MmuINT0039884 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031502 | Col4a1
Description
collagen, type IV, alpha 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:88454]
Coordinates
chr8:11247006-11267656:-
Coord C1 exon
chr8:11267597-11267656
Coord A exon
chr8:11247096-11267596
Coord C2 exon
chr8:11247006-11247095
Length
20501 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACCTGTGTGTTGCCCCACAGGGA
3' ss Score
11.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCGATTGTGGTGGCTCTGGCTGTGGAAAATGTGACTGTCATGGCGTGAAGGGACAAAAG
Seq A exon
GTAAGAGCATACACTTTACAATCCTGTCCACATGCTGCCCCTTCCCCTAGATCCTGAGCCTAACTGTATTATCAGCAGCTGGGGTCAACTTCCTTCCTGTTTTAACAATTTCTCCAGAGCAGCCCAAGGGAAGCAAAGTGTTGAACAGCATTCTGAGCTTGGTTATCACTGCAACAGGAGCTCTCCAGGGATCGCTGTAATCAGTGGAAAGTCTGGATAGTCTCTTCATGCTGACTGTAGCCGAGCAAGTGGGCAGCTGCTGCACCAGTTTTTGACTCAATGGCGCTTTTTGGAATAGACGAATAAGCACCAGATTCAGTGTGTTTTTAAAAGAAAAAAAAGTTCCTAGATGCTTTGAAGGCTTTATGTTCAAATTAATATTTTTAAAACAAATTTTCACCGTTTACCTACTTGCCTAGATATTATATATACATATATGTATATATAAGCATTTGTTTCTCAAATTTAAAACGACAACTCTCTAAACAAGCTCACTTCCTGCTTATTTAAGAATCGTGGATCCAGGAAAAGATATTTTTCTTGCTTCTTGGTGGGCCAAACTCTCCTTTTATTTTTTTAAATATAATTTTGTTATTTGACAATTTCATACATGTATATAATGTAGCTTGATTATATTTGCCCCAAATGTTCCTTTCCCATCATCCCTCAGGTCACACTATGGAAGCCTGGTATTTGAAGCCAGGAGTCCTAAATGACACACAAATGTCTTCAACTCCCAAGGACCTTTTTATTTATTTTTTTCCCTAAAATTTTAAAATGTCCACACATTAAATTCAGTTGGGGTTTGTCGTCCTTAGAAATAGGATGGGGTCAGCACGCAGCTCAGAAAGAGTAACAGCCACCTAAGTGGCAAAGAATGTCACAGCTGGAGAAAGGTTGTGATCAGATTCTGGTGCAAGCTCTCCAAGGTCCCCAAGGGACAAGGACAGTGAGTGTTACAGTGCCCAGTCCCTTCTCTGGACACTGGAGGATCTGGGGTAGATTACCACATGGCTTTGTTCTGTGCCATACTCTTGAGCTGCAGGTAAATCTGAATGCTGTCATCAAGCAATCTATACAATCCTACTTCACTCAGGAAGCTGTCCTATTATGCTCCACACCAGTTGTAGTTTTATATAAATGAGAACTGGCATGGCCAAGTGATTAGAAAGACCTCTTAAACAAGCCCCATACATGTCCTTTGACTTTCAATGATCACCCTGAGTTCCTATTGTCCCCACTGCCTGGAAGACCCTTTTATACTCAAATTAGGTATAACTGATTTGGCCTTGCATATAATGGCTTTGTGTCTTCCTGGCGGATCTGTGGGAATGTTATCTTAAACTGATAGGGCTTGATTACGGCCTGGATGTTTTTGCTTGATAAGGATTCTCTCTACTAGCCCTTGGGTTGGTAAAGGCAGCCAGCCCCTGACATCTGCTTTATGCATGAAAGTTAAGCATTTGTGCATTGCTGGAATGGGGCTTGTTTAAGAGGTCTTTCTAATCACTTGGCCATGCCAGTTCTCATTTATATAAAACTACAACTGGTGTGGAGCATAATAGGACAACTTCCCGAGTGAAGTAGGATTAGGGCCACCCCAGGTTCTTACACCAGACCTATTTGGATATAGGTTAGAATCTGGTGTCCACACATATGTGGGAAAACATGTTAATTTATGTTCATTCATCACTGGGAACTGCCCATGTTCTGTTGATGAACACTATAATAGCAAAGCTTAGTCTTTCTGCAAAGCTCAGTGATTCAAGCAAAGGGCCTTCCTGCAGTCCTGGGTGCACAGAGAATATTAATTAAGACATGTGGGTATCTCAAATCTTCATAGAACGCTTTAATCCAGCGGTTACCCAGACCCTTGCCAAAGATGTGGGAGGAAATACACATTACCCTGTCGCTACTCATTACACCGCCTGTGATTCATGACCCCTCTCCACACGCTTGGTTTGTACCACAGAGATAACGTCATCACATAGAGTGCTCCCTCACACTGCCGTCTTTCTGTCTAACACGCATGTGGTATCAGATCTGAAAGGGCTGGAGATAGAGCCAGTCTGGAAGTGATTCTTCCGATTCTAGCTTGAAAATCTGGGAAGCATTTGGTGTAGCGCTAGAAGCAAGCATGCACAAGAGGGCTTTTCCCCTTTGGGTTAGATGACTGGCTTGTGGCCTGACCAGCTGTTGAGCCCCCATAGATCTTTAACACTTACCCAGATCCCCTGTTGGACTTAACAGATATCTTCACAAAGACAACTGTTGCTCACAGACACTAGAGCTAGGCTTAGATGTGTCACAGTGAAAAAGAAAAGGTGGGAGCTTGGACTTCTGTGTCTACATCAGCTCGCATATGGTGATGAGCACTTTTAAAAACATGTTACTATGACGCTTATTTTACCATGGAAGAAAGTAGCTAGTGGGGATTCATTCTATAATTGGACTCTCCGTTTTGAGTGTGATTCCCCCCACCCCACCCCCCGGGGGTTCGTGTGCATTGAGGAATGTCTTGAAGCCTCCCTGGTCTCTACACACTCAGTTTGGGAAGCACATTGCTCTATTGTGATGAATAGAGATATCCTTAATATAGCTAAATATGTCTTGGAGTAGAGAATGGAGAACGACTGGATTCACCCACTCTTAGCAGCTGCTAGTAGGAGCCCTGCTTAGTTTCATTCATAATGTCAGGTTGTGGAACATTTACAAGATCAGTGCTGCCCCCTAAACCAATAGTGGTCAGAACCATGTCTGGAGGATTGCCAAAGAACTCAGCCTGTTCCCCTAGGATTGTGGGCAGCCCTTCCAGATCTTGTTTTCAGAGAGTCAATGAGGCTGTCAGCCTGTTAGCAAATGGACCGCAGGGACTCATGCTGTGACAGGGAGCTGGACAGGTGAGCCCTTTGTTGCAGTCCCTCCCCCCTGAGAGAGGTTGTGAGAACCCTACCTAGATTAATAGCATCAGGCTAGCCTCAGGCCTGTTCCTTCCATCACGGGAATCAGGTTAGGGGTTACCAAGAGATGCAGAGCCCCACCTCCCTCTCAGTGAGAATTCCCGTAGGAAACACTGGCACCCAGGTGACCTTCAAGAAAATGCATAGCTCTGGTTAAAAGTCAGTGAGCCCTCATTGCTTACTGGGCACAGTACCTCCTTGGCTTGTTGTGGCCTTATCAAATATGTGGCCTTATCAAATATGTAGTCAGGACCCAAGTCTAAGACACTAGCTTCTCTCACCCCATGTGGAAGAGGTGCCATTGCTGTCCCTATACATTCTGCAGGCTCCCTAGAGCTCGGATGGCCTTGCTGGTCTGTCTATAGGAGTGTGATTAGTTGCCTTGTGTTTGGTTGCACCTTTTCTGGTTGCTCAGAGCATAGGGTTATATCCCGTGTCAAAGACATAATGAGTAGGAGCAAAGCCCTATCAAGGAGTGCTTGCTCATCACAGCCGATTCTAAGAAGAGAGGTGGAATTTTCCAGCCTTTCAAATCTAGGGACTGCTTTACACTGCCTGTCCCTCATCCCTGCAGGGCCATGCCTCCTGTCTCAGAACCGGAAATTCTCTGATTCTGAGAGCGTCTCGGCTTACATTCTAGTCATTTTTGGGCTATGCTGTGATGATCACTAAAGATGCCTGAGGCCATAACATCACTTTTAAGATGCAGGACTTTACCCTCTCTGTATCACAAACGTAGACTGCTTTCTTAGTCATCATTAGGTCTGAGGTGACATTCTCTCCCAAGGCAAGGATTGTACTTTTTTGGTATCTTTGTAATCTTCCATTTACAGATGCATTCATTTTGTTGATTTTTTTAAAAATAGGAAACACTTTAGTCATGATTTTATTGTGAAATCCGAGTGTATGAGCATTTCTATATGTTCTGCTTAGCATATGGGTTAGTGGCTCTCTCTTCCTTGTCATTCTCTGGGTCTGTGTATGATTGGATACACTGAGATCCTTAAGGATGGCAGGACAAGATTATATTTTTTGAGTAGTAGACTATTTTAAATTTGTTTTCCATAAATTAAGCTACGCCAAGTATATTATTTAAACGTTAGGAGATAGCCTATTTCTTCCCAGGAAACGCATTCTTTTCTGTAGCCGCTTATGTAGTCTTGTGAAGTTTCTTTGAGACTTTGAGCCAGTTAGTGGATTTGACCGAGCAGCAGGTTATTCATAAGAATAAGTAAGTTTATTAAATACTTTCTCTGAGGAGATACTTCAAAGAGTTTTGATTAGGAGAATCGAGTGTGTTTAAAGAGAAGATTTGGGTGTGGGACAGTGCGTGCTTCCCACACCTCACACTTGGCAGCAGTAGGCAGGTGCTTTTGTTTGCTGCTCTTCTTCCATCTCACAGGGAGTGGCTTTCATCAAGCCACTCATGCTAGTTGCTCAGAGAATCATTACTCTGAGCTAGTGTGGAACCCCAAGTTCCACTTAGGAAGCTAACCGCTCCAGAGTGCGGGGCACTCCTGACAGGTCAGCAGGGCCAGTATTTTTCAGAGTTGAGATAAATATGAGGGACATTTGCTTGCTGGCTCAACTTGCAACAGGTTCATAGACTGCAGACCAGCCCCACTCCCTGCTGAACTCCTCCATTCCGACAGAGGTGGACACCAAGTGACCAATTGGCAGCTCCCAGGACTGAGAGATGTCAGTCACAGCAGATCTGAGGTGGGCTTTGTCCTTTCTGCTGGAGGAGGTGTGAGCTGTGTTTGGGGAGGCCTTTCTGGAAGCATCAACCACCCACTTCTAGCCCACCTCTTATTCTGTTGCTCATTTCCAAAATCATCACCCTGTGTCTTCCAGAAGAACCCAACTCCTGTACCCGATGTCCCAGCTTTCCCAAACACTCAGTGTTCTGAAGCTAACTGCTCTTCCTGTAGTGCATTTCCTTCCAAGTTCTGCCCAGGCTACCCCACCCCCCTTCCTTGCCAACAGTCCTTAGTCAGGTCTCACTGCAGGGTGTTCTGTAGGAAATGGTACTGCATTTCG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Seq C2 exon
GGAGAAAGAGGCTTGCCAGGGTTGCAAGGTGTCATTGGATTTCCCGGGATGCAAGGACCTGAGGGGCCACATGGACCACCAGGACAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031502-Col4a1:NM_009931:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126692=P12=FE(27.9=100),PF0139113=Collagen=FE(19.0=100)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: