTCTAAAATGTGTATCTTATCTGATTTGAAAAGGCTGGAGAAGTCTGTGGCCAGTCTGGAAGTGATTTCATTGCTGGCCCAGGAAATCTGGGAAGAGTTTAATGTCGTGTATGGCTGAGCTTGTACAGGATACCCTTTCTTTTGTTATGGCAAACAGTTTGTAGCTTTACCAGCCATTTAGCGCCTAGATATTTGACACAATCGGTGTATGTCCATGTCACACCTTTGTATAAACCTGTCTCTCTGCATCTCAACATTTGGCTATAGCTGCTGCTTTTACACAACGGATCTAGGCTAGGATAGAAAAATCCTGGCTTGTGAGTGTCAGAGCAAGAA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Conservation
Fruitfly
(dm6)
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F:
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R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development