BtaINT0053566 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002646 | DYNC1I2
Description
cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001069351]
Coordinates
chr2:24838874-24846914:-
Coord C1 exon
chr2:24846824-24846914
Coord A exon
chr2:24838990-24846823
Coord C2 exon
chr2:24838874-24838989
Length
7834 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACAG
5' ss Score
4.67
3' ss Seq
TTTGTGTTCACTTTATTTAGACG
3' ss Score
5.78
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCCTCCTCCTATGTCTCCATCCTCCAAATCTGTGAGCACACCAAGCGAAGCTGGGAGCCAGGACTCTGGAGATGGCGCCGTGGGATCTAG
Seq A exon
GTACAGTAATTTTCTTTTAATATTTTAATGATAGAATGCATTTACTACGCAGTTACTGTCAGTGGTATAGAGCAGCTCTAAATAGTTATGTTGAGGTAGTTGTAACATTTTGAAATCTAAATGACACAGAAATTGTTTGTTGTAAATTGGGGGGAAATTTTTTAAAAACATTATTTTACTGTTACACTTGATTAATTTAGCTACTGACTAGTTAACTGATTTATGCTGATTTTCTTATACTAAAGATAGAAGTGTTAATTCATTAAATTATTTTTTCTATTTAAGCAGCATTGTATTAGTTATTATGTGAGCGTTTTGGGTATAAATAGTGTAAAATCTCTCTTATGCTTAATTTCCATTTGGTAATTGAAATAATAGAATAGAATTAGGCTGTTTAACTGAATTGTTTATTTCAAATAAACAGCCTAATTCTATTCTATTAAGTTATTCTAATTAGGTAGAAAATAATAATGCATAAAATATCAAGAATAAGGAATAATTGCTAAGGAAACATTGAGTGTTTACTGGTGCTTCAATAAAAATTTTAAAAAGTATTTACTGGCTTGAGGGCATTATGCTAAGTGAAAGAAATCAAAGGGAAAACAAATACTGTATGATCTCACTTATAAGTGAAATTTAAAAAACGAAACTAGCTCATAGATACAGAGAAGAGATTGATTCATTTTTATTTTCATTTAAAAAATTTTTGATGTTTGCTAGAGGTGGGGGAGGTAAGGGGTAGGCGGTGAAGGGGGTCAAAGGGTACAAAGTTGCAGTTATAAAATAAGTCATGGCGGTATCAATGTACAGCATGGAGACTGTAGTCAGCAGTTTATGTATATATAAACACACCTTATGGTGCTTTAGTTGCTAAATCATGTCTGACTCTTGTGACCCCATGGGCTGTAGGCTGCCAGGCTTCTCTGTCTATAGGATTTTCCAGGCAAGAATACTGAGTTGGGTAGCCATTTCCTTCTCCAGTAGTTAACAATAGTATGTTGTATATTTGAAAGTTGCTGAGAGATTGGGTCTTAAAGAGAAAGAGAAAATCATAAGAAAAAATTTTGTAACTATGTAAAATGGATGTTAACTATACTTATTGTGATCATTTCACCATATATACAAATATTAAATCATTATGTTACATACTTGAAACTGATATTATATGCCAGTTATACCTCAATTTAAAAAAAAAAAAGTTCGTTGCCAAGTTTTCCTGAACTTGCATCTTCCTTGTAAAACAGTATCTCACATTTGTTTTATCATCCTGCATACATGTTGGGACTTGATTTTCAAACATTCAGTAAGATTTCAACCTCTTTCCAAATACCATACTGAGAAAAGTATTACTTCTCTTCGTCACACTGCCAATAATACCAAATCTTTATTTAACAAATCTTACATTTTTATTTCTTATTGCAACTGAAATGAAACTAAACACAGCCAGTTAAAAATCTTTGTTCAGAATCCTTATTTTGGGCTAGGAAGTTAAATGTCTTCCTCAGGAAAACTTAAACACCTTTTAATGAGAAGTAAGCTAAGAAGTTTTATCTTCTTTGTGCCCAGGCACCTCGATTGAAGTTGAAAACAAGTAATGAGTATCTAAAGGACAAGACAAAAAAAGAAGAAAAGGGGCTAACTAATCCATAAACTCAGTCCTTTAATCAGTTCTGAATAATCAAGTTGTCATTAACAATTAGAAGACACAAAAGGCTCACCAATCTGAATTTGAGATGTGCTTTCCAAACCTGTTCTGTTTACAGAACTGAAACTGCAGATTTAAACAATACTCTTTTTGGACGTTAAGTGACATGATAAAAGAATATATTGTAGATTAAAGGCTGAATTTATTTAGTCTAAATGCATTTTTAAAGGCTAAATTTGTTTCATGCTTTTGTACTTCTGTATTTTTATACAAATATGTTAGTATTCCTTTCCTAGTAAAACAAGTGGCATTTTCAGAAGGGTTTTATTTTCCCCTTATAATACATTATCAAAGTAAAAATATTTCCCAAGGTAAAAAACACAAAAAATTTATTAAATTTCCTTACTTGATATTATATATTATTTTAATGCATATACTGTATTGTGTTAATTCATTGTTCTTGATTTTGAATAAGAATAGAAAGATTATAATGCAGCATCAGCTAGTTTGCTTTCAAAAATACTGTGTAGCATATGCAAATTAAAATATGATCACCTGAGTTTCATTGAAAAACCTAAAGACTATTAGAGAGACCCAATTGGAATATTGTAAATTGGTATAGGAAATAAATAACTTAAGAAATATGTTTATTTTGTTAGAATACATATTAATTGAATTGCCAATTTAATGTTAAGTGCTATAGGCTAGCAAAGAAAATAATGTTCCTGGTCTTTGCCTTCATGGAACTTGGATTCTAATGCTCATTAATTTATATAACTTAAATATAGTATTCACTGTATTGAAAAATCCTAAGAATAATGTACTAACTTGTGTTTAAAGTGTAGATTTGTAGATGTAAAACAAGAAAACGAGTAGTTAAGTATCTTTAGGAATATGTGTTTTTATTTTTTAAGTTATGAAAATACGATAACATTTACAGGAGACTTGGAAAATGCAGAACAAAGTTACATATAGTTCCACTATATTGCAGTTTTTTAAAATAAGTATTTTTAGTTGGAGTTTCAATGTCAAACTCTCAAAAATTAGTAGAATGAACAGACAGAAAAGTAGAAGGATATAGTAGACCTGAAAAGCACTATGAACCGATTCAACATAATTAAAATTTATACAATTTTCACACAACAGCAGGATACAAATTCTATTCAGTTCCTATAGACTATAGACCTAGAGACACTGGAACATATCCAGGGACATAAAACAAGATGCAAAAATTTCATGGTCTAAAGATATTGAAATCATACCTGTGCTCTCAAGTCTGTTATCACTGTGAAATTATGTTAGAAATCATGATCAAAGATATTTTATAACAATGCACATATTTTCAAATGCAATGTGACAATTACCAAGAGAGATCTTTGACTTAGTTATTGAAAGCCTCAGTAAAGTTAAAAGACTGAAAAATCACACAGGGTGGTTGCAGAGAAAACATTTGAGAAAGTAATATCAAAATGAGAAATTAATATCAAAGATACTTTTTAAAAAGGGTATTTGTTTTTTTATTAGAGAATGAGTACAAGATTAATGGGAGAGAAAATAAATTCTTTTTAAATGAGATGACTTGATATCTTTTTAGTCTTAATATATATGTCATCTCCTTTGAGAATCCAAACTGATTTTTAATTGTTAATTTTCAAGAGGACTAAATATGTTCACTTTTTAATATATATGTACACACAGCGAGAAAACTATGAATTCCTTTAAATCATCTCCAGATTCCATAATAGAAAAATAATTAATATTGTTGATTAATTGATGATATTGGCAGTAAAGTTGCATTTTAAAATATGTGACTTTTTAAAAGAATGCTAGAGTCTGAGAAAGAAAAAGAATGGATATAAATTGAGCTGCCATGATGATAATGAAAAAATAAACAACGAAATGCATGAAGACATGTGAGACGTATAAACCTATACACTCAACTCCTTCAGCTGGCCAAGACGGTCGACGATTACTGCACTTGGGGAGTAGGAAAAAAACATATTAGACATTACCAAGTATGATATCAAAACATCTGAATCACAATTTCTCAATGCCAAAAGTTTCTATTTGGCCTGGTGGTAATTTATGAATAAAGACAAAGGAGGCCATGAAAAATGATATTTCTGTAACTTTGCTGATTGGCAAGTTGCATATCATTAAGATTCTAGTTCACTTTCTTAATCACTTCTGTTAACTCTGAGATTTAGATAACAGTTAGTCAATGAGTAATCCATGCTCCTTATTCCTTTTTTACATTCTTGATCAGTTTATCTTTTGGGCTTTTGATTATATGTGTCAGGATTATATTAAAATTTTAATTTATATGTCTGGAGATGCCTTTAATATAATCCCATACTTTGTGCAATATGTTTTCAGTACTGGCTCTGTTCTGAGGTAGAGTTTTACTCTATTTTAGACCAAAATGACATCCTTAACAAGGAGCTCTATGTCATTGGTAACAGCTCGAACTCTTAGAGAATGTAAAGGGTATGTACAGAACATTCCTTGGAGAGCATCTCATAGAACCTCTTCTGGTTTAACAAAGCCTGAGTTTGTTGCTATTCATTGCTTAGTATAAAGTAAATCTTCACTGTGGCCCCTTCTTTCTTTGTGTATACACTTACCATTTAAATCCCAAAATCTTTCTTTATATTTTTAAAATGAAGCATTTCTCTATTTCATTTGATTGCTTTTACTGTTAAGTTGTATAGGCAAGTAAAGATTTCATTTCTTATATTTAAATATTATAGTAGTTTTAGTTGTACATTATAATTTGTTGCATAAACGAGAAACAAATATATTTGACAAAGATGGTAGCACTGAATGTATTGTGCTTAACTTTTTAATAGGGTTTCTAGCATTATATGGTACTGTACATAATTATCTTACATATTGCTAATCTACAGGAGTACGAGTGTGGGAAGGATCTTTTATTCTAGTAATGACTAAATTTTCCTTAAATCTTTTGGAAAAGATCCCGTGGAAGTTGTTTACCCAAAAGGCAAGGCTAAACACAACCAAATATTTATTTAGGATTGATATTCTCCAAAAGCTTAGTTAGTTTAGATAAATTCTTGGAACATAAAATATTTTTCCTGGCAAAAAAAAAGTCTGCTTTTTCCTAGAGACAGAAATCTTTAGTTGCTTTCTAAAGCAGATGACATGTAAGCCCAAGGCAGTGCTTAACCCATAAATTACATAAGGGTCACATTTTGGAAACTTAAGCTATTTTGTATCCCAGTGGAATAGTCTTTGGTTTTCTTACCAAAAGGCTTATGTGTTGACTCATTTCCTTTACCAATATGACAATTTCCTGCACACATTTAATGCTTTGGGCAAGATTATGATATGTTAA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Seq C2 exon
ACGAGGACCTATTAAACTTGGAATGGCTAAAATTACACAAGTTGACTTTCCTCCTCGTGAAATTGTCACATACACAAAGGAAACTCAGACTCCAGTTATGGCTCAACCCAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002646:ENSBTAT00000003429:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.942
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=WD(100=82.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]