RnoINT0052079 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009781 | Dync1i2
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 2 [Source:RGD Symbol;Acc:620174]
Coordinates
chr3:57832689-57840206:+
Coord C1 exon
chr3:57832689-57832779
Coord A exon
chr3:57832780-57840090
Coord C2 exon
chr3:57840091-57840206
Length
7311 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
ATCTATATTCACTTATTTAGACG
3' ss Score
5.08
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCCTCCTCCCATGTCTCCATCCTCCAAGTCGGTGAGCACGCCAAGTGAAGCTGGAAGCCAGGACTCTGGAGATGGCGCCGTGGGATCTAG
Seq A exon
GTATGTAATTCTTTCCTAATATTTTAATGATAGAATAGAATGCAGTCAGTGCCAGATGCTGTCAGTGCTTTAGAGAGAGTCTAAGTATTTACGTTGACTTCTTACTTCTTAAACTCCAAACAGCATAGACATTCTCTGCTGTAAATAAATTGGGGTAACTTTTTGCAACAGTATTTTAGCTGTCGTGTTAGTAGTAGATAGCTGTGCTTTTATGGTAATTTATATTAAAAATAGATGTGTTCATGAATTTGAATGTTATACTTAAACAAATGTACTCATTGTGTGAATGTTTTGACTGGGAACAATGTGAAACATCTTTGTTGTGCCTGATTTTTCACATGACAATTGAACATTGAAACAGTTCAGTTAAACATCACAGTTCTGTTGTATTAAGTAGCTGATTCTGCTAAATAAGATGAAAAAAATAATCATAGCACAAAATGTCAGCCAGAAAGGTGGCTTCCTGAAGAGGACTTGATGTGGTTCCCAGCCCACATCTGCCAGCCCACAGCCTCTGTAACTATAGCTCCAGGGGATTTGACTCCTGACCTCTGCTGCACTGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTGCACACAGACAAACAAGGTGTGTGCACAAGTGAAATACATCTGTGAAAGAATGCATAAAGTATCAGGTACAGGAATTGCAGCCAAGGAAACATTGGTTTACTTATAAGGTCCATTGAGCTCATGTCTGCCTTATAAAACTGTTATTCCAGTTTATTTTAGGATTCTACATACATGTTGAAACTTGTTTTTCAGACATTCAGTAATACTTCATCTTTTTTCTAAAAGCCATTTTGGGACAAGTATCAATTCTTCCTGTGTCCTTTTTGTACATGGCAATTGACAAGTTTTTAGTTTACCAGCCCCCTCTTACAGCTGAAGTGAAAGTAATCACAAGTCAATCCACAGCTGACTGAGAATCCTTATTTGGGGCCAAGAAGTTAAAAATCCTGCCCAGGAAAACATCTTAGCATCATCTTAAAGGCTGGGTTATAGCTCACTGAGGACGTATCCAGGATGTGCAAAGCCCTAGCTGTTGGTACCCAGCACTACAAGAAAATAGTTACTGAAACTTTTCAGTTTTATTTTTCCCCCTGCATGTGTATGCATGTGCCCTTCTGGTTGAAGATAAAAACAGACAATAAAGTCTGATAGAGAAAACAAACAAAAAAACTTCACAAACAAATCCTGCAAATAAAAGTGGTTGGGTAGGACTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGATGATAGCTGCAGTGTACTCATACACAATTAAAAGAAAAAAAGTTGCCCTGTGTCCCCACACACAAATAATAAATAAAATTTTTAAAAAATGGGAGGGTTTGGGTGGTCCAAGAAATCAACAGTATATTCAGTTCCAAAATAATCAGATTAACATTAACAATTAAAAGGTACAGATTGGCCTAGAGAGATGGCTCGGCTGTTGAGAGCACGTACTCCTCTTACAGAGGACCGTCTCTAACTCCAGTTTCAGAGAATCTGATGCCTGCTTCTGACCTCTGCTGATATCATGCACACATGCCCTGAATAGACATACATGCAGGCAAAATATACAAAAATATACATAAAAAATATAATCTAAAAGTAAAAGGAGAGGAAAGCTGGCTGACTTGAATCTGAGATGTGCTCTCCAAACTGAGGACTATAGCAGTGCTATTGTTGGAGGTAGACGGTAACTCATATTTAAGAAGAAAATACTTTTCTCTTGACAAGTAATATTACTGTATTAACTATGTGTTTTGAAGACAGTCTATTCTAAATTAATTTTTAGACTAGAGTTGCTTGGTTTATTCTCCCCTGCTTTTTGTTTTTAAGACAGGGTCTCATCGTGTACCCTGGGTAGTTTGGGACTTGCTCTGTATGGACCTGGCTGGCCTCAAACTCTAATTCACTTATCTTTGCCTCCCTAATGCTAGGATAAAAGGTGTGTGCCACCATGCCTGACACTTCCACATTCTTTTATGTAAATATGCCAGTATTCCTTTAAATATCTAATATTTAGATATCCTCAACTGATATTTGCAAGTGAAGGATTTTTCTCGTTTATAACCAACATTATAACAGTGAAAATGTTCCTCAACGTAAGTTACTATGTTTACTAAATTTCTTTACTATTACATATTATTTTTATTTAAATAATTTATAATTGAGCTCATTGTTTCCCATCTTAAAAAGGAAAGATTATTTTAAAGCATTGTCAGTAAGTTTATTTTTAAAGTACTGTGTAACATTTACTTAATTTTTAAAGTTAATATGGGTTAGAAGTGTCATCCTCCATGGATAACCTAGAAACTACTAATGATGCTTTGGAATATTGTAAATTGGTACAGGAAGTAAGTACTCGATAGAAAACTGTTTGTGTGTAGGACAGATAGATATTCATCAAATTGCCAGCAAATGCTGTAGATTATCACATAAAATAGGTTTTTTTGCTTTTACAACATACCACTCTAGTGATTGTATCATTAGCTTAAAGATGTTTTTCCAAACTGCTCAAAGGAGATTATCTGGTGCTTACAAATTGTATTTTAAGACTGACTGTAAGAAAAGAAGGAACGTGATAATTTAAAAGGTGTTCTTAGTGGAGAAAGAGTTTTTAATCTAAGTGTTTCAGGGAAGAAAAGAACTTTGAAGTTTTATTTCAGTGTCCAGTGAAAGCACTGACTCACCTGCAGATCACTCTGAAGAGGGCTGCTTTTCCATTTTACATATACAGATAGAAGCCTGAGTCAGCTCCAAGTTCCATAATGGAAGATAATTTATAGACGCTTAAAACAGTAGTAAAAAATGTGTTTCTCATCATATGGCATTAAATAGAACACTCAGGTCTGAAAGCAAAGGAGCTCCTCCTGAGCAGAGTGATGGTGGGAGAGTGGGGGTGAGAACAAAGTCTGAGAATGCCAGGTAGTCTCAGATTCGTCCACACAAAGAACAGGAGAAAGATAGAGTCACCATCGTAAGATAGGCCACTGTGGAATAACTCCTTAAAGATAGAAATCAGTGCTGGTGCTGCTGATTCTGTGCGAGTAAGTATTAAAGGATGAGCTACTCTCACTTTTGCATGTCGGAAGCTACATTTCATTGTTTCTGTTTACTTCCTTAATCATTTCTGGTCTGAAATGTAAGCTATAGCTATTCAGTAAGGTAATCCATGCTTATTCATCCTTTTTTTCTCTATTTTCGATTAGTTTATTTCTAAGAATTAGGGTTGTACTTTATATGTCTAAAGAACCTTTTCGGGGGCTGGGGATTTAGCTCAGCGGTAGAGCGCTTACCTAGGAAGTGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAAGAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACCTTTTCATATTTCTCCACATATTTGAATTTGAATTTTTTTAGTATTGACCATATTCTGAAGAAGTTTTGCTCGATTTTAGACTAATGACATCCTCAACAAGGAGGTTTATGTTATTGGTCAGCTAGAGCCCTTGTATAATATAGAGGCTGTTGACAGAACATTCCTTGGAGACCGTCTCATCAAACCGCTTTTGGTTTAACAAAGCCCAAGTTTGTTGCTGTTCATTGCTCAGTACAAAGTAGGTCTTCACTGTGCCCTCTTTTCTTCATTGTACATATACCAGCCCTGTTTAAATCCTAAGCTGTTTCCTCATAAGAGGAAGGTTTTCTTTTATTTAACTAATTGTTTTTATTGAAAAATAATACAGGCAAGCTGTGAAATCATTTGTTGTATTAAAAGTTACAGAACAAGAACTAGTTTTTGTATTCTGTAACTTAAGAAGCAAAATATTCCACAAAATGCTAGTACTGAATTTAGAACTGCACTTAGCCTTTTGTAAGGAACTGAGAGCATTAAACTGCATTGCTGACATACAAGAATGCCTGTATAATAAAGCACCTTTTGTTCTGATAATGAGTGGATTTAGCTTAGGTGGAAAACATCAGATATTTACCCATCAGGCCATGATAAGACATCACCATTTATTTGGGATTGAGATTCTCCAAAACTTAGGTAATTCTTTTGAAAGGGAAAAAAAATCTATTTCTTTTCTGGAGACAGACATTCTTAGTTCTTTTCTAAAAGCAATGACATGTAAGCCCAAGGCAATGCTTAACCCATGAATTACAGCAAGGTCACATTTTGGAAACGTTAGCTATTTTGAATCCCAGTGGGATAGTCCTGGTTCTCTTACCAAAAGGCTTATGTGTTGACTCATTTCCTTTACCAGTATGGCAATTTCCTGCACACATTTAAAGCTTTGGGCAAGATTAGAATATGTTAACTGTTTTTTACTAATCTCTTTTTCATTAGGAATCTTAAAACATTTAACTCTTTCATAGCCTACTTTGTCTACTATCCATAGATAATGTATATTTGGTTTGTATGCTTTAGCTCATTGTGTCCATTTTGTGGCAATACTAGTTTCCCACATTCTGAAGATACAGTGAGTTATTGTGGGTTATGTGCCTGCATCTTTAACCACCTTGATGCTTGTTGCATTGGAGTCAGACCTAGGATGTGGGTTGGTTTTAGTCTTACTAACCAGCTCGTGTAGTGTTCAGTTGTGAATAGCATGTTAGTGTTAGCTGTTTACAGAGTGCATTTGCTTGACTAACTTCTGACTTTCTTACTAATGCCTCATGGTTGCCCACAACCATTTAGGACGCTGCACTGGGATACAGATCCATCAGCTCTTCAGCTCCACTCAGATTCCGATTTGGGGTATTGCATGGATTTATATATTCCCTCTTTAATAATTAATTTGCTTTTTTGTGAAACTGTCCTAATTTTACTTTGCTCTAGTTTCTAATATTG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Seq C2 exon
ACGAGGACCTATTAAACTTGGAATGGCCAAAATTACTCAAGTCGACTTTCCCCCTCGAGAAATCGTCACATATACAAAGGAAACTCAGACCCCGGTTACAGCTCAACCCAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009781:ENSRNOT00000013400:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.938
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=WD(100=82.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]