MmuINT0054190 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027012 | Dync1i2
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107750]
Coordinates
chr2:71066657-71074087:+
Coord C1 exon
chr2:71066657-71066747
Coord A exon
chr2:71066748-71073971
Coord C2 exon
chr2:71073972-71074087
Length
7224 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
ATTTATATTCACTTATTTAGACG
3' ss Score
5.34
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCCTCCTCCTATGTCTCCATCCTCCAAGTCGGTGAGCACGCCAAGTGAAGCTGGAAGCCAGGATTCTGGAGATGGCGCCGTGGGATCTAG
Seq A exon
GTATGTAATTCTCCCCTAATGTTTTAATGATGGAATAGAATGCATGCAGTGCCAGTGCTGTCAGTGCTTTAGAGGGAGTCGGGATATTTATCACTTACTTCTTAAACTCCAGACAGCATAGAAATTCTCTGTTGTAAATTGGGGTAACTTTTTGCAACAGTCTTTTAGCTGTCACGTTATTGTAAATAGCTGTGTTTTTCATGATAATTTATATTAAAAGTAAAGGTGTTCATGAATTTAAATTTGTTCTACTTAAATAAATGTACTCATTATTGTGCGAATGTTTTGACTATGAATAATGTAAAATATCTTTGTTGTGCCTAATTTTCCACTTGATAATTGAACATTGAAACTATTCAATTAAACATCACAATTCTGTTCTATTAAGTAGCTGATTCTGCTAAATAAGATGAAAAAAGTAATTATAACTGGGCAGTGGTGGCATACTATGCCTTTGATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCTGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAACCAGGGCTACACAGAGGAACCCTGTTTCGATAAACCAAAAATAAAATAATAATAACACAAAATATCAGCCCTGGAAAGGTTATTTCCTGCAGAGGACTTGGTTTGGCTCCCAGCCCACATCTGCCAGCCCACAACCTTCTGTAACTTTAGTAGTTCCAGGGGAATCAGACTCTTAACCTCTGCAGGCACTGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCATGCACATTTTACACATACAGACAAGGTGCATGCACACAAGTCAAATGAAACTGTAAAAGAATGTATAGAGTATCAGGGAAAGGAATTAAGGCCAAGGAGACATTGATTTACTTACAAGGTTCATTGAGTTCATGTCTGCCTCATAAAACTGTATTCCAGTTTGCTTTAGGATTCTACATACTTGTTGAAACTTGTTTTTCAGAAATTCAGTAATATTTTATCTTTTTTCTAAAGGCCATTTTGGGGAGTATTATCAGTTCTTCCTGTGTTCTGTTTGTACATGGGAACTGGCACATTTTTATTTATCAGTACCCTATTACAGTACTGATATTAGAGAATAATCACAACAAGTCAGTCCACAGCTGACTCAGAATCTTTATTTGGGGCCAAGAAGTTAAAAACCCTGCCCAGGAAAGCATCTTAGCATCATCTTAAAGGCTGGGTTATAGCACTCTAAAGACTTATTATCTAGCATGTGCAAAGCCCTAGCTGTCAGTCGCCAGCACTATAAGAAGAAAGTTTTCAGTTTTATTTTTTCACTCTGCGTGTGTGTGCGTGTGCCCTTCTGATTGAAGATAAAAATAGACAAAGTCTGACAGAGGAAACAAACAAAAAACTTCAAAAACAAATCCTGCAAATAAAAGGGGTTGGGTGGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGATTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAGCCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCCTCTGGTGTGTCTCAAGACAGCTACAGTGTACTCCCATACATTAAAAAAAAAAAAGTTGTCCTGTGTCTCCACACACAAATAATAAAATTTTTAAAAATGAGGGGTGGTTCCAAATAATTTATCGTTAATAATTAAAAGGTATAGACATGGGCTCGAGAAATGGCTCAGCTGTTATGAGCACACACCCCTCTTACAGAGGACTGTCTCTAACTGCAGAGAAACTGACGCCTTCTTCTGACCTCTGCTGCTGTCATGCACATGTGCTGGATAGACATACATGCAAGCTAAAAATACAACACTATACATGAAAATAAAAATAAAAGGCACGGGTGGGTAGGGGAGAGGGGGTGGGTGGCTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGCAAATGTAAATGAGCGAAATACCTAGTAAAAAATGGAAAAAAAAAAAAAATAAAAGGCACAGAAAGCTGGGTAGCTTGAATCTGAGATGTGCTTTCCACAACTGACAAATCTAGCAATGCTAGCTATAGAGCAATATTAGCAGTGTTGGAGGTAAACACTAATTCAGATTTGAGAAAAAAAAATAGTTTACTCTTAACAAGTAATATTACTCTATAAACTATGTTTTGAAAATAGTTTGCTCTAAATTAATTTTTAAGACTAAGGTTATTTGGTTTATGCTTCCATGCTTATTTTTTTTTTTAAGACAGAGTCTTGCTGTGTAGCCCAGGGTACCTTGGGGCTTGCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGACCCTAGTGCTAGAATAAAAGGTGTGTGCCACCATGCCTGACACTTCCACATTCTTTTATGTAAAGAGCCAGTATTCCTTTAAATAGCTAATAATTTATATATTTTCCACTGATATTTTCAAGTGAAGGTTTTTTCTTTTATAACCAACATTATAACAGTGAAAATATTTCTCAATATAAGTGACTATATTTACTAAATTTCTTTACTATTACATATTATTTAAAGAATTTATACTTGAAGACATTGTTTCTCATTTCAAATAGGAATAGAAAGATTATTTTAAAGCATTGTCAGTAAGTTTGCTTTTAAAGCACTGTGTAACATTTATATAATTTTCAAAGTTAATATGGTTAAAAGTGTCATTCTCTATGGATAACCTAGAAACTACTAATGATGTTTTGGGATATTGTAAATTGGCATAGGAAGTAAGCACTGGTCAGAAAACTGTGTGTAGGACAGATAGAATTCATCAAATTGCCAGCAAATACTTTAGATTATCACATAAAATAGATTTTTCTGCTTTCATAACATGCCATTCTAGTGATTGTATCATTAGCTTAAAGATGTTTTTCTTAAATGCTCAAAGGACATTGTGTTATCCTGTGCTTACAAAGTCTATCTTAAGACTTACTGTAAAATAAGAAAAGAAGTAACTTGATAATTTAAGAGGTGCTTTTATTAGAAAAAGTAAATAGTTTTTAATGTAAGTGTAACAGGAAAGAAAAGAACTTTTAAGTTTTACTTCAGAGTATCCCGTGAAAGCACTGACTCACCTGCAAATAACTTGGAAGAGGGCCGTTCTTCCATTTACACATACAAATAGAAGTCTGAGTCTGCTCCAAGCTCCATAATGGGAAGATAATTTGTAGATGCTTAAAACAGTAGTAAAAGAACACTGCATTAACTAGAATACTCAGATCTATAAGTCATGGGATGAGCTTATCTTGAGCAGAAGTGCTGATGGGAAGAAGAGTGAGACAGAGCTCTAGAGAATGCACAAAGGCGTGTGAGACACAAAGAACAGGAGAAAGGTAGAGTTGCCATTGTAAGATAGACCACTGCCGAATAACTCTTTAAGTGATAAAAATGGTACTTTGTGAATAAGTATAAAAGAACGAGCTATGACTCACTTTGGCATGTTGGAAGCTGCATTTTATTGTTTTGGTTTACTTCCTTAATCACGGCTCTTCTGAGATGTAAGTGATAGCTGTTCAGTTAGGTCATCCATGCTTAGTCAGCCCCTTTTTCTATTTTTGATTAGTTTATTTCTAAGAATTAGGATTCCACTTTATATGTCTAAAGAATATATATATGCATATATGTATATATATCCACATATCTGAATGTTTTCGTACAGGTCTAAATTTAGTATAGACCATATTCTGAACTGAAGTTTTGCTGGATTTTAGACTAATGACATCCTCAACAAGGAGGTTTGTGTTTATTGGTCAGCTAGAGCCCTTGTATAATATAGAGGCTGTTGACAGAACATTCCTTGGAGACCATCTCATCAAACTGCTTTTAGTTTAACAAAGCCCAAGTTTGTTGCTGTTCATTGCTCAATACAAAGTAGGTCTTCACTGTGCCCTCTTTTCTTCATTGTATACGTATAAGCAACCCTGCTTAAATCCTAAGCTGTTTCCTCATAAGAAGGGTTTCTCTGATTTAACTAATTGTTTTTTATTGATAAATAATACAGACAAGCTGAGAAATCATCTGTTTTAAAAGTTATAGAACTAAAACTAGTTTTGTATTCTGTAACTTGAGAAACAAATTATTCCACGAGATGCTAGTACTAAATTTAGACCTGCACTTAGCCTTTTGTATGCAACTTCGAGCAGTGTACAGTATTTCTAACATACAAGAATGCCAATATGATAAAGTACCCTTTGTTCTGATAATGAATAGCTTTAACTTAGGTGGAAAACATCAGATATAAGATATTTACCCATCAGGCAATGATAAGACATCACTATTTATTTAAGATTGAGATTCTCCAAAACTTAAGTAATTCTTTTGAAAGAGAAGAAAATGGATTCTTTTCTAGAGACAGACATTCTTAGTTCTTTTCTAAAGCAGTGACATGTAAGCCCAAGGCAATGCTTAGCCCATGAATTACATCAAGGTCACATTTTGGAAACGTTAGCTATTTTGTATTCCAGTGGGATAGTCTTGGTTTTCTTACCAAAGAACTTAAGTGTTGACTCATCTCCTTTACCAGTATGGCAATTTCCTGCACACATTTAAAGCTGTGGGCAAGATTAGAATATGTTAACTGTTTTTACTAATCTTTTTTTCATTAGGAATTTAAAAAGTTTAACTCTTTCATAGCCTACTTTGTTTACCATCCATAAATAATGTATATTTGGTTTGTGTGCGTTAGCTATTTGTGTCCATTTTTGTGTGATACTAGCTTCCCACATTCTGAAGATACACTGAATTATTCTGGGTTGTGTGCCTGCATCTTTAACCACCTTGATGCTTATTGCATTGGAGTTAGACCTAGTATGTAGGTTTTGTGTTAGTCTTACTAACCGTGTAGTTAGTTCTTAGTTGTAAATAGCGTGCTAGTTAGCTGTTTATGGAGTGCATTTGCTTGACTAACTTCTGACCTTTTTTACTAATGCTTCATGGTTGCCCTACAACCATTTAGGACGCTGCATTGGGATACAGATCCATCAGTTCTTCAGCTTCACTCAGATTCCGATTTGGGGTATTGCATAGATTTATTACATTCCCTCTTTAATAATTAATTTCTTTTTTGTGAAACTGTCCTAATATTACTTTGCCGTAGTTTCTAACATTGTGTCTAGTTAAGAATTATAATTTACTGTAAAAACCTTATTTATCATTTTATAATTAATGAAAGAAATATTCTTCATATGTAATTTTCTAGGTACCATAAGTTTCCCTACTTAAGTGACAAAATTCTTTGTTATTTCTGTTTTTTTTATATAAAATTTTCTAAGATATACTAAAAACTTCATATGTATGTATATGTAAATGTGTATAATATATATACACATACATACACATTAAAGGTACTTGCTGCAGCCACTGCACATGACTAAGATCGCTCTTTTCCCTTGGGAATGTGCAGCTTCTGAGGTATGTAGCCATGTACTTGGGCACCTGAAGCTGATAGTAAGCCCTGGATTGCAGATAGGAAGTTTCCGAGATTCTTGTACATTCGCCAGAAGATCTGGCTACACAGGTCTTCTTCCCCTCGCTCTAACCCTTGCTTCCTTATTTTCAGTAAATGTAGCTTTTGGAGAAGTTGCCCTTCTCCTGTAAAATCTTAAAAAACACACTCTTCTTTTACTATTGGGTTTATTAGCCCTTCCAGTTTGTAATTTGTACCTAAACTGTATCCTGCCCTCTCCTTTTTCTCCAGGTAAGCAAGTGATTTATTTAATGGTCTGTATCTTAAACATCAAGAGTACGAAGTTCTTACTTAAACTTTATCTTAGACTACTCTAGAATGATTCAAGTATCCTTAAATCTTAACCATTTAATTATTTGATTATGCTCCCCCCTAAGGCTAAGCTATTTCTGAAGTAGAAAACACATTAAAAATGTTTTATGACTCACATATAGTACTTTAGAGCAAGATTTTTTTTAATTATGTTTTAATTGTGTTCTTCTGTTGAGATGGTGTCTCACTTGTTCAGGCTGGCCTCAAACTACTGAATTCTGTGTTCCAGTCCTCCAAGTACTGCGACTACAGATGAGGGCCACCGTGCCTGGCTCACAAATTAACTTTAGTGGATTAATTTTATTCTACTTTTTAAAAAGAGAATCTGATATAGGTGTTAAAGAAAATGGAAAAAATATTTATATGTACTAACAGTGACATATATTGAAGAAGGTGTGTGAGACTTTTATCTCAGATCTAGGGAAGCTGCAACAGTGCCTGTATTGGATGTCCTTTCAAGAGAGTTTTATGGTTGATGACTTTTGGCAACTGGGAAGCAGAATTTAGTTTAAATACCTGACAACTAAGTAAAATTTCTCTGAATCACTAATAAGAGGCATTTTTCTTTTGGTCTGGATCGCAGCTCTGCTGTTATTGCCTCCATTTCCCAACCAGAAGTGACTTCTGTAGTTTCATTCATTCAAGGAACCTGTTACTTAGGCTTGGAAGATTTTAGCCTCAGTATGTCTACTATGGATCACTGGCAATATTGGCTATGTAGAGATTTTTTAAAAGTTAAATAATTTATCCTAAAATCCATAATAATGTGATTCTATTATCTACCAAATGTAAGAAATTAAAAAAAGACTTTCTAGCCTGTCAAGATGGCTTGGGGTAGAGATACTTGCCACGTACGGCTGGCCACCTGAGTTTGATCCCTGGAACCTACATAAAAGTGGATGGAGAGAAGTGACTCCACAAATTTGTCCTCTGGCCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACGTATTTAAAGGAAAAAAAAGAGAAGGCTTTCAACAGAAACCTTCTTTCAGTCTTAAAGTCATTGCTAATGGTGAGTGGAACTGAACAAGGCTGGGTGAGGTATTTGCCTCTTGAAGACAGTCTGAAATCTAACTGTTAGTTGCCACGACTATCTGTCATGTGTAGCAGTCCATTCTGAAACTTGCCCCACACCTGCCCTAAGAGATAACACTACAGCTTTTGAAAGTGAAGAGTAAATACCCTGAGCGATTCAGAAATGTCTATTTTCTGTGCTACCTTTTAATCCTTTTGCTAAAGTAAAACCAATTCATTGGTCATCTCATATTTCTCTAGGAAAGCGGGGTTTTAAATTTCAGTGCTAGATATAAATGAATGTTCAATTCCTAATTTTTAAAAGTAGAATGCTTGATGAAGTTATGATTTATGCTTTGCCGTATTTAAAAGCATTTATATTCACTTATTTAG
Seq C2 exon
ACGAGGACCTATTAAACTTGGAATGGCCAAAATTACTCAAGTTGACTTTCCCCCTCGAGAAATCGTCACATACACAAAGGAAACTCAGACCCCGGTTACAGCTCAACCCAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027012-Dync1i2:NM_010064:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.945
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF111503=DUF2927=PD(6.3=16.1),PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=WD(100=82.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: