HsaINT0038926 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000187498 | COL4A1
Description
collagen, type IV, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:2202]
Coordinates
chr13:110866273-110895081:-
Coord C1 exon
chr13:110895022-110895081
Coord A exon
chr13:110866363-110895021
Coord C2 exon
chr13:110866273-110866362
Length
28659 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTGATGTTCCTCTTCTGTAGGGT
3' ss Score
10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGGCTGTGCTGGCTCTGGCTGTGGCAAATGTGACTGCCATGGAGTGAAGGGACAAAAG
Seq A exon
GTGAGTTGCCGAAATTTAAATCACAACATTTCTTTGTGAATTGGACAGTAAGTACTACATTAACAGTAACCGAATAATCAGCAATTCAGGTGAAAGCCTTATTACTGTTTTGATAATTTCCCCAGAGCAATACAAATGAAGCCAAACCAGGCTTGACATTACTTCTGAGTAGTAATATTATTATAATAGCTCTTCTCCAAAGAATGTAATAGTATGTGGCAATTAATGTAGAAAAACATATTTGGTTTATTTTCCTTTTTGACTCTTGGTAGAAAATCTGTTGAATCTATCGTACTTTTTCGAATTGATGTATAAGAACTAATTTTAACATTTTTCCGGAAAAAGAAACTAGTTCCTATTCTACTTGAGGACCTTCTCTTCAAATTAGTATTTTTAAACCATCTTTTAATCCATCACATGCTTGTCTAGATTTATTTATAAAAATATTGCTTGGGAAACTTAGTGTTTCCCAAATGTAAAATTAAAATGTATTTCTTTGCAAGCAAACTGTTCCCCTCCCTTTCATTTAAGAACCAGGGCTCCAGATAAAGATAAGTTTCTCTGGAAGGCAAGTTGAATCTGTGCATTTCAGTTGGTTGGAAAGAGGGTGCCTGGCTGTTTTTTTATCCAGAAAACAGTGCAGCATCCTGGTACTGTCTGTGGGTCACCGTGGAAACCAGGTGTGGCTGTGAGGAAATGCCACCACCTTAAGCCACTCAGCCTTTGGTGCAGGTGCGCACAGCAGGTTGGGACCCTGTAGAATGGAGTGGATACTCTGTAGGATACTGTTTCCAGAAAGCTGAAGGTGTCATTCTGGCTAGCGTGTGAATTCTTACTTCCCTCCCCGGCATGCCAGAGGTTTTATGGGGCCACAGACTGATGCTTTCGAAATTCAGCAAATTCTAGTTTACAGAAAATTCTGTGGTTTCTTTTTGACTATTTGCTGAAATGCCAACATTATTATTTTAAAAAATATGCCTGATAGGTGATGGCACTAGTGTTACCTGGATAGTTTTTGAATGAATGGAGTATGTAAGGAAAGTTTCACATCTTTTCATATCAACTCTAATTTATCTTCATGCTCTGCTCTCTTACTTTGGATTTTTCTAGCGATTTCCAGTGTGCATGCTCAAGAGTTATTTTAAAGTAGACGCAAGTGTTTCTCATGCCACAGACATTTTGTTAAAAACCTAACTTGAAATATACAAGTGAGTTCACCAAACTCATAAAAATGTCCTTAAAATGATAAAATGGAGAACTTTGGGGTCCCAACAAAGAGGAATTAAGGCCTGGATCATGATTACCTCTGTTTTCCATGTGACTTTGAAAGCAGCAGGGCTGGAGCCAAGTTGGCCCTGCTCCCTCCTAGGGACAGCAGGGTTGATGTCCACCTCCATTTCCATTTGCTTCTGTCCAGCCGGCAGGCCTTGGCGGCCCCTCCTGGCTCTGGAGCTTTACATACTTTCTTATTCTATCCGCATCTATAAACTTATATATATTTTTTAGGCCAGGCATGGTGGGTCACGCCTGTAATCCTAGCAGTTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTGGAAGTCAGGAGTTTGAGACCATCCTGGCCAACACGGTGAAACTCAGTCTCTACTAAAAGTACAAAAATTAGCCCAGCGTGGTGGCACACACCTCTAGTCCCAGCTGCTCAGGAGGTTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGAACACACCATTGCACTCTAGCCTAGGCGACAGAGCAAGGCTCTAACTCAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAAACTTGTAACTTTTTTAACGTAATTTATTTCAGTTTTTCCCAAAAATCCACTCATCAAAACATGACAAGGGAGAATGATAGGGTGTAGCCTTCCCTACCTGTCAACTGACATCTCCACAACCTGGTAACACCCCTCAGAGCCAAGCCGCTTCCACTCCGAGTGGGCTACACATGTGTGGGGAAGGCAGGGGAGGCGGTGTCCAGCACCTGGCCTGAAGGAAAGGGGCCGCCAACATTTCATCTCAACATTGCCCAAGGAGGAGCCCTTGCTGGGGGTGGCCCCCTCTGGCCAGGCGAGGTCTGTGCCTGTCCTGGCTTGGAGCCTGCGTGGGGCTTGCGCCCTGCTTAGGACAGGAAGGCAGAGAAGTGTGGGGCCACGTGGAAGTTGTGTCCCGAGGGAGGCTCCATGCCAGCTTCCTACAGGGGCCAGCTTTAGCCTTGACACTGGGAGTCAGCAGAGCCCGGGCCAGGACTGGGATGGAAGGAGCAGGATCCTGCTCCCCTCCTTGTGTGGCCTTAGCCAGGTTTCCCACCAAGGGACCTAGGCCAGGGAGCCCAGCACCTCCAGGACTTTTTTGGCCTGACCTGCTCCTCTACACTCCTGTTTCTCCATTGCCAACTTTGGGGTTCTTACTGTTTTTTTTTAATTTTTTTTAATTCCATAAAGAACATTTAAAATAAAATGCTAGCAAGCTCTACCTTAGACCATTCTGAATTTGTGATTTAAAAGGCAATGATGATTGAATGGATTCAGAAGACCTCTTGAAGTCTAGGCCTAGGACAATAGCTAAATGGTTTAGTATTATATCATTTTAACAAAAATGGAGAAGGTCTATTTTTTTCTCATCTTGAGCATAAACATTTCAGGTCCTATGGTTCACACAGCATTGAGAAGGGGAAAGAGCCCTTCCTCCCACTGACAGAGGAAATTTTAAACAAACTTCCCCTTATTGTCTTGGAAGTCCTGTTAAAATAATCAATTTAATGATGTGAAATGCCTCAGCTTCACTGAGCTAGGGTTTCCGATCTGGTTCCCTTTCTCTCATCCCAAAGTCAGCTAAGAAAGAAATGTACTCTAGGCTGGCAGGTCAAGAGAAGAAGTGGATCTTCCTCAGTGGCTGCCACCTTCTACCTTCTGCACTTCCTGCCACCTTCTGCATATTCAGAGCGTCCCAGCCCTAGAAATGCCGACCTAGTGTAAAAACAAAATGACTAAAGGGGTTGGAATAATGGAATACAAATCTACTGGTTTAGATCACTAGTCTGCTTATGAGCTGCAACTGAACGCCTTCTATCCTCATAGAAATTATTTTGATATTCTCAAATGTCTACACATTAAATTGATTTTGATTGGTTGTTCTTTAAACAGGACAGTAGGAGGCACAGCTGAGATGCAGTTAAAGTTACCAAGCTGGGTCAGAATGTCACAGCCTTAGAAATTTGGAAATTATTACTTCTAAGACATATTTTCCCACGTCTCTTTGAGGAGCACTTTGACACTATTATTTGCAAACCATCAGTATCCTCAACAGAAACTGGAATATCTCCAGTACAAATCTCTTTTGACTAAGTTCTGCTTTCTATGGCGATATGACAGAATGGACAAAATGTCTTATATTCTGTAGATACTATAAATACATTTTAGTGCAACAGATCATTGCTGGCGTTATAATCTCATAGTTTTCAAGTAATCAATAAATACTAGATAGCTTGATCTGAGTTCAACAGTTAAATTCAGCAGGTTTCTACTGGATTTCAGAGAGTCTTTGCTGAGTTGTTTATTTTCCCACTTGCTTGGAAGGCCACTCATATCTTCAGATGTTTTCTGTTAGGTAATTAATTTGGCCTTGCACACAGTGGCTCTGTGCTCCTCCAGAGACTGCGGCAGTGTGGGAATGCTGTCTGCTTGTACTGATTAGGGTTTTGAATGCTTGCCTTCACAGAAATAGCCAAAAGTTAAGCTCTTCTTTTGAGTGATAATTTGATTTTCTCAAGTATTTAAGATAGTAGGAAAGGCAACACATTCCCAGAAGTTACTGCTATATGCTAAGGAAATTAACCATTTATGTTTTGCTAAAATAGAGTTTACACAAGACCTCTTTCAAATAATCTAACCTGGGAGCCCACGTTTCCATAACACTATCACCATAGTCTGTGACCCTGCAGTGTCCAAAAAAGGGAATTTAAAGTTAAACTAGAGATGGAAGACTGGTGTACATAAATAACAAGGCGAGAGTAAACCATCACATTCCAGGAGAATCTGTTGGGAAAACAAATACAAAAGTCTTTCTGAGAAGGAAGTGATCCCTGGGACCTGGAGCATAAAATCAAGGGACAGCTTCCCCAATTCAGCAGGACCCCAGCCTCTCATGTCCTCACTAATTTGCCAGGCTTGCTTAGATATAGACTAGGTTCTTCTGTCACACGTACATGTGAAGACACATGTTAATTGAACTGCATTAATCAGAGAAAACAGCTCTTGGGACCAGCTGATAAATGCTGTCATAGCAAAGATTTGACGGTTTCTACTATAGTGACTCCAAAAAGGGACATTCCCAAGCCACAGTCTTGTGAGCAGAGTCTCAATTAAGTAGAATTGTAGCATTTCTAGTGAGTAGTGACAACTGTGTGGATATCTCATACCTTCTTGTAATACTTTAACCCTGCTGATACCCAGATCCTCAGCAAAGATATAGAGAAGCAGCACATTATCCTGTTATTACTAATTAGATTGTCTATAAATCACAGCTCCTGTCCACATTGGCTCTGCATTGCAATAATATTGTCATCAGATAGAACAACCAAGACTGCTTTCCAAGCAGAGAACTTTGAAGATGGCATTGCTATCTGTCTGTCTAAAATGTGTATCTTATCTGATTTGAAAAGGCTGGAGAAGTCTGTGGCCAGTCTGGAAGTGATTTCATTGCTGGCCCAGGAAATCTGGGAAGAGTTTAATGTCGTGTATGGCTGAGCTTGTACAGGATACCCTTTCTTTTGTTATGGCAAACAGTTTGTAGCTTTACCAGCCATTTAGCGCCTAGATATTTGACACAATCGGTGTATGTCCATGTCACACCTTTGTATAAACCTGTCTCTCTGCATCTCAACATTTGGCTATAGCTGCTGCTTTTACACAACGGATCTAGGCTAGGATAGAAAAATCCTGGCTTGTGAGTGTCAGAGCAAGAA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Protein Impact
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)