RnoINT0039713 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000016281 | Col4a1
Description
collagen type IV alpha 1 chain [Source:RGD Symbol;Acc:1307148]
Coordinates
chr16:83563772-83585327:+
Coord C1 exon
chr16:83563772-83563831
Coord A exon
chr16:83563832-83585237
Coord C2 exon
chr16:83585238-83585327
Length
21406 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACCTGTGTGCTGTCCTGCAGGGA
3' ss Score
11.57
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]