GgaINT0116529 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016841 | COL4A1
Description
collagen alpha-1(IV) chain precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001155871]
Coordinates
chr1:138183041-138200695:-
Coord C1 exon
chr1:138200645-138200695
Coord A exon
chr1:138183131-138200644
Coord C2 exon
chr1:138183041-138183130
Length
17514 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
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3' ss Score
11.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GGAGAAAGAGGCCTTCCGGGACTACAGGGTGTGATTGGGTTTCCTGGAATGCAAGGACCTGAAGGTCCCCCTGGGCCACCAGGACTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016841:ENSGALT00000027197:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.118 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PU(17.4=70.6)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(42.0=100),PF0139113=Collagen=PU(26.6=56.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]